Более подробно о жизни села известно с XVI в., когда оно стало центром обширной Сысольской земли. В сотной книге 1600 г. на Сысольскую землю - выписке из Писцовой книги И. Г. Огарёва и Ф. Юрьева за 1586 г. содержится описание храмов села. В источнике указаны церкви в погосте Вотча: в честь Рождества Пресв. Богородицы и теплая ц. во имя мучеников Флора и Лавра, обе клетского типа, ц. во имя свт. Стефана Пермского, круглая с папертью, и теплая ц. во имя свт. Афанасия Великого. Переписчик земель отметил, что в церквах были «образы и книги, и свечи, и сосуды церковные, и ризы, и колокола, и все церковное строение мирское» (Зимин, Копанев. 1970. С. 469). О существовании монастыря в последующее время сведений не сохранилось. Как отмечал свящ. П. Шаламов, ему об обители было известно только то, что ее упразднили до введения штатов в 1764 г. (Шаламов. 1911. С. 8; ИРИ. Ч. 6. С. 238). Обитель была связана с миссионерской деятельностью свт. Стефана, так что «в ней до самого упразднения многие стихи церковной службы, монахами певаемые, были на зырянском языке» (ИРИ. Ч. 6. С. 238). По упразднении пустыни на ее месте, в 5 верстах от с. Вотча, была поставлена часовня. В 1834 г. на месте бывш. Стефановской пуст. была построена каменная одноэтажная ц. во имя свт. Стефана Пермского (освящена в 1842). Кладбищенская церковь просуществовала до 1893 г., потом ее разобрали по причине ветхости. В 1903 г. возведен новый Стефановский храм с приделами в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и во имя вмч. Пантелеимона. 20 июня 1903 г. еп. Вологодский и Тотемский Алексий (Соболев) в сослужении сонма духовенства и при многочисленном стечении народа совершил освящение церкви.
В XVII-XX вв. в с. Вотча продолжали действовать храмы с приходами, к-рые неоднократно перестраивались. В 1616 г. была воздвигнута ц. во имя свт. Афанасия Великого. В 1718 г. жители ходатайствовали о возведении ц. во имя мучеников Флора и Лавра. В 1773 г. была возведена новая ц. во имя святителей Афанасия Великого и Кирилла Александрийского с приделами во имя мучеников Флора и Лавра. Храм освящен 1 июня 1774 г. В 1790 г. вместо пришедшей в ветхость Рождественской ц. была построена новая с приделом во имя свт. Стефана Пермского (освящена 16 июня 1792). Она действовала до 1829 г., когда с благословения еп. Вологодского и Великоустюжского Онисифора (Боровика) началось возведение 2-этажного каменного храма, соединившего существовавшие ранее церкви села. Верхний летний храм был освящен в честь Рождества Пресв. Богородицы, нижний - во имя святителей Афанасия Великого и Кирилла Александрийского с приделами во имя свт. Тихона Амафунтского и мучеников Флора и Лавра. Нижний храм освятили в 30-х гг. XIX в., а летний - в 1841 г. В 1876-1879 гг. на пожертвование поставлена церковная каменная ограда с железными решетками и 2 входными воротами. В нач. XX в. летняя церковь была расписана устюжским худож. А. В. Жилиным. Храм построен в стиле классицизма с редкой 3-гранной формой алтаря. В Рождественской ц. хранились святыни из упраздненного мон-ря и прежних церквей: иконы свт. Стефана Пермского, Нерукотворного Спаса, Богородицы «Неувядающий Цвет», свт. Афанасия Александрийского. Проч. монастырское церковное имущество (утварь, сосуды, ризы, колокола) по указу архиеп. Великоустюжского и Тотемского Гавриила (Русского) в 1739 г. было передано в Великоустюжский архиерейский дом, а впосл. его разместили в церквах г. Вел. Устюга. Считалось, что Евангелие больших размеров в серебряном окладе поступило в ц. во имя св. Жен-мироносиц Вел. Устюга из С. А. м.
