находился на берегу р. Еды, к юго-востоку от Вологды, недалеко от места схождения дорог, ведущих в Вологду из Москвы и из Галича. Основан прп. Иннокентием Комельским в кон. XV в. О первых годах существования обители известно из «Завета» (см.: Нил Сорский. 2005. С. 320-321), составленного прп. Иннокентием перед кончиной (1491?). К этому времени в мон-ре еще не было храма. Прп. Иннокентий завещал возвести его и освятить во имя «Иоанна Предтечи, крестителя Господня, третие обретение честныа его главы, еже есть маия 25». По «Завету», кельи ушедших из мон-ря или умерших насельников оставались собственностью игумена и братии. Монахам запрещалось торговать кельями или менять их, «но кийждо в своих келиах живет». Это свидетельствует, что при жизни основателя обитель была скорее скитом, а не общежительным мон-рем.
В 1538 г. территория Комельской вол. была разорена казанскими татарами, мон-рь, стоявший на дороге, по к-рой со стороны Костромы и Галича двигались татары, пострадал одним из первых. Об этом свидетельствуют Житие прп. Иннокентия и более подробно Житие прп. Павла Обнорского: «А тогда их воеводы стояли на волоку на Леском (через Лежский Волок проходила дорога, связывавшая Вологду с Галичем и Костромой.- И. Ш.), и пришли во Инокентиеву пустынь безвестно, и ту церковь великого Иоанна Предтечи сожгли и келии, и три старца посекли. И... христиан пустыни тоя мечю предаша, а иные в плен отведоша. Неции же от них убежаша, многие раны о себе носящее, бежаша ко обители преподобного Павла и возвестиша вся ту живущем» (ГИМ. Увар. № 1247(107) (134). Л. 64 об.). Т. о., к моменту нашествия казанских татар церковь, которую завещал построить прп. Иннокентий, уже существовала, в монастыре кроме строителя жили не менее 3 старцев, значительным было число принадлежавших обители крестьян.
К сер.- 2-й пол. XVI в. И. К. м. был восстановлен, о чем свидетельствуют упоминания в жалованной грамоте 1623 г., а также в жалованных грамотах, ранее данных обители царями Иоанном IV Васильевичем Грозным и его сыном Феодором Иоанновичем (РГАДА. Ф. 281. Ед. хр. 120/2691. Л. 1; Каштанов и др. 1968. С. 215). В 1604 г., когда правительство собирало войско для борьбы с Лжедмитрием I и из монастырей Вологодского у. рекрутировались даточные люди, И. К. м. выставил в войско монастырского служку.
В период Смуты И. К. м. вновь был разорен. С 22 по 25 сент. 1612 г. отряд, отделившийся от войска гетмана Хоткевича, громил Вологду. Город был взят «изгоном», как позже писал архиепископ Вологодский и Великопермский, «пропили Вологду воеводы» (Соловьев. Соч. М., 1989. Кн. 4. Т. 8. С. 665). Поляки спешили к Вологде, и большая часть мон-рей Комельской вол. осталась нетронутой, однако, из-за того что И. К. м. находился у дороги из Галича, по которой двигались захватчики, он вновь пострадал. Как сообщал настоятель в челобитной 1623 г., «приходили на Вологду полские и литовские люди, и тот-де монастырь разорили, и братие посекли, и та-де жалованная грамота и иные крепости в монастыре згорели» (РГАДА. Ф. 281. Ед. хр. 120/2691. Л. 1).
Окончание Смуты не привело к восстановлению мирной жизни на территории Комельской вол. Регион продолжал нести урон от набегов казачьих отрядов и в период восстановления Русского гос-ва в 1613-1617 гг. Вотчина И. К. м. в этот период также пострадала: в дер. Ржище в 1614/15 г. казаки убили крестьянина, а крестьянин в дер. Дворцы погиб в 1616/17 г. от рук «литовских людей». Запустение в вотчине И. К. м. за годы Смуты и после Смутного времени оказалось самым длительным в юж. части Вологодского у. К 1620 г. во владениях мон-ря стали пустошами более половины деревень, а в оставшихся деревнях 40% крестьян перешли в разряд бобылей. Только к сер. XVII в. экономическое состояние обители постепенно улучшилось. В вологодской степени среди 23 обителей И. К. м. занимал лишь 17-е место. Относительное благополучие И. К. м. во 2-й пол. XVII в. связано, вероятно, с покровительством боярыни Е. Б. Хворостининой (супруги Ф. Ю. Хворостинина, любимца царя Алексея Михайловича) и ее дочери (супруги дядьки Петра I Бориса Алексеевича Голицына). Их имена зафиксированы в монастырской описи 1701 г. Среди вкладчиков обители отмечены и др. жители Москвы - стольник И. А. Нарбеков, клирик Никольской ц. в Кошелях свящ. Доментиан Архипов, подьячий Патриаршего разряда Ю. М. Подгорский.
