В это время Враца и ее окрестности находились под контролем Османа Пазванд-оглу (ум. в 1807), в 1792 г. самочинно захватившего власть в Видинском пашалыке, и постоянно подвергались разорению со стороны как его отрядов, так и османских войск, направляемых на подавление этого мятежа. Турки считали, что у С., как у архиерея, должно быть много денег, поэтому по любому случаю требовали от него выплат. Однако С. средств не имел и, опасаясь за свою жизнь, был вынужден скитаться по разным местам. В 1800 г. он попросил знакомого иером. Каллиника, грека, проживавшего в одном из валашских мон-рей, к-рого Осман Пазванд-оглу намеревался поставить на Видинскую кафедру, содействовать получению от самозваного правителя разрешения на сбор церковных налогов во Врачанской епархии. В результате С. пригласили в Видин для совершения богослужений, но фактически держали там в качестве заложника до официального назначения иером. Каллиника на кафедру. Только через 2,5 года, после хиротонии иером. Каллиника во епископа Видинского, которую по просьбе Пазванд-оглу совершил 9 апр. 1803 г. в Бухаресте митр. Унгро-Влахийский Досифей (Филитти), С. получил разрешение вернуться в епархию. Однако он не мог находиться во Враце, т. к. она находилась под управлением разбойников-кырджалиев, поэтому он ушел в Крайову, а затем в Бухарест, где в Княжеской академии учились его внуки Стефан (Стойко) и Атанас. Время его прибытия в Бухарест неизвестно, румынские исследователи полагают, что это произошло уже в 1802 г. (Dură. 1991. P. 104-105). Митр. Досифей оказал ему теплый прием и представил валашскому господарю Константину Ипсиланти (1802-1806). В 1807 г. С. подал прошение о почислении на покой, к-рое было удовлетворено в 1813 г. В Бухаресте С. активно занимался переписыванием и составлением сочинений на болг. языке и общественно-политической деятельностью. Как «архиерей Болгарский» он выступал в качестве представителя болг. народа перед рус. дипломатами и военными. В письме от 10 янв. 1808 г. уроженцу Врацы, одному из основателей Болгарского благотворительного комитета в Бухаресте, И. А. Замбину, С. писал о желании болгар быть «под российскою державою»: содержание этого письма вызвало оживленное обсуждение в дипломатической переписке и было передано российскому имп. Александру I Павловичу. Сохранились свидетельства контактов С. с рус. консулом в Бухаресте Л. Г. Кирико и с командованием рус. войск, введенных в 1806 г. в Молдавию и Валахию. Во время русско-тур. войны 1806-1812 гг. С. принял активное участие в формировании отрядов болг. добровольцев, в 1808-1811 гг. неоднократно предлагал рус. военному командованию ввести войска в болг. земли и создать из болг. колоний в Валахии, Молдавии и Бессарабии автономную область под протекторатом России. Он обратился с воззванием к «роду болгарскому» (Бухарест, 1810), в к-ром сообщал о приближающемся избавлении от «турецкого варварского мучительства», о вступлении российской армии на болг. земли и призывал оказать освободителям необходимую помощь. В нояб. 1810 г. С. обратился с письменным ходатайством к ген. Н. М. Каменскому († 1811), командующему Дунайской армией, о выделении ему мон-ря близ Бухареста для «успокоения и пропитания». Обитель ему предоставили, но какую именно, неизвестно. Румын. исследователь Н. Дурэ предполагает, что нек-рое время он управлял мон-рем Михай-Водэ, где в тот период располагался госпиталь для раненых русских солдат, а потом проживал в семье родных (Ibidem). В лит-ре распространены утверждения со ссылкой на издававшуюся в Бухаресте некую серб. газ. «Srpsca novina» (1838. N 4, 12 sept.), что С. нашел последнее пристанище в мон-ре «Щербан Вода» (Робинсон А. Н., Дылевский Н. М. Софроний Врачанский и его жизнеописание // Софроний Врачанский. 1976. С. 82). Однако о существовании в Бухаресте и его округе подобной обители неизвестно, возможно, под таким названием действовала гостиница для болг. купцов с домовым храмом, к-рая пострадала при землетрясении в 1838 г. и была снесена в 40-х гг. XIX в. (см.: Dură. 1991). Согласно устному местному преданию, С. был игуменом, скончался и был похоронен в мон-ре Мэркуца (ныне в черте Бухареста; Păcurariu M. Istoria Bisericii Ortodoxe Romane. Vol. 2. P. 554).
