учреждена указом имп. Павла I Петровича 1 мая 1797 г., после посещения государем Вифанского в честь Преображения Господня мон-ря, в указе оговаривалось число учеников в В. с.- 100 чел. Открытие семинарии было подготовлено Московским митр. Платоном (Левшиным). Во исполнение указа при Троицкой ДС было создано особое отд-ние, через 3 года на берегу Вифанского пруда для новой семинарии построили корпус по проекту архит. С. Болдырева (здание, в плане представлявшее собой букву «П», напоминало замок благодаря декоративным башням и рву с подъемным мостом), открытие В. с. состоялось в авг. 1800 г.
Курс обучения в семинарии делился на низший и высший грамматические классы, классы риторики, философии и богословия. Преподавались словесность, всеобщая история, философия, математика и физика, богословие изъяснительное, созерцательное и нравственное, археология, Свящ. Писание, церковная история, лат., греч., нем. и франц. языки. Большое внимание уделялось изучению древних языков, преподавание велось на латыни. Много времени отводилось занятиям музыкой, из семинаристов были организованы оркестры, к-рые управлялись специально нанятыми капельмейстерами. В помещении богословского класса размещался оргaн, подаренный Московскому митр. Платону гр. А. А. Орловой-Чесменской. Семинаристы занимались также декламацией, пением, постановкой мистерий. В 1797-1804 гг. В. с. находилась под управлением ректора Троицкой ДС и МДА Августина (Виноградского; впосл. архиепископ Московский), в 1804-1812 гг. ректором В. с. являлся архим. Гедеон (Фомин).
Материальное положение В. с. в нач. XIX в. было прочным, в немалой степени благодаря непосредственному участию митр. Платона в ее обеспечении, все учащиеся находились на казенном содержании. В первые годы семинария являлась образцовой как в материальном аспекте, так и по составу учащихся - митр. Платон принимал в В. с. наиболее одаренных учеников и отсылал неспособных в др. семинарии.
В 1814 г. в ходе реформы духовного образования было принято решение о закрытии В. с. Московский архиеп. Августин (Виноградский) ходатайствовал о ее сохранении, его ходатайство было удовлетворено, и 21 сент. 1814 г. Синод постановил открыть преобразованную В. с., что и состоялось 5 нояб. Из прежних учеников в нее зачислили 63 чел., 133 учащихся были переведены из Троицкой ДС, 50 - из бывш. Славяно-греко-латинской академии и 20 - из закрытой Дмитровской ДС. Общее число учащихся составило 266 чел., что существенно превысило допустимую для семинарского здания норму. С годами число учеников в В. с. увеличилось (в 1824 - 284 чел., в 1826 - 298, в 1838 - 365 чел.), и потому остро встал вопрос о строительстве новых зданий. 4 сент. 1826 г. был издан указ о выделении средств на строительство нового корпуса, к-рый был завершен в 1829 г. В 1832 г. при семинарии возвели корпус для столовой, в 1842 г.- больничный флигель, в 1846 г.- баню, в 1867 г.- корпус для семейных преподавателей. В 1859 г. оклады служащих в В. с. были увеличены и уравнены с окладами служащих в С.-Петербургской ДС.
В ведении В. с. состояли Звенигородское и Дмитровское духовные уч-ща, позднее также Волоколамское ДУ, в к-рых учились выходцы из приходов Верейского, Звенигородского, Можайского, Рузского, Волоколамского, Клинского и Дмитровского уездов. В В. с. также были учащиеся из др. епархий, в частности из Переславского и Александровского уездов Владимирской губ. Начиная с 50-х гг. в семинарии обучались сербы, черногорцы и болгары. При свт. Филарете на лекции в семинарии начали допускаться вольнослушатели.
Начиная с 1814 г. учащиеся семинарии делились на казенных и пансионеров. К первым относились воспитанники, за к-рых епархия или родители вносили полную сумму их содержания. Пансионеры оплачивали только питание и жилье в общежитии, размер оплаты зависел от материального положения семинариста, что позволяло обучаться в В. с. юношам из самых бедных семей. Льготы ученикам и постепенная инфляция привели к тому, что вскоре В. с. оказалась в тяжелом материальном положении, несмотря на поступавшие пожертвования; к сер. XIX в. из элитного учебного заведения она превратилась в духовную школу для юношей из самых бедных слоев духовного сословия, выпускники к-рой служили в сельских приходах.
В 1830 г. курс обучения в семинарии состоял из низшего, среднего и высшего отд-ний, в к-рых преподавались словесность, всеобщая история, греч., лат., древнеевр., нем. и франц. языки, математика, физика, философские и богословские науки, библейская и церковная история. Изменения в системе духовного образования, проведенные в 1840 г. по инициативе обер-прокурора Синода гр. Н. А. Протасова, привели к усилению церковно-исторических дисциплин и придали семинарскому образованию более практическое направление. Однако все это не изменило радикально обучение в В. с., поскольку в ней, согласно еще инструкции митр. Платона, и ранее большое внимание уделялось истории. Исключение из преподавания философии компенсировалось тем, что на уроках лат. языка учащиеся переводили «философские системы». Начиная с 1840 г. преподавание велось на рус. языке.
