Энциклопедия издается по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II
и по благословению Патриарха Московского и всея Руси Кирилла
Как приобрести тома "Православной энциклопедии"
режим чтения
опубликовано: 5 ноября 2026г. 
СТЕФАН
Стефан (Никитин), еп. Можайский. Фотография. 1962 г.
Одновременно с 1925 г. служил старостой храма свт. Николая в Клённиках на ул. Маросейке. Возможно, вместе с Холчевым он бывал на Маросейке еще при жизни прот. прав. Алексия Мечёва († 22 июня 1923), но постоянным прихожанином стал во время настоятельства прот. сщмч. Сергия Мечёва. Как правило, приходил с сестрой Ольгой, имея при себе книжку, чтобы следить за ходом богослужения. Дружеские отношения у него сложились с московскими священниками священномучениками Владимиром Амбарцумовым и Василием Надеждиным, у к-рого стал крестным его сына Сергея. Через коллег по 1-му вспомогательному ин-ту для умственно отсталых детей С. А. Никитин познакомился с Елецким еп. Николаем (Никольским), к-рый с нояб. 1924 по нояб. 1925 г. и с сент. 1927 г. проживал в Даниловом во имя преподобного Даниила Столпника московском мужском монастыре. Еп. Николай до самой кончины (4 мая 1928) являлся духовным отцом С. А. Никитина и, по его словам, проводником к Христу: «В моей жизни знакомство с ним - целая эпоха… окончательное мое воцерковление». Вскоре после смерти еп. Николая С. А. Никитин лишился и др. духовного наставника, прп. Нектария. Перед своей кончиной (12 мая 1928) оптинский старец через диак. Б. Холчева пригласил в Холмищи прот. С. Мечёва и Никитина, и это была их последняя встреча.
Когда во 2-й пол. 20-х гг. XX в. для всех церковных людей остро встала проблема лояльности к гос. власти в эпоху гонений, С. А. Никитин присоединился к тем, кто отвергали политическое маневрирование и компромиссы, и избрал исповеднический путь, считая такой образ мысли и конкретных действий в большей степени отвечающими назначению Церкви. После издания «Декларации» 1927 г. заместителя патриаршего местоблюстителя митр. Сергия (Страгородского; впосл. патриарх Московский и всея Руси) и введения по его указанию за богослужением молитвенного поминовения гос. властей «мечёвская» община стала «непоминающей» (см. «непоминающие»), отделившись от митр. Сергия. Это вызвало репрессии со стороны властей. В ночь на 29 окт. 1929 г. были арестованы прот. С. Мечёв и еще неск. членов его общины. Основные труды по организации служения в храме и обеспечения его деятельности легли на свящ. Б. Холчева и председателя приходского совета С. А. Никитина. Они поддерживали связь со своим настоятелем, приговоренным к ссылке в Северный край. В 1930 г. Никитин дважды посещал прот. Сергия в г. Кадникове (ныне Вологодской обл.), материально поддерживал его жену и детей.