Также из мон-ря происходила главная особо почитаемая святыня Рождественского храма - икона свт. Стефана, по преданию созданная в Москве. Свящ. П. Шаламов описывал: «Посередине иконы изображен Святитель в полном облачении, на персях Святителя панагия со святыми мощами, а по краям иконы жития и чудеса его» (Шаламов. 1911. С. 23). Она была 2 аршина с четвертью в длину, 1 аршин и три четверти в ширину, украшена серебряной позолоченной ризой, выполненной в С.-Петербурге. Обратная сторона была обита медными листами. Икона весила ок. 9 пудов. Указ Синода от 13 июля 1862 г. предписывал выносить на 6 недель (в год?) икону свт. Стефана для поклонения в церкви в села Усть-Вымь и Ижма (ныне Ижемского р-на Республики Коми), в Пермскую губ. Др. святыней Богородицкой ц. был серебряный позолоченный крест с мощами святителей Алексия, митр. Московского, и Иоанна, архиеп. Новгородского, преподобных Нила Столобенского и Макария Калязинского, прав. Симеона Верхотурского. Почитаемой святыней прихода являлся образ Нерукотворного Спаса, написанный в 1717 г. А. П. Кузнецовым.
В Вотчинский приход входили погост и 9 деревень. Ввиду удаленности в Усть-Сысольском у. в деревнях Вадыб, Вельпон, Сернавская (ныне Пустошь Сысольского р-на), Куниб (ныне село Сысольского р-на) были устроены часовни. Причт церкви в Вотче состоял из священника, диакона и пономаря. В кон. XIX - нач. XX в. на приходе служили священники Шаламовы. Они закончили Вологодскую ДС, где готовили священнослужителей для Коми края, в 1843 г. там ввели преподавание коми-зырянского языка. При свящ. Н. И. Шаламове (1867-1899) было открыто земское уч-ще (1881), построена каменная ограда, куплен колокол весом 214 пудов. Шаламов имел церковные награды. После него служил его сын свящ. П. Н. Шаламов, автор исследования по истории местного края. Он был награжден набедренником, серебряной медалью Красного Креста в память об участии в русско-япон. войне, серебряной медалью на Владимирской и Александрийской лентах в честь 25-летия церковноприходских школ (открыта в Вотче в 1860).
Храм оставался действующим до 30-х гг. XX в. В 1933 г. здание изъяли из пользования общины верующих. Свящ. П. Шаламов с супругой М. А. Шаламовой были расстреляны. По преданию, главную святыню прихода икону свт. Стефана верующие спрятали и спасли от осквернения. Впосл. Рождественский храм использовался под хозяйственные нужды, с 60-х гг. XX в. заброшен и постепенно разрушался.
Решением Синода от 17 июля 1996 г. С. А. м. был возрожден как мужской. В с. Вотча построили деревянный храм во имя свт. Стефана и часовню во имя священноисп. Виктора (Островидова). В 1999 г. братия во главе с наместником иером. Стефаном (Бабаевым) перешла в юрисдикцию РПЦЗ под управлением митр. Виталия (Устинова), а после того как он удалился на покой (2001), ушла в раскол. Решением Синода от 1 апр. 1999 г. иером. Стефана (Бабаева) освободили от обязанностей наместника С. А. м. И. о. наместника мон-ря назначен иером. Стефан (Чернавский).
6 окт. 1999 г. Синод по прошению еп. Сыктывкарского и Воркутинского Питирима (Волочкова) принял решение о преобразовании С. А. м. в женский. Настоятельницей мон-ря была назначена мон. Василисса (Мосягина; впосл. игумения). Рождественскую ц. передали монастырю в полуразрушенном состоянии. Община сестер поселилась в пос. Первомайском. На подворье в конторе лесосплава были устроены домовый храм во имя свт. Стефана Пермского, гостиница, хозяйственный двор. В обустройстве обители большую помощь оказали местные жители, передавшие в храм сохранившиеся иконы. Подворье мон-ря находится в с. Куниб, где построены деревянный храм в честь Владимирской иконы Божией Матери и сестринский корпус. Ежегодно в престольный праздник в Петропавловской ц. останавливаются для богослужения и ночлега участники крестного хода из старинного с. Ыб Сыктывдинского р-на Республики Коми до с. Вотча.