Реформа, начатая после принятия нового устава духовных семинарий в 1867 г., вновь едва не привела к закрытию В. с. Состояние ее зданий не соответствовало предъявляемым требованиям, средств на реконструкцию не было. Кроме того, в 60-х гг. уменьшилось количество приходов и на нек-рое время вообще отпала нужда в новых священнослужителях. На съезде московского духовенства 30 авг. 1869 г. обсуждался вопрос о необходимости сохранения В. с. Заступничество выпускников семинарии и рядовых граждан спасло ее от закрытия. Большую роль в сохранении В. с. сыграло ее значение для подготовки сельского духовенства.
До 1872 г. в В. с. выпуски проходили раз в 2 года. В 1870/71 г. произошел переход к учебным программам с 6 одногодичными курсами. К 70-м гг. число учеников в В. с. уменьшилось (в 1878 - 249 воспитанников). В 1886 г. в соответствии с уставом духовных семинарий 1884 г. при В. с. открылась образцовая начальная школа. На жизни В. с. отразились революционные события 1905-1907 гг. Представители семинарии присутствовали на нелегальном Всероссийском общесеминарском съезде (Москва, 25-27 дек. 1906). В апр. 1907 г. учащиеся В. с. подписали петицию против распоряжения правления семинарии об увольнении неск. учеников. В ответ в семинарии было проведено массовое отчисление студентов, выпуск 1908 г. не состоялся.
В 1917 г. состоялся последний набор в В. с., 11 нояб. «ввиду тяжелых экономических условий» занятия были прекращены и воспитанники отпущены домой (согласно распоряжению, «по 5 февраля 1918 г.»), занятия в семинарии не возобновились. За все время своего существования В. с. подготовила и выпустила свыше 3500 чел. Среди ее выпускников - новомученики протоиереи Григорий Воинов и Сергий Константинов, свящ. Константин Некрасов, диак. Николай Цветков, а также профессора МДА Алексей И. Введенский, В. П. Виноградов, Д. Ф. Голубинский, П. И. Горский-Платонов, П. С. Казанский, Н. Ф. Каптерев, проф. КазДА А. И. Гренков, археолог К. И. Невоструев и др.
Среди ректоров семинарии были буд. архиереи, деятели духовного просвещения, ученые, люди высокой монашеской жизни: Парфений (Чертков, 1814-1817; впосл. архиеп. Владимирский), Никанор (Клементьевский, 1818-1826; впосл. митр. Новгородский и С.-Петербургский), Венедикт (Григорович, 1829-1831; впосл. архиеп. Олонецкий), Евлампий (Пятницкий, 1831-1834; впосл. архиеп. Тобольский), Агапит (Введенский; 1834-1842), свт. Филофей (Успенский, 1842-1847; впосл. митр. Киевский), Евгений (Сахаров-Платонов, 1847-1849; впосл. еп. Симбирский), Леонид (Краснопевков, 1849-1853; впосл. архиеп. Ярославский), Игнатий (Рождественский, 1857-1861; впосл. еп. Костромской), Никодим (Белокуров, 1862-1866; впосл. еп. Дмитровский), Сергий (Спасский, 1866-1872; впосл. архиеп. Владимирский), прот. Филарет Сергиевский (1874-1883), Александр (Светлаков, 1883-1885; впосл. еп. Калужский), Иаков (Пятницкий, 1886-1891; впосл. митр. Казанский), Антоний (Каржавин, 1891-1895; впосл. архиеп. Тверской), Трифон (Туркестанов, 1897-1899; впосл. митр.), прот. Андрей Беляев (1899-1912) и др. Последним ректором В. с. был сщмч. Герман (Ряшенцев, 1912-1918, впосл. еп. Вязниковский).
Семинария владела хорошей б-кой, сформированной благодаря пожертвованиям митр. Платона, свт. Филарета (Дроздова), С.-Петербургского митр. Никанора (Клементьевского), профессоров семинарии и др. лиц. В 1858-1877 гг. Московская консистория передала в В. с. часть рукописей и книг, конфискованных у старообрядцев (наиболее древние относятся к XVI в.). В 20-х гг. XX в. бо́льшая часть б-ки В. с. хранилась в помещении б-ки МДА и в 1930-1945 гг. в составе собрания МДА поступила в ГБЛ (в 1966 выделена в отдельный фонд - № 556). Значительную часть собрания составляют материалы, связанные с деятельностью митр. Платона, Псковского архиеп. Мефодия (Смирнова), преподавателей семинарии (Рукописные собрания ОР ГБЛ. Т. 1. Вып. 2. М., 1986. С. 171-177).
В 1925-1932 и 1944-1975 гг. здания В. с. занимал детский дом, затем в старом семинарском корпусе разместился кожно-венерологический диспансер, в новом корпусе - Всесоюзный заочный сельскохозяйственный техникум. В 1993 г. новый семинарский корпус сгорел, его руины в 1996 г. были переданы Троице-Сергиевой лавре, в 1997 г. лавра получила также часть старого корпуса.