16 и 17 февр. 1931 г. были арестованы еще 17 чел. из числа клира и прихожан храма свт. Николая в Клённиках, в т. ч. и С. А. Никитин. Содержался в Бутырской тюрьме. Судя по протоколу допроса, он не скрывал свое отношение к гос. политике в вопросах веры: «Мои убеждения расходятся с соввластью по вопросам религии, я считаю неправильным гонение советской власти на религию, и декларация, объявленная Сергием, также неверна, ибо соввласть закрывает церкви и устраивает гонение на религию. Я же являюсь противником этого». 30 апр. 1931 г. он был приговорен к 3 годам лишения свободы и вместе с др. осужденными «мечёвцами» отправлен в Вишерский ИТЛ (ныне г. Красновишерск Пермского края). По прибытии в лагерь был назначен врачом приемного пункта, где производилось медицинское освидетельствование заключенных, что давало возможность помочь находившимся в лагере священнослужителям, напр. освободить их от наиболее тяжелых работ. Через некоторое время С. А. Никитину было поручено заведовать лагерным медпунктом. По субботам и под большие праздники в комнате главврача собирались для совместной молитвы его знакомые из числа заключенных, свящ. Б. Холчев исповедовал и причащал близких, там же хранились запасные Св. Дары. В лагерной больнице под его началом 8 месяцев проработал санитаром прот. сщмч. Илия Четверухин. В туберкулезном отд-нии лагерной больницы С. А. Никитин много общался с заключенным диак. Михаилом Астровым, подвижником благочестия, помогал ему, выписывая дополнительное питание. Также в лагере сблизился и с ученым-востоковедом К. А. Виноградовым, бывш. старостой московского храма иконы Грузинской Божией Матери. Видимо, в общении с Виноградовым, давним помощником архим. Гурия (Егорова; впосл. митрополит), следует искать истоки знакомства в 1950 г. и дальнейшего долгого соработничества С. с митр. Гурием. За полгода до окончания срока С. А. Никитин чудом избежал нового осуждения. В администрации лагеря заметили, что он выдавал заключенным освобождение от работ чаще допустимого. По совету медсестры, сообщившей о почитавшейся в ее родных местах блаженной праведнице Матроне, он мысленно обратился к ней с мольбой о помощи. Вскоре в лагере произошла смена начальства, и дело не получило ход. С. А. Никитин был освобожден даже несколько раньше срока благодаря зачетам за «ударный труд», после чего исполнил свой обет посетить праведницу. При встрече она узнала его, рассказала о себе, предсказала свою кончину и архиерейство приехавшему, просила молиться о ней пред престолом Божиим. Окончательно личность праведницы не установлена. Предположение, что речь идет об исп. Матроне Беляковой Анемнясевской, фактами не подтверждается. По словам С., переданным в воспоминаниях И. С. Мечёвой, Е. В. Апушкиной и Е. А. Булгаковой, подвижница проживала в Пензе, но известно, что вплоть до ареста исп. Матрона Белякова никогда не покидала родную дер. Анемнясево (ныне Рязанской обл.). Очевидно, обращение и поездки были к др. праведнице, на данный момент неизвестной.
В 1933 г. С. А. Никитин освободился из лагеря. Он не имел права жить ближе, чем в 100 км от столицы. По воспоминаниям архиеп. Мелитона (Соловьёва), в то время свящ. Михаила, служившего в ц. прор. Илии с. Ильинского Можайского р-на Московской обл., первое время после освобождения Никитин жил у него. 28 сент. 1933 г. вместе с М. Н. Соколовой (впосл. мон. Иулиания) и несколькими другими членами маросейской общины С. А. Никитин принял участие в перенесении останков прот. А. Мечёва с ликвидируемого Лазаревского кладбища на Введенское (Немецкое). В янв. 1934 г. свящ. М. Соловьёв был арестован, но к этому времени С. А. Никитин уже переехал в пос. Карабаново (ныне город Александровского р-на Владимирской обл.), где устроился на работу врачом в поликлинику. Хотя храм свт. Николая в Клённиках был закрыт в 1932 г., у С. А. Никитина оставалось много родных и друзей в столице. В связи с этим он вскоре переехал из Карабанова в имеющий прямое железнодорожное сообщение с Москвой пос. Струнино (с 1938 город) Александровского р-на Ивановской промышленной обл. (с 1944 во Владимирской обл.). В Струнине он стал заведующим неврологическим отделением больницы и получил отдельную 2-комнатную квартиру на окраине города, в одной из комнат проводил тайные богослужения.
