Важнейшим событием понтификата И. стало принятие им канонов Трулльского Собора (691-692) (см. ст. Вселенский VI Собор), отвергнутых папой Римским Сергием I. Вопрос о них был поднят визант. имп. Юстинианом II. Вернувшийся из изгнания в сер. 705 г. Юстиниан II отправил в Рим 2 митрополитов с копией текстов канонов Трулльского Собора, а в сопроводительном послании предложил папе пересмотреть их на Соборе в Риме и одобрить то, что он сочтет правильным, убрав или исправив то, что представляется неверным (RegImp, N 264). И. вернул отправленную ему копию без исправлений, тем самым не отвергнув, но и не одобрив каноны. Это, вероятно, вызвало негодование рим. духовенства - автор жизнеописания И. в Liber Pontificalis называет поступок папы «человеческой слабостью» (humana fragilitate timidus). Впосл. вопрос о канонах Трулльского Собора обсуждался императором с преемником И. папой Римским Константином I (708-715).
И. удалось наладить отношения с лангобард. кор. Арипертом II (701-712), к-рый вернул Римской Церкви ее владения в Коттийских Альпах (в нач. VII в. были захвачены лангобардами) (Paul. Diac. Hist. Langobard. VI 28). Подтверждающая дарение королевская грамота была написана «золотыми буквами», что должно было продемонстрировать особую честь, оказанную королем Римскому папе. С И. также связано восстановление мон-ря Сублак (см. ст. Субиако), разрушенного лангобардами в 601 г. и в течение века остававшегося заброшенным. И. назначил настоятелем мон-ря Стефана.
В годы понтификата И. некий Фома, франк. паломник в Рим, основал аббатство Фарфа. В составе «Хроники Фарфы» сохранилось послание И., в к-ром папа подтверждает дарения Сполетийского герц. Фароальда (до 705-719/20) и дает мон-рю ряд привилегий (Il Chronicon Farfense. 1903. P. 137-139). Сохранилось также небольшое папское послание (возможно, фрагмент) к «епископам, пресвитерам, диаконам и всему клиру» англосакс. Британии, в котором И. одобряет стремление англосакс. клириков следовать римским традициям (PL. 89. Col. 63).
В Liber Pontificalis сообщается о деятельности И. по строительству, украшению и реставрации рим. церквей: о строительстве оратория Девы Марии в базилике св. Петра, о восстановлении разрушенной базилики над гробницей прмц. Евгении, о работах в катакомбах св. мучеников Маркеллина и Марка и папы Римского Дамаса I, в т. н. Древней ц. Девы Марии (Санта-Мария Антиква) на Палатине (при И. там был установлен амвон и обновлены фрески). Составитель жизнеописания в Liber Pontificalis сообщает, что при И. было создано множество изображений в различных церквах, к-рые легко узнать, поскольку они подписаны его именем.
Ораторий Девы Марии в базилике св. Петра не сохранился. Целостность здания нарушили в 1300 г. при устройстве новых св. ворот, а в 1639 г. эта часть базилики была снесена. Фрагменты мозаичного декора капеллы, выполненного в традициях визант. искусства, хранятся в Ватиканских гротах (мраморные плиты с рельефами, верхняя часть изображения И.), в ц. св. Марка во Флоренции (центральное изображение Богоматери), в базилике Санта-Мария ин Козмедин (сцена поклонения волхвов), в Ватиканских музеях. Также существуют описание и зарисовка схемы расположения части мозаик капеллы, выполненные в XV в. Дж. Гримальди (к этому времени были уже полностью утрачены мозаики правой стены и частично левой). Сохранилась верхняя часть фигуры И. с квадратным нимбом над головой и моделью капеллы в руках, которая, судя по рисунку Гримальди, была помещена справа от Богоматери, изображенной в облачении визант. императрицы.