Первое подробное описание И. К. м. содержится в сотной грамоте, данной в 1621 г. игум. Геннадию. 29 сент. 1623 г. игум. Геннадий получил от царя Михаила Феодоровича новую жалованную грамоту вместо утраченных в Смутное время. По ней игумен «з братиею, или хто по нем иныи игумены и братия в монастыре будут» получали налоговые льготы: «Монастырские вотчины наших никаких податей, и денежных поборов, и казачьих хлебных запасов, и кормов не давати, опричь ямских денег, и стрелецких хлебных запасов, и городового и острожного дела». Мон-рь и его владения освобождались также от воеводского суда «опричь душегубства, и розбоя, и татьбы с поличным... и ведает и судит своих монастырских людей и крестьян игумен з братиею сами во всем, или кому прикажут». В случае если в судебном деле участвовали люди, жившие вне монастырской вотчины, то назначался смесный суд. «А в духовном деле игумена з братьею судит богомолец наш архиепископ Вологоцкий и Великопермский». Грамота защищала обитель от произвола светских властей: «Воеводы наши, и дьяки, и всякие ратные и проезжие люди в наших монастырских селех и деревнях силно не ставятца и подвод, и проводников, и кормов своих и конских у них не емлют, а кому у них лучитца ставити, и они корм свои и конской купят у них, как им продадут». При проезде по монастырским делам без товара к Москве монастырские люди освобождались от всех дорожных пошлин (РГАДА. Ф. 281. Ед. хр. 120/2691. Л. 1, 2). В 1632 г. мон-рь получил еще одну сотную грамоту.
В 20-х - нач. 30-х гг. XVII в. настоятелем был игум. Геннадий, затем Геласий (1656), Макарий (1659), Феодосий (1661), Авраамий (1665), Афанасий (1676-1680), игумены Павел (1686), Филарет (1691-1695), Иосиф (1696-1698) (Строев. Списки иерархов. Стб. 761). В нач. XVIII в. монастырь возглавлял игум. Акила, в 1723 г. игуменом был назначен Макарий (Хворостин), в 1729 и 1738 гг. настоятелем был Сергий, в 1752 г.- Тихон (ГАВО. Ф. 496. Оп. 1. Ед. хр. 1810. Л. 2 об.). На момент составления сотной грамоты 1621 г. в мон-ре имелись 4 кельи, в к-рых могли жить помимо игумена от 3 до 6 чел. В 1632 г. пострижеников было столько же, только к кон. XVII в. их число (вместе с игуменом) возросло до 16. В кон. 30-х - нач. 40-х гг. XVIII в. в И. К. м. проживали 6 монахов под управлением иеромонаха. Кроме того, в обители жили церковнослужители из белого духовенства - священник, диакон, головщик, канонарх, пономарь и звонарь (РГАДА. Ф. 280. Оп. 5. № 695. Л. 18).
В 20-х гг. XVII в. в вотчине И. К. м. жили служебник и монастырские детеныши (как правило, осиротевшие дети и подростки, к-рые, вырастая, работали в обители), в нач. 30-х гг.- слуга, служебник, монастырские детеныши, к 1701 г. числилось 7 слуг. В нач. XVIII в. служка Марк Яковлев «явил у переписки» царскую грамоту, по которой слугам, «буде они служни дети, а отцы их на службах великих государей бывали, а иные и побиты, а они в том монастыре служат на отцовских и братьиных местах по-прежнему, и денежное и хлебное жалованье велено давать, збирая с крестьян». В 1752 г. слуги И. К. м. подали епископу Вологодскому и Белозерскому прошение о выдаче им хлебного и денежного жалованья, как это было указано в документах XVII в., поскольку монастырские крестьяне, на которых была возложена данная обязанность, выполнять ее отказались и «чинятся ему, игумену, не послушны» (ГАВО. Ф. 496. Оп. 1. Ед. хр. 1810).