Датировка рукоположения С. А. Никитина в духовный сан затруднена негласностью иерейской хиротонии, актовые документы о месте и времени ее совершения до сих пор не обнаружены. По одной версии, он был тайно рукоположен во диакона, а затем во иерея Ковровским еп. священноисп. Афанасием (Сахаровым) еще в 1925-1927 гг. соответственно 27 сент. (в день Крестовоздвижения) и 28 сент. (в день вмч. Никиты). Эта датировка представлена в воспоминаниях архиеп. Василия (Злотолинского), игум. Евгении (Волощук) и прот. Валерия Бояринцева. Архиеп. Василий свидетельствовал о личной беседе с С., из к-рой следовало, что в лагере в нач. 30-х гг. тот уже был тайным священником и имел антиминс, доставшийся потом архиеп. Василию. По свидетельству архиеп. Василия и игум. Евгении, на тайное священство С. А. Никитин получил благословение от патриарха Московского и всея Руси свт. Тихона (Беллавина). Имеется также свидетельство «маросейца» В. В. Быкова о том, что однажды прот. С. Мечёв рассказывал, как патриарх Тихон в одной из бесед с верными ему священниками советовал им выбрать из прихожан надежных людей для посвящения в тайные иереи, т. к. сплошные аресты могли привести к тому, что верующие останутся без пастырского окормления и богослужений. По воспоминаниям Быкова, в маросейской общине было избрано 9 чел., троих из к-рых успел до ареста рукоположить еп. Афанасий (Сахаров). Датировка 1934-1935 гг. основана на воспоминаниях И. С. Мечёвой, дочери прот. С. Мечёва. Упомянутый ею день рукоположения, Всех святых, в земле Российской просиявших, указан скорее всего ошибочно, т. к. действительный день хиротонии - 27 сент. (без указания года) - определяется по письму еп. Афанасия (Сахарова) к О. А. Остолоповой от 27 сент. 1957 г. (см.: Молитва всех вас спасет...: Мат-лы к жизнеописанию свт. Афанасия. М., 2000. С. 503). В официальном некрологе С. (П. Г. 1963. С. 26) указан 1927 г. без точной даты и имени рукополагавшего.
В Струнине у свящ. Сергия была возможность принимать приезжавших в гости родственников и друзей, в частности И. С. Мечёва. Поддерживалась дружеская связь и с семьей Амбарцумовых, к-рые с 1935 г. жили под Москвой близ ст. Никольское Горьковской железной дороги (ныне в составе г. Балашихи Московской обл.). В 1937 г., предчувствуя арест, последовавший 8 сент., свящ. В. Амбарцумов поручил свящ. Сергию Никитину своего сына Евгения, к-рый почитал своего духовника как отца до самой его кончины. Свящ. С. Никитин поддерживал переписку со вдовой свящ. В. Надеждина Е. С. Надеждиной, а также с оставшейся в Москве с 4 внуками А. Н. Борисоглебской, помогал им материально. Его тайным окормлением пользовалась, по всей вероятности, и семья известного духовного писателя проф. Н. Е. Пестова, также он навещал в пос. Болшево искусствоведа и тайного свящ. С. Н. Дурылина. Весной 1941 г. в Струнине у свящ. Сергия жил прот. С. Мечёв, находившийся на нелегальном положении. Вскоре после отъезда из Струнино он был вновь арестован и на свободу более не вышел (расстрелян 6 янв. 1942). В 40-х гг. XX в. свящ. Сергий стал исповедоваться у свящ. Б. Холчева, к-рый с 1938 г. проживал в Рыбинске практически в затворе. Свящ. С. Никитин проводил домашние службы в основном ночами, т. к. в течение дня был занят на работе, особенно в годы Великой Отечественной войны. С 1943 г. он окормлял всю семью Амбарцумовых, лишившихся в начале войны духовника из-за ареста прот. А. И. Гомановского.
Прекращение во время войны открытых гонений на Церковь со стороны советских властей и изменение внутрицерковной ситуации дали свящ. С. Никитину возможность служить открыто. К этому времени единственным архиереем, авторитетным для большинства «непоминающих», остался еп. Афанасий (Сахаров). Через письма из заключения еп. Афанасий инициировал процесс воссоединения, указывая на отсутствие канонических аргументов против поминовения новоизбранного патриарха Московского и всея Руси Алексия I (Симанского) и настаивая на том, что др. соображения - политические, нравственные и проч.- не могут служить основанием для дальнейшего пребывания в подполье. Для многих «мечёвцев» переход к общению с контролируемой властями Церковью был крайне непрост. В 1946-1948 гг. Е. А. Булгакова после посещения в Рыбинске свящ. Б. Холчева по его просьбе передала в Струнино свящ. Сергию устное сообщение о необходимости примирения с Московской Патриархией. Ей запомнилось первоначальное страшное возмущение свящ. Сергия, воскликнувшего: «Как так?!»
