В 1903 г. поступил послушником в Оптину в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы пустынь. 27 нояб. 1911 г. пострижен в монашество с именем Иоанникий. 16 нояб. 1914 г. рукоположен во диакона. С 1917 г. служил экономом в архиерейском доме у Калужского еп. Феофана (Тулякова). В 1918 г. мобилизован в тыловое ополчение, в котором прослужил 2 года. В 1921 г. еп. Феофаном рукоположен во иерея к Димитриевскому храму с. Сухининки Калужского у. и губ. В 1928 г. еп. Стефан (Виноградов) возвел И. в сан игумена и определил настоятелем общины монахов и монахинь, живших в закрытом по решению гражданских властей Мещовском мужском монастыре. Здесь И. стал духовником всей братии. По благословению еп. Стефана И. материально поддерживал монахов и монахинь, особенно старых и больных - передавал им пищу и деньги. Просил служивших в разных местах священников отдавать часть доходов на нужды братии. В 1929 г. И. был назначен настоятелем мещовского Благовещенского собора. Несмотря на то что монахов выселили из монастыря и они жили теперь на частных квартирах, все строго выполняли устав и образовали некое подобие монастырской общины, где И. продолжал быть духовником. Службы проходили в церкви ежедневно и велись по монастырскому уставу.
31 окт. 1932 г. И. был арестован по обвинению «в создании контрреволюционной группировки из монашествующих и бывших торговцев и проведении агитации против мероприятий советской власти», заключен в тюрьму Брянска. Виновным себя не признал, все обвинения категорически отверг. 15 марта 1933 г. приговорен Особой тройкой при Полномочном представительстве ОГПУ по Западной обл. к ссылке в Северный край на 5 лет. По возвращении из ссылки направлен служить в Калугу, в Никольский храм на Козинке. Был возведен в сан архимандрита. Осенью 1937 г. арестован по обвинению «в активной контрреволюционной деятельности» вместе с Калужским архиеп. сщмч. Августином (Беляевым) и группой духовенства Калуги. На следствии И. подтвердил свои высказывания, что советская власть «несправедливо проводит репрессии в отношении... духовенства» и «в результате ее политики по всему Советскому Союзу закрылись церкви». Но при этом отказался признавать себя виновным в контрреволюционной деятельности и оговаривать других. 19 нояб. 1937 г. Особой тройкой при УНКВД по Тульской обл. приговорен к расстрелу вместе с архиеп. Августином, прот. сщмч. Иоанном Сперанским, псаломщиками мучениками Алексием Горбачёвым, Аполлоном Бабичевым и членом церковного совета Михаилом Арефьевым. Казнен вместе с ними, погребен в общей безвестной могиле. Прославлен Архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.