В нач. XVIII в. служебники, выполнявшие различные хозяйственные работы, были самой многочисленной категорией населения обители (19 чел.). Большинство (14 чел.) были выходцами из вотчинных крестьян, были также дети служебников (2 чел.) и священника (1 чел.) и отставной стрелец. По ведомости кон. 30-х - нач. 40-х гг. XVIII в., в И. К. м. проживали 5 слуг, к-рые обрабатывали по 2 дес. пашни. Перечислены по трое больничных, келейников, конюхов, по двое поваров и скотников, трапезник, житенной, подкеларник, польщик, хлебопекарь, ясельничий, портной. Они получали от 20 до 90 к. Также за монастырский счет жили отставные капитан и гвардии солдат.
До разорения казанскими татарами 1538 г. в И. К. м. была, по всей видимости, одна церковь - в честь Третьего обретения главы Иоанна Предтечи. Позже был выстроен Преображенский храм с трапезой, к-рый и стал соборным. В 20-х гг. XVII в. обе церкви оставались деревянными. В писцовой книге 1627-1632 гг. упоминается также часовня, где почивали мощи прп. Иннокентия (РГАДА. Ф. 1209. Оп. 1. Кн. 14728. Л. 658-658 об.); видимо, ее построили над могилой преподобного в 20-х - нач. 30-х гг. XVII в. Наиболее ранний из сохранившихся списков Жития прп. Иннокентия относится к нач. 30-х гг. XVII в. Возможно, именно в это время интерес к наследию святого в его обители возрос. В 1691/92 г. в И. К. м. случился пожар, в котором, вероятно, пострадали мн. монастырские здания, в частности казенная келья. К 1701 г. в И. К. м. стояла теплая Преображенская ц. с трапезой и келарской. Напротив трапезы и келарской располагалась рубленая брусяная паперть, «над всходами два шатра», под церковью были холодные «житья». В храме среди других икон «по левую сторону северных дверей» имелся образ прп. Иннокентия, «писан на золоте». В холодной «клетчатой» Предтеченской ц. в «книгохранительном аналое» располагалась б-ка, в отдельном сундуке хранились ризы. Над могилой прп. Иннокентия Комельского стояла часовня «с подволокою и с папертью». Над гробницей находился образ святого.
В нач. XVIII в. в обители также имелись 6-стенная колокольня с 3 колоколами и с железными часами, новая настоятельская келья с перерубом, казенная келья, 7 старых монашеских келий «с сенми и засеньями», хлебная и 2 поварни. Напротив казенной кельи располагался амбар, где вместе со старыми, пришедшими в негодность вещами хранились и монастырские документы. Обитель была обнесена деревянной рубленой 4-угольной оградой (221 саж.) с небольшими башенками. Над рубленными в брус монастырскими воротами возвышался шатер. На одной стороне ворот находился образ Всемилостивого Спаса в Деисусе с различными святыми на 7 досках. На др. стороне был написан образ «Обретение честные главы Иоанна Предтечи» также с неск. святыми. В стене близ св. ворот были сделаны 30 небольших помещений для приезжавших паломников и ярмарочных торговцев. За оградой располагался конюшенный двор с избой, 2 сенниками и чуланами, вокруг этих строений стояли сараи. В конюшенном дворе жил служебник, который отвечал за сохранность того, что находилось во дворе. За монастырем же находился скотный двор с 2 избами и сенниками, вокруг к-рых также располагались сараи, 7 хлебных житниц.