Принятие «непоминающими» патриарха Алексия I поставило вопрос о выходе тайно служивших священников на открытое служение Церкви. С авг. 1946 г., вскоре после открытия Троице-Сергиевой лавры, 1-й ее наместник архим. Гурий (Егоров) был назначен епископом Ташкентским и Среднеазиатским. В 1948 г. он принял в клир своей епархии священников Феодора Семененко и Б. Холчева (в 1949 назначен клириком храма прп. Сергия Радонежского в Фергане). В 1950 г. в Ташкент для встречи с еп. Гурием отправился и свящ. С. Никитин. В ответ на вопрос архиерея, что в первую очередь влечет его к открытому служению: молитва перед престолом, проповедничество или духовничество, он назвал алтарь, молитву и евхаристическое служение. Благожелательно принятый еп. Гурием, свящ. Сергий возвратился в Струнино для увольнения с работы, что вызвало большие сложности, вплоть до вызова в МГБ и угроз, несмотря на разрешение благоволившего ему заведующего горздравотделом. Обстоятельства увольнения заставили еп. Гурия отложить на время назначение свящ. Сергия. 24 дек. 1950 г. он стал настоятелем храма во имя арх. Михаила в г. Курган-Тюбе Таджикской ССР, во 2-й пол. июня 1952 г. возведен в сан протоиерея. Вскоре архиеп. Гурий сообщил прот. С. Никитину о желании перевести его «на большое место и в большой город». Перевод в Сталинабад (ныне Душанбе) 2-м священником и благочинным по Таджикистану был отклонен уполномоченным Совета по делам РПЦ по Таджикистану («Никитин служит очень мало, и его преждевременно выдвигать на такое ответственное место»). Отклонил уполномоченный и варианты с переводом в другую союзную республику (Киргизию или Туркменистан). В результате прот. С. Никитин был назначен 2-м священником храма равноап. Марии Магдалины в г. Ленинабаде (ныне Худжанд) Таджикской ССР. Настоятель храма прот. Митрофан Марковский догадывался о намерении архиеп. Гурия заменить его из-за конфликтов с частью прихожан новым настоятелем, поэтому обстановка на приходе оставалась напряженной. В нач. дек. 1952 г. последовал указ о назначении прот. С. Никитина настоятелем ленинабадского храма, в ответ на это уполномоченный получил от группы прихожан - сторонников прот. М. Марковского - телеграмму с угрозой закрыть молитвенный дом. Прот. С. Никитин выехал для встречи с архиеп. Гурием в Ташкент, но на обратном пути перенес тяжелый приступ стенокардии, явившийся началом заболевания брюшным тифом. 22 янв. 1953 г. архиеп. Гурий был перемещен на Саратовскую кафедру, а 13 марта того же года указом нового еп. Ташкентского и Среднеазиатского Ермогена (Голубева; впосл. архиепископ) прот. С. Никитин назначен настоятелем Покровского собора в Самарканде. До июля 1953 г. он был в соборе единственным священником, служил ежедневно, произносил за каждой службой проповедь. Затем в Покровский собор 2-м священником был назначен иером. Максим, поначалу враждебно относившийся к прот. С. Никитину. Конфликт был улажен при посредстве настоятеля Георгиевского храма Самарканда 85-летнего старца прот. Петра Княжинского.
В нач. 1955 г. прот. Сергий стал клириком кафедрального Успенского собора в Ташкенте. О причинах перевода можно судить по отчету уполномоченного по Узбекской ССР М. Н. Тормашева за 1-ю пол. 1955 г.: «Понимая, что культурный уровень прихожан в городских приходах растет, и малограмотный священник не в силах удовлетворить их запросы ни беседами, ни проповедями, епископ всех священников с низшим образованием при первой же возможности заменяет и направляет в сельские местности. Так, в этом полугодии в штат кафедрального собора в городе Ташкенте… переведен из другого прихода священник НИКИТИН… с высшим образованием». Клириком собора в Ташкенте был также прот. Б. Холчев, вместе с прот. С. Никитиным они вели активное проповедническое служение. Кроме того, они совершали крещение взрослых, непременно с полноценной подготовкой: катехизация, огласительные беседы, предварительная исповедь. В июле 1955 г. прот. С. Никитину было поручено открыть новый приход в пригородном пос. Луначарском (ныне в черте Ташкента). Хлопоты, связанные со строительством, закупкой материалов, поиском денег, наймом рабочих, оказались для него особенно трудными из-за среднеазиатского климата и проблем со здоровьем, и он принял решение перейти в др. епархию. В нояб. 1956 г. в отпуске он посетил в Петушках Владимирской обл. еп. Афанасия (Сахарова), а затем встретился в Днепропетровске с архиеп. Гурием (Егоровым; с 1955 правящий архиерей Днепропетровской и Запорожской епархии), откуда вернулся с твердым намерением перейти служить в Днепропетровск. Архиеп. Ермогену было жаль его отпускать, он просил задержаться, представил к награждению палицей (хотя за год до того вычеркнул из списка претендентов), назначил членом епархиального совета. Однако за эти месяцы прот. С. Никитин пережил рецидив брюшного тифа, и переезд стал необходимостью.
В июне 1957 г. по пути из Ср. Азии в Днепропетровск прот. С. Никитин проезжал через Москву. 17 июня, когда он был в столице, скончался московский свящ. Константин Всехсвятский, к к-рому он не раз обращался за советом. Прот. Сергий встретился на похоронах свящ. Константина с известными московскими иереями, служившими в храме Илии Обыденного: прот. Александром Толгским и свящ. Александром Егоровым. 23 июня 1957 г. прот. Сергий прибыл в Днепропетровск. Архиеп. Гурий назначил его старшим священником Тихвинского жен. мон-ря в Днепропетровске. Насельницам запомнилась деятельная и в то же время тактичная забота протоиерея о надлежащем исполнении богослужебного устава в обители. Его предложения (без указания имени) были включены в подготовленный архиеп. Гурием документ «Обязанности регентши монастыря и уставщицы», в к-ром отмечалась необходимость «строго церковного» пения, без сольных элементов, внятного чтения, соблюдения порядка службы и согласования муз. состава со старшим священником и настоятельницей и полностью совершать определенные части богослужения, в т. ч. стихиры на «Господи, воззвах» на вечерне. С 1 окт. 1957 г. прот. С. Никитин был назначен членом епархиального совета, духовником священства города, района и ставленников епархии, а также председателем экзаменационной комиссии для желающих принять священный сан без семинарского образования. Осенью 1957 г. во время отпуска он посетил в Петушках еп. Афанасия (Сахарова), к годовщине хиротонии получил от него в дар служебник с памятной надписью. В Днепропетровск к прот. Сергию приезжали священники Е. Амбарцумов и Борис Злотолинский, он также регулярно переписывался со мн. знакомыми.
Ухудшение состояния здоровья подтолкнуло прот. С. Никитина к решению принять монашеский постриг. 20 дек. 1958 г. он перенес тяжелый сердечный приступ, а 2 янв. 1959 г. был пострижен в мантию с именем Стефан в честь прп. Стефана Махрищского, вблизи обители к-рого проживал в 30-40-х гг. (в Карабанове и Струнине). С. свидетельствовал о своем чудесном выздоровлении в день пострига. 21 мая 1959 г. архиеп. Гурий был назначен митрополитом Минским и Белорусским, на Днепропетровской кафедре его сменил ранее занимавший Сумскую кафедру еп. Иоасаф (Лелюхин; впосл. митрополит). В это время еп. Иоасаф получил известность из-за тесного сотрудничества с властями и последовательного сворачивания церковной жизни, упразднения мон-рей и приходов там, где ему приходилось служить. Так, Тихвинский мон-рь был закрыт уже в авг. 1959 г. Ранним утром 5 авг., когда С. был чредным священником и совершал проскомидию, прямо в алтарь без предупреждения вошли представители еп. Иоасафа: его секретарь прот. Константин Стаховский, благочинный свящ. Алексий Жбанчиков и протодиак. Иаков. Они потребовали прервать проскомидию и отклонили просьбу отслужить литургию. Прот. К. Стаховский изъял антиминс, людей из храма удалили. Согласно отчету уполномоченного, только в течение года в епархии был закрыт 21 храм. «Он (еп. Иоасаф.- М. Г.) все для нас делает, но только боится чтобы патриарх его не наказал»,- писал уполномоченный Совета по делам РПЦ (ГАРФ. Ф. 6991. Оп. 1. Д. 1791. Л. 8, 14). При этом еп. Иоасаф предлагал С. настоятельство в кафедральном Троицком соборе. Сославшись на болезнь, С. попросил об отпуске, чтобы отдохнуть.