В ц. Санта-Мария Антиква сохранились фундамент амвона и фрагменты фресок, датируемые понтификатом И. Фрески украшают алтарную часть (апсиду, фронтальную и боковые стены) и частично сохранившийся экран-трансенну, огораживавший виму церкви. В апсиде было помещено изображение Девы Марии в облачении визант. императрицы, окруженной ангелами и апостолами, фигуры к-рых скрыты более поздними фресками, над апсидой сохранились сцены поклонения распятому Христу ангелов и верующих, разделенных написанными на греч. языке стихами ВЗ с предсказаниями о Страстях Христовых. По бокам апсиды помещены фигуры 4 отцов Церкви - Григория Богослова, Василия Великого, Аврелия Августина и Амвросия Медиоланского, каждый держит свиток с цитатами на греч. языке из собственных сочинений, использованных на Латеранском Соборе 649 г. для осуждения монофелитской ереси. Над ними расположены изображения 4 Римских пап, из которых можно идентифицировать папу Мартина I с округлым нимбом (сохр. подпись) и И. (с квадратным нимбом). Вероятно, др. фигуры - это Григорий I Великий и Лев I Великий или Сильвестр I. На мозаиках оратория Девы Марии и фресках базилики Санта-Мария Антиква были использованы квадратные нимбы; это наиболее ранние примеры изображения таких нимбов в Риме.
Из вост. нефа базилики был устроен проход на рампу, поднимающуюся к Палатину. Т. о., базилика могла служить входной капеллой в построенную «над ней» (super eandem ecclesiam) резиденцию (episcopium) папы, о к-рой сообщается в Liber Pontificalis. Новая резиденция, вероятно, занимала часть имп. дворца, восстановленного отцом И. (Krautheimer R. Corpus basilicarum Christianarum Romae. Vat., 1959. Vol. 2. P. 267-268; Augenti. 1996). Однако других свидетельств расположения дворца И. на Палатине не сохранилось. На основе найденных в святилище Весты керамических печатей с надписью «Ιωανν» археолог Р. Ланчани выдвинул гипотезу о том, что резиденция была расположена на Форуме (Lanciani R. L'Atrio di Vesta // Notizie degli Scavi di Antichità. 1883. P. 434-514), однако это также не подтверждается др. источниками.
Годами понтификата И., по мнению историков, следует датировать икону Пресв. Девы Марии Милосердной, хранящуюся в ц. Санта-Мария ин Трастевере.
Деятельность И. по украшению церквей (в особенности иконографическая программа фресок ц. Санта-Мария Антиква) и по устройству новой резиденции на Палатине по-разному оценивается историками. О. Бертолини был склонен видеть в ней проявление антивизант. политики И., попытку укрепить свое положение, сильно пошатнувшееся после признания им актов Трулльского Собора (Bertolini. 1941). Иконографическое акцентирование статуса И. как «раба Девы Марии» (а не императора) также трактуется совр. исследователями как элемент антивизант. пропаганды (Ladner. 1941). Й. Нордхаген, отмечая необычность размещения сцены поклонения Кресту (вместо типичного для рим. церквей этого периода поклонения Агнцу) на арке над апсидой церкви, сделал вывод о соответствии композиции правилам, выработанным на Трулльском Соборе (канон 82 запрещал изображение Агнца вместо Христа). Вместе с тем изображение принявшего мученичество в Византии папы Мартина I одним из основателей ц. Санта-Мария Антиква и перенос папской резиденции в традиц. место средоточия гражданской власти в городе должны были, по мнению исследователя, расцениваться римлянами как демонстрация независимости папы от императора (Nordhagen. 1968). Этот тезис поставил под сомнение Дж. Опи, обративший внимание на почитание папы Мартина I в Византии в нач. VIII в. (Opie. 2002). Перенос резиденции на Палатин некоторые исследователи объясняют также соображениями безопасности: в условиях усилившейся угрозы со стороны лангобардов Латеранский дворец не являлся более надежным местом для постоянного пребывания папы Римского (Sansterre. 1982; Augenti. 1996).
И. был погребен в построенном им оратории Девы Марии при Ватиканской базилике. По свидетельству Гримальди (XV в.), на гробнице было написано на лат. и греч. языках: «Иоанн, первый раб св. Марии» (Iohannes serv(us) I s(an)c(t)ae Mariae; от греч. надписи уже ко времени Гримальди сохр. лишь фрагмент).