К нач. 20-х гг. XVIII в. строения обветшали. В описи 1723 г. ветхими названы Преображенская и Предтеченская церкви, а также вся утварь. После 1701 г. на месте часовни над могилой прп. Иннокентия была возведена ц. в честь Благовещения Пресв. Богородицы. Количество колоколов на колокольне увеличилось до 5. В обители имелись игуменская келья и 9 братских келий, казенный амбар, обветшавшие ограда («все огнило и валитца порознь») и 3 житницы. В ведомости кон. 30-х - нач. 40-х гг. XVIII в. названы 3 деревянные церкви с 3 престолами. При одной из них (видимо, Преображенской) находилась братская трапеза, под ней - теплый погреб. В обители имелись 2 настоятельские кельи с сенями «длиною на 12, поперек на 3» сажени, а также 3 монашеские и больничная кельи 23×3 саж., казенная келья с амбаром 10×3 саж., 2 поваренные кельи 10×3 саж., «хлебенная» келья 6×4 саж. и «магазен» (помещения для складирования запасов) 3×3 саж. Ограда длиной 230 саж. была поставлена заново, так же как и большинство строений. Каких-либо ветхих зданий ведомость не называет. За мон-рем находились 2 деревянных «магазена» (7×3 саж.).
В Вологде на ул. Изосимский Крюк И. К. м. имел двор, упоминавшийся с 1627 г.: «Двор монастырскои Никентьевы пустыни, и изстари их монастырское, живет их дворник, их же монастырский бобыль Ондрюшка Васильев» (Источники истории г. Вологды. 1904. С. 114). В 1678 г. на монастырском дворе в Вологде жил служебник Аксён Исаков (РГАДА. Ф. 1209. Кн. 14741. Л. 114-114 об.). В 1701-1702 гг. дворником при вологодском дворе был Иван Аксёнов. В 1711-1712 гг. двор выглядел следующим образом: «В длину 15 сажен полтора аршина, поперег по лицу 10 сажен с четью. Хором: изба, против сенник прирубной с перерубом, под ним анбар, за ним стая конская, под ней сеновня, у задних ворот баня. За двором огород в длину 68 сажен полтора аршина, поперег с двором равно».
включавшая к 1701 г. чуть менее 50 томов, содержала по большей части богослужебные книги. В ней хранились также Шестоднев (М., XVII в.), 2 толковых Евангелия (рукописное и печатное; Евангелие с толкованиями блж. Феофилакта Болгарского в XVII в. в Москве издавалось в 1649 и 1698), рукописный Измарагд. Из сочинений отцов Церкви и подвижников названы «Поучения» прп. Ефрема Сирина (рукописная и 2 печатные; книга выходила в 1647 и 1667), «О священстве» свт. Иоанна Златоуста (печатная, 2 экз.; 1664), «Симеон Новый Богослов» и «Петр Дамаскин» (обе рукописные). Житийная лит-ра представлена лишь «Николаевым житием». Имелись также «Меч духовный» (К., 1666, 1686) архиеп. Лазаря (Барановича) и «Обед душевный» (М., 1681) Симеона Полоцкого. Среди печатных книг упоминается и «Филистимновая, полууставье», т. е. Часослов, или Псалтирь с восследованием, принадлежавшая ранее «Филистиму» (очевидно, искаженное «Филикиссим»). Однако она могла быть и рукописной, поскольку переписчик тут же указывает: «Сенодик родителской», который в описи 1723 г. назван письменным.
К 1723 г. в обители появились новые книги, не отмеченные в описи 1701 г.,- «Чиновник новой» (1721), «Тетрадь печатная прибавочная ектений о победе над сопостаты христоименитому воинству» (М., 1701, 1704, 1722), «Тетрадь, служба о победе, Богом дарованной, под Полтавой над шведским королем» (М., не ранее сер. 1709) архиеп. Феофилакта (Лопатинского), «Поучения» прп. Ефрема Сирина и аввы Дорофея (1652), «Зерцало мирозрительное» - «Диоптра, или Зерцало живота во мире сем человеческаго» (Кутеин, 1651) дубенского игум. Виталия, Киево-Печерский патерик (вероятно, К., 1702) и рукописное Житие прп. Иннокентия. Возможно, санкционировав строительство церкви над захоронением прп. Иннокентия и снабдив обитель его Житием, духовные власти надеялись, что пример начальника обители станет духовной опорой для насельников мон-ря, переживавших сложное время.