В сент. 1959 г. С. совершил поездку в Москву и в г. Талас (Киргизия), где посетил близких друзей. В том же году он переехал в Минск к митр. Гурию, был назначен сначала клириком, а затем настоятелем митрополичьего Крестового храма Казанской иконы Божией Матери в архиерейском доме. В Минске С. был возведен в сан архимандрита (по др. сведениям, это произошло еще в мае 1959 в Днепропетровске). В рождественские дни 1960 г. в Минск в гости к митр. Гурию приехал из Ташкента архиеп. Ермоген (Голубев) и встретился с С. В марте того же года С. неожиданно получил вызов в Московскую Патриархию. Как выяснилось, архиеп. Ермоген порекомендовал его патриарху Алексию I в качестве кандидата на место скончавшегося Можайского архиеп. Макария (Даева; † 13 янв. 1960), председателя Хозяйственного управления Московской Патриархии. В Москве С. был принят патриархом, а затем митр. Крутицким и Коломенским Николаем (Ярушевичем), помощником к-рого он стал как викарий Московской епархии. 2 апр. 1960 г. решением Синода С. назначен председателем Хозяйственного управления и избран епископом Можайским. 3 апр. патриарх Алексий I возглавил его наречение, а 7 апр.- хиротонию в московском патриаршем Богоявленском соборе в Елохове.
С. много служил с патриархом в Богоявленском соборе, в Троице-Сергиевой лавре, в подмосковных храмах (ц. праведных Иоакима и Анны в г. Можайске, Покровская ц. с. Хомутова, Казанская ц. с. Шеметова, Знаменская ц. с. Аксиньина (ныне в черте Москвы); в храмах пос. Болшево, с. Жегалова, с. Туголес и др.). Также С. посещал подведомственные ему храмы с проверкой соблюдения устава. Приезжал скромно, вставал у порога, затем давал священнику нужные указания. Проживал С. в комнате без окна, выходившей в притвор ц. Ризоположения на Донской ул. в Москве. Особенно любил молиться в малом соборе Донского мон-ря (в то время приписном к ц. Ризоположения), по личному благословению патриарха Алексия I служил там, гл. обр. в дни, когда память рус. святых совпадала с памятью святых древних и «заслонялась» ими. К С. ежедневно приходили посетители, по воспоминаниям А. Б. Ефимова, 17-18 чел. в день, многим из них он помогал, напр., снятому властями с регистрации и выдворенному с места служения (кафедральный собор в Днепропетровске) свящ. Димитрию Тяпочкину (впосл. архимандрит Серафим) через митр. Николая (Ярушевича) удалось восстановить регистрацию, а оказавшийся в канцелярии Белгородский еп. Леонид (Поляков) пригласил священника в свою епархию.
Вместе с митр. Николаем С. старался максимально сдерживать давление на Церковь во время антирелиг. кампании, развязанной с кон. 50-х гг. XX в. по инициативе Н. С. Хрущёва. В докладе уполномоченного Совета по делам РПЦ в Москве и Московской обл. А. А. Трушина за 1960 г. отмечалось противодействие митр. Николая и С. мерам властей по сокращению числа священнослужителей: они «допускали отступления от установленного порядка и производили рукоположения отдельных лиц без нашего согласования. Этим можно и объяснить тот факт, что за прошлый год число вновь рукоположенных увеличилось до 16 человек». В июне 1960 г. митр. Николай был уволен с должности председателя Отдела внешних церковных сношений, в сент. 1960 г. отправлен на покой. 15 сент. был освобожден от управления Ташкентской епархией архиеп. Ермоген (Голубев). То, что в таких обстоятельствах мн. архиереи не решались или даже не стремились отстаивать храмы, поддерживать церковную жизнь, крайне огорчало С. На место митр. Николая был переведен с Ленинградской кафедры митр. Питирим (Свиридов), который не был столь же решительным, как митр. Николай, в защите церковных интересов. Уполномоченный Трушин отмечал в отчете сокращение числа рукоположений с 24 в 1958 г. до 16 в 1960 г. и 9 в 1961 г., утверждая, что это «явилось результатом работы с митр. Питиримом», от к-рого требовалось среди прочего не рукополагать людей «светских», не окончивших духовных учебных заведений (выпускников духовных школ было слишком мало для решения проблемы нехватки священников). Из того же отчета известно, что С. тем не менее предлагал для рукоположения неск. «светских» кандидатов. В характеристике на С. от 30 июня 1961 г., составленной Трушиным, отмечено, что, несмотря на обещание согласовывать с ним свои действия, «Стефан неоднократно пытался нарушать установившийся порядок. Исполняя обязанности управляющего епархией, он активно делал попытки, направленные на укрепление церкви».
В эти трудные для Церкви времена С. особенно любил уставное богослужение. По свидетельству прот. Александра Куликова, С. говорил, что пробовал бороться с заменой уставных частей службы на акафисты в разных местах: «Когда уже был епископом Можайским и жил при Ризоположенском храме, я всегда вечером в воскресенье шел в алтарь, стоял службу, просил пополнее читать и петь стихиры, а потом, когда начинался акафист, я торжественно уходил». Как и прежде, С. активно проповедовал, а также окормлял духовных чад, исповедуя их часто в своей келье, подальше от посторонних. Среди них были В. Н. Воробьёв (впосл. протоиерей, ректор ПСТГУ) и А. Б. Ефимов (впосл. декан миссионерского фак-та ПСТГУ). В кон. 1961 г. у С. случился удар, сопровождавшийся параличом правой стороны тела. 9 апр. 1962 г. он был освобожден от должности епископа Можайского и от обязанностей председателя Хозяйственного управления Патриархии, уволен на покой по болезни, согласно прошению.
После частичного восстановления здоровья, в нач. лета 1962 г., С. рассматривал возможные варианты мест проживания на покое: Кривой Рог, где после закрытия днепропетровского Троицкого мон-ря и перевода митр. Гурия на Ленинградскую кафедру жила и работала в больнице мон. Евгения (Волощук), много помогавшая С., или с. Карижа под Малоярославцем в Калужской обл. (это место предлагал свящ. Георгий Кондратьев, духовный сын С. еще со Ср. Азии). Однако постановлением Синода от 19 июля 1962 г. С. был назначен временно управляющим Калужской епархией в период болезни Калужского архиеп. Леонида (Лобачёва). По состоянию здоровья архиеп. Леонид не смог противостоять действиям властей по закрытию церквей. Если на момент его назначения в Калужскую епархию в марте 1960 г. там было зарегистрировано 37 храмов, то к кон. 1961 г. их осталось лишь 29, причем в 8 из-за отсутствия священников службы не совершались. Один храм был передан под школьный спортзал перед самым приездом С. Активные действия, предпринятые им, нашли отражение в отчете уполномоченного по Калужской обл. В. А. Смолина за 1962 г.: «Епископ Стефан пытается поддерживать приходящие в упадок общины, укрепить пошатнувшееся влияние церкви. В первые же дни пребывания своего в Калуге он с помощью патриархии заполнил вакантные должности в трех церквях, стремится подбирать более «достойные», крепкие в вере кадры. Знакомых священников из других епархий (Минской, Среднеазиатской, г. Ташкента), где ранее он работал, приглашает на работу в Калужскую епархию».
