И. стремился завершить т. н. Северную семилетнюю войну (или Скандинавскую семилетнюю войну; 1563-1570) против коалиции Дании, Польши и г. Любека, начавшуюся в правление Эрика. Война для доминировавшей на море Швеции шла с переменным успехом, однако ее затяжной характер истощил воюющие стороны. 13 дек. 1570 г. был заключен Штеттинский мир, согласно к-рому И. отказывался от притязаний на дат. провинции Сконе, Халланд, Блекинге и на о-в Готланд, выделенный из Линчёпингской епархии. Дания получала выкуп за швед. крепость Эльвсборг (150 тыс. риксдалеров). Швеция в обмен на компенсацию передавала имп. Свящ. Римской империи Максимилиану II свои владения в Ливонии. Любек также получал от Швеции 75 тыс. риксдалеров. Кальмарская уния была упразднена, поскольку дат. король обещал больше не претендовать на швед. корону. Выплата выкупа за Эльвсборг стала тяжелым бременем для населения Швеции. В ходе Ливонской войны (1558-1583), первоначально успешной для Московского гос-ва, но завершившейся тяжелым поражением, Швеция завоевала ряд территорий. После заключения Плюсского перемирия 1583 г., продленного в 1585 г., Швеция де-факто сохраняла за собой захваченные ранее Ям, Копорье, Ивангород, Корелу (Кексгольм) и др.; юридически территориальные споры урегулированы не были. В 1593 г., во время русско-швед. войны (1590-1595), было заключено перемирие, а 18 мая 1595 г. по Тявзинскому мирному договору Московское гос-во признало права Шведского королевства на княжество Эстляндское. Швеция возвращала царю крепость Корела с уездом и признавала принадлежащими Московскому гос-ву Ивангород, Ям, Копорье, Орешек и Ладогу.
На правление И. пришлась т. н. литургическая битва (liturgiska striden), 20-летний спор (1574-1593) о судьбе Шведской Церкви, вызванный попыткой И. создать новый церковный порядок, который соединял бы черты католицизма и протестантизма. Отец И. Густав Ваза вскоре после прихода к власти в 1523 г. обратился к папе Клименту VII с просьбой утвердить Иоанна Магнуса (1488-1544) в качестве архиепископа Уппсальского и примаса Швеции вместо Густава Тролле (1488-1535), низложенного и отправленного риксдагом в изгнание. Однако папа отказался признавать королевского ставленника, требуя восстановить Густава Тролле на его кафедре. В знак разрыва с Римом Густав Ваза приблизил к себе швед. лютеран Лаврентия Андреэ (Ларса Андерссона) и братьев Олауса Петри (Олафа Перссона) и Лаврентия Петри Нериция (Ларса Перссона), способствовал развитию протестант. книгопечатания. В 1526 г. на швед. язык был переведен НЗ (полный перевод Библии появился в 1541). В 1527 г. на риксдаге в Вестеросе Лаврентий Андреэ провозгласил короля главой Шведской Церкви. Несмотря на то что Швеция официально стала протестант. державой, реформационные преобразования на тот момент не носили столь глубинного и всеохватывающего характера, как в нем. лютеран. княжествах: в церквах сохранялись католич. реликвии, часть населения праздновало дни памяти католич. святых. Наследовавший Густаву Вазе Эрик XIV продолжил религ. политику отца, сохраняя все католич. обычаи, не противоречившие Свящ. Писанию.
После Тридентского Собора (1545) в Европе получили распространение идеи религ. компромисса - возможности существования варианта церковного устройства, к-рый примирил бы сторонников Реформации с Римской Церковью. Во время заключения в замке Грипсхольм И. познакомился с трудами голл. католич. теолога Г. Кассандера (1512-1566), считавшего возможным воссоединение католич. и протестант. Церквей, при условии что католич. Церковь, сохраняя свою иерархию, откажется от злоупотреблений. При поддержке теолога Петра Фехта, получившего образование в Виттенберге, и 2-го лютеран. архиеп. Уппсальского Лаврентия Петра Готуса (1575-1579) И. в 1574-1575 гг. на 2 Соборах заставил духовенство принять ряд прокатолич. нововведений. Первая супруга И., Екатерина Ягеллонка, окружала себя католич. монахами, что вызывало возмущение среди сторонников Реформации. В 1572 г. она обсуждала с кард. Станиславом Гозием (1561-1579) возможность возвращения Швеции в лоно католич. Церкви. В 1573 г. сын низложенного кор. Эрика XIV был отослан в Польшу к иезуитам. В 1575 г. И. снял для сохранившихся в Швеции католич. мон-рей запрет на прием новых послушников. И. и Екатерина покровительствовали Вадстенскому бригиттскому жен. аббатству, в 1580 г. реформированному папским легатом Антонио Поссевино. Аббатиса Катарина Бенгтсдоттер (ум. 1593) пользовалась расположением королевской четы; в 1580 г. в аббатстве было 20 сестер.
В 1576 г. был издан новый литургический сб. «Красная книга» (Röda boken), созданный по образцу Римского Миссала, но содержавший текст литургии как на лат., так и на швед. языке. В этом же году Петр Фехт, посланный И. в Рим для переговоров с папой, погиб во время кораблекрушения у о-ва Борнхольм. Нововведения были приняты на риксдаге 1577 г., несмотря на противодействие со стороны герц. Карла, брата И., и сторонников крайнего протестантизма; риксдаг 1582 г. утвердил использование новой литургии во всех областях королевства. Однако полное воссоединение с Римом так и не произошло, поскольку И. не был намерен возвращать папе полноту власти над церковью. По этой причине результатом миссии Поссевино в Швецию стал лишь рост негодования протестантов. При протекции Екатерины Ягеллонки норвеж. иезуит Лаврентий Николаи в 1583 г. создал в бывш. францисканском мон-ре католич. школу, к-рую впосл. закрыли и разрушили протестанты. В конце жизни даже лояльный к И. архиеп. Лаврентий Готус выступил против появления иезуитов в королевстве. В 1583 г. скончалась Екатерина Ягеллонка; 2-я супруга И., Гунилла Бьельке, была протестанткой, она обладала таким же влиянием на короля, как и ее предшественница. В 1590 г. по ее просьбе И. выпустил из тюрьмы неск. оппозиционеров. После смерти И. Уппсальский Собор, созванный герц. Карлом 5 мая 1593 г., упразднил новую литургию и принял Аугсбургское исповедание. В 1594 г. Вадстенский мон-рь был разрушен герц. Карлом; аббатиса и большинство монахинь вынуждены были в следующем году покинуть Швецию и отправиться в г. Гданьск.
Непрочный баланс сил в религ. политике был окончательно нарушен при преемниках И. Сын И. Сигизмунд, также являвшийся правителем католич. Речи Посполитой, был убежденным католиком. Его сверг родной дядя Карл, герц. Сёдерманландский, к-рый, придерживаясь кальвинист. взглядов, в династической борьбе с наследником И. пользовался поддержкой лютеран. церкви. В результате в 1595 г. риксдаг в Сёдерчёпинге избрал герц. Карла регентом Швеции в отсутствие находившегося в Польше Сигизмунда. В 1599 г., после неудачной попытки Сигизмунда восстановить власть над Швецией, он был низложен, а в 1600 г. его дядя был провозглашен королем Карлом IX, что ознаменовало полную победу протестант. партии.