Из содержания описей монастырского имущества и сохранившихся источников можно составить представление об архиве И. К. м. в XVII - нач. XVIII в. Среди документации много грамот, касающихся монастырского землевладения. Это прежде всего царская жалованная грамота 1625 г., а также материалы писцового делопроизводства - сотные грамоты и выписи из писцовых и межевых книг 1632, 1651, 1675/76 гг. (оригинал и список из вологодских межевых книг на земли Павлова и Иннокентиева мон-рей 1675/76 г. хранятся в РГАДА (Ф. 281. № 2921, 2933)). Важную роль играли и документы, касающиеся налогообложения монастырских крестьян. Это царские грамоты 1677 и 1680 гг. об уплате монастырскими крестьянами ямских и полоняничных денег, грамота 1687 г. об освобождении нищих, живших в монастырской вотчине, от уплаты денежного налога, грамота 1690 г. о сборе с монастырских крестьян конских пошлинных денег в монастырскую казну, грамота 1691 г. об освобождении нищих крестьян от сбора денег на покупку конских кормов и грамота 1701 г. об освобождении нищих крестьян от сбора денег в корабельное строение. Грамоты Вологодских архиереев устанавливали размер оброка, к-рый должны были платить обители вотчинные крестьяне (1656/57), и освобождали от натурального оброка вотчинных крестьян, к-рые делали «монастырское зделье» (1692/93). Межевые и полюбовные записи 1628, 1671, 1674, 1681, 1691 и 1692 гг. регулировали поземельные споры мон-ря с соседями. Мировая запись 1677 г. разрешала конфликт между обителью, иноземцем В. Иовлевым и посадским человеком Я. Манойловым - «в бою и увечье игумена и слуг и смертном убийстве слуги», по меновной записи 1695 г. И. К. м. приобрел часть пустоши Ивашево. В описи 1723 г. отмечен др. документ - грамота архиеп. Вологодскому и Белозерскому Гавриилу о владении мон-ря землей (1695).
В описи имущества И. К. м. упоминаются и др. документы, находившиеся в составе архива, но несохранившиеся. Это царские указы и грамоты из приказа Большого дворца об уплате налогов и о размере жалованья монастырским слугам, царские указы о переводе монастырских крестьян в даточные, в плотники, в кирпичники, отписи из Конюшенного приказа в полевных деньгах. Среди внутривотчинных документов в описи упоминается вкладная книга 1656-1701 гг. В архиве хранилось большое количество заемных кабал на крестьян, слуг и помещиков, причем отдельно записаны кабалы на крестьян обители, отдельно на помещиков и на крестьян др. владельцев. В архиве имелись также платежные отписи, приходные и расходные книги мирских старост, монастырских житников и дворников, живших в монастырском дворе в Вологде, сметные списки, «что в... монастыре и в вотчине денежнаго и хлебнаго приходу и росходу». Наиболее важные документы хранились в «подголовке» (особом сундуке), находившемся в ведении казначея. Именно эти документы подробно переписал составитель описи. Часть материалов, очевидно менее значимых, находилась в «коробье».
Об исходившей из И. К. м. документации позволяют судить материалы, сохранившиеся в др. архивах. Среди них - челобитные архиеп. Вологодскому и Великопермскому Симону крестьянина и келаря монастыря 1667 и 1669 гг. (ГАВО. Ф. 1260. № 1623, 1795), сметная выписка старца Иоасафа о соляном промысле 1693 г. (РГБ. Ф. 37. № 427/26), судебное дело против игум. Акилы 1705 г., прошение слуг обители на имя Вологодского и Белозерского архиепископа о выдаче им хлебного и денежного жалованья 1752 г. (ГАВО. Ф. 496. Оп. 1. Ед. хр. 1810) и др. Сохранилась лишь ничтожная часть обширного монастырского архива.
В нач. 20-х гг. XVII в. вотчину И. К. м. составляли 36 селений, но жилыми из них были лишь 12. В деревнях мон-ря располагалось 55 крестьянских дворов, в к-рых жили 55 дворовладельцев, а также 4 монастырских двора, где жили слуги, служебники и детеныши, и 3 двора церковнослужителей. К 1627-1630 гг. количество крестьянских дворов уменьшилось до 53, в них жил 71 крестьянин. В сер. XVII в. в вотчине обители находилось 130 крестьянских дворов, в 1701 г.- 32 жилые деревни, а в них 127 крестьянских дворов с численностью зависимого населения 569 мужчин.
Основу материального обеспечения И. К. м. составляли земельные угодья. В 20-х гг. XVII в. обитель владела 1582,5 дес. Из них 15,75 дес. приходилось на