Серьезную проблему в Калуге для С. представлял состав приходского совета кафедрального Георгиевского собора, куда властям удалось ввести враждебно настроенных к Церкви лиц. Настоятель собора и по совместительству секретарь епархии митрофорный прот. Сергий не вызывал у С. доверия, общаться с ним было труднее, чем с уполномоченным, с к-рым у архиерея установились «неплохие» отношения (по свидетельству Ефимова). Прот. Глеб Каледа вспоминал растерянность С. при составлении годового отчета: «Не знаю, что делать: всюду церкви закрываются, а у меня в епархии два новых храма открылись. ЧП! Как писать? Я же не могу подвести своего уполномоченного. С ним можно работать». Также прот. Г. Каледа упоминал и то, как С. добился открытия этих храмов: «В глухих углах епархии крепкие православные бабки захотели открыть храмы. Конечно, отказ. Епископ уговаривает уполномоченного: «Если не разрешим им, то они будут собираться по избам и домам, и там они наговорят все что угодно, и закрытые храмы вспомнят. В открытом храме все видно. Да и за нас с вами помолятся. С бабками надо быть очень осторожными»».
Архиерейский дом в Калуге располагался примерно в 500 м от Николо-Козинской ц., в нем было удобно принимать духовных детей и др. посетителей, в т. ч. и в неурочное время. По воспоминаниям прот. А. Куликова, С. в Калуге нравились и климат, и близость Оптиной пуст., куда получалось иногда съездить, поплакать на св. месте, вспоминая старцев, привезти в утешение домой веточку, а Е. В. Апушкина вспоминала, как С. говорил: «Много я жил в разных местах… но только во владимирских пределах и здесь, в Калуге, я чувствую себя дома, в родном месте». Несмотря на нек-рое улучшение здоровья, С. не мог часто служить, писать правой рукой, благословлять мог только общим благословением. Причащался ежедневно. Близкие не сразу сообщили С. о кончине еп. Афанасия (Сахарова; † 28 окт. 1962), он узнал о ней от посторонних людей и много скорбел. Великим постом 1963 г. состояние здоровья С. ухудшилось, он не мог посещать храм. На Страстной седмице вновь начал ездить в церковь. Служил на Пасху, в Светлый четверток, в Фомину неделю (в этот день приезжал духовный сын В. М. Кречетов (ныне протоиерей); это была их последняя встреча). Есть свидетельство о том, что в последнюю неделю жизни С. часто вспоминал архиеп. Мелхиседека (Паевского), почившего в храме, у престола, и говорил: «Вот бы так умереть!..» В субботу 27 апр. 1963 г. С. отслужил всенощное бдение, а утром 28 апр., в Неделю жен-мироносиц, чувствовал себя очень плохо, но от предложения не служить отказался. На предупреждение о возможной смерти в храме ответил: «Вот хорошо-то! Дай Бог, чтобы по твоему слову вышло».
Скончался на следующий день в Георгиевском соборе Калуги в нижнем храме, сразу по совершении литургии, во время произнесения проповеди. Тело почившего оставили в храме, в том же облачении, а гроб покрыли мантией, в к-рой владыка скончался. Отпевание С. 30 апр. возглавил архиеп. Леонид (Лобачёв), ему сослужили почти 20 священников. Приехали родственники, близкие, духовные чада. С местом погребения С. возникли проблемы из-за позиции властей, к-рые боялись внимания к похоронам, ссылаясь на близкий первомайский праздник. Было отказано в похоронах в Троице-Сергиевой лавре и в Переделкине. Однако свящ. А. Куликов приехал в с. Акулово (ныне Одинцовского городского окр. Московской обл.) к служившему там духовнику С. прот. Сергию Орлову с известием о том, что С. негде хоронить, и вспомнил, как однажды С., будучи в Акулове, сказал: «Как здесь хорошо! Вот если бы здесь похороненным быть…» Вспомнил это и прот. С. Орлов. Он добился от местных властей разрешения на погребение С. в Акулове. Тело С. на пути из Калуги сопровождали Кречетов (впосл. настоятель акуловского храма) и Ефимов. В гроб С. положили антиминс, на к-ром он совершал литургию, еще будучи тайным священником. Похоронен у Покровского храма, за алтарем.