Из обширного рукописного наследия С. сохранились 2 списка «Истории славяноболгарской» (1765: НБКМ. № 368; 1781: Bucur. Acad. Romana. Slav. № 438), сб. «Дамаскин» (1765: БАН. № 13.1.19), 3 списка Часослова, Служебник (1794?), 2 рукописных сборника назидательных сочинений и проповедей (НБКМ. № 356, 1093) и др. В сб. № 1093 он включил фрагмент трактата А. Марлиани «Политический театр» (Theatrum Politicum. R., 1621), популярного в греческой и славянской книжности XVII-XVIII вв. и доступного ему в греч. переводе, на основе к-рого он позже составил обширное соч. «Гражданский театр» (Гражданское позорище, 1809; НБКМ. № 357), осмыслив его идеи в социально-политическом и культурном контексте своего времени. Сборник воскресных проповедей С. «Кириакодромион сиреч Неделник» (Рымник, 1806) стал 1-й печатной книгой на новоболг. языке и под названием «Софроние» многократно переиздавался в XIX-XX вв.
В Бухаресте С. составил автобиографию «Житие и страдания грешного Софрония», в к-рой красочно описал свои странствия и перенесенные им от турок издевательства, побои, вымогательства и проч. По сути это автобиографическое повествование является рассказом о жизни и страданиях всего болг. народа в этот период. Впервые отредактированный текст «Жития...» был опубликован Г. С. Раковским в газ. «Дунайский лебедь» (Дунавски лебед. Београд, 1861. Год. 2. Бр. 55-61); эта публикация основана на списке, выполненном, вероятно с автографа, В. И. Григоровичем Автограф «Жития...» в составе сборника, в к-рый также вошли отрывки переводных сочинений «Исповедание Православной веры», «Обычаи и законы еврейские» и «Мохамеданские религия и состояние», оказался в собрании М. П. Погодина (РНБ. Погод. № 1204; Орешков П. Н. Автобиография на Софрони Врачански. София, 1914; Софроний Врачанский. 1976).
Сохранились 2 автопортрета С.: в сб. № 1204 (Л. 5 об.) и в рукописном сб. «Кириакодромионе сиреч Неделнике» 1806 г. (Болгария. Шумен. Региональный исторический музей), на к-рых он изобразил себя пожилым человеком с седыми волосами и бородой в архиерейском облачении, в левой руке он держит архиерейский посох, а правой благословляет. Два парадных портрета С. в епископском облачении были выполнены, вероятно, по заказу его внука Стефана Вогориде неизвестным художником («Софроний Богориди, епископ Врачанский от Казана в Великой Мисии, сиреч Болгарии. 1812». Болгария. Пловдив. Худож. галерея; ЦИАМ).
Внуки С. от сына Ивана основали фанариотский княжеский род Богориди (Вогориде). Наиболее известными его представителями были: внук С. кн. Стефан (ок. 1780-1859; каймакам Молдавского княжества в 1821-1822, правитель о-ва Самос в 1836-1849), правнуки С. Николай (Николае; 1820-1863; каймакам Молдавского княжества в 1857-1858) и Александр (1822-1910; тур. посланник в Вене в 1877-1878, генерал-губернатор Вост. Румелии в 1879-1884, с 1893 неск. раз выдвигал свою кандидатуру на болг. престол). Внук С. от дочери Марии, Петр Цонков Петров (ок. 1790-1865), принял монашеский постриг с именем Поликарп, в июле 1852 г. был хиротонисан во епископа Патарского (Патроликийского), назначен настоятелем болг. ц. во имя св. Стефана в Стамбуле и наместником кафедры в Бузэу (Румыния). 11 мая 1857 г. еп. Поликарп совершил богослужение в день памяти равноапостольных Кирилла и Мефодия, также он издал «Житие и историю святых отец наших Кирилла и Мефодия Болгарских просветителей» (Стамбул, 1857).
25 марта 1813 г. «духовный сын» С., учитель из г. Трявна Димитр Попски, написал в его честь оду, в которой восхвалял достоинства своего «милостивого благотворителя» (Дунавски лебед. 1861. Год. 2. Бр. 54). 31 дек. 1964 г. С. был канонизирован Болгарской Православной Церковью (БПЦ) в лике святителей. Во имя С. были освящены храм в г. Червен-Бряге (1983, Болгария) и приход БПЦ в Лионе (1997, Франция). В 1989 г. решением Видинской епархии БПЦ храм в честь Вознесения Господня во Враце был объявлен храмом-памятником С. В 1972 г. рядом с ним был основан Этнографический центр истории болгарского возрождения «Св. Софроний Врачанский» (Етнографско-възрожденски комплекс «Св. Софроний Врачански»).
Имя С. носят неск. учебных заведений и улиц в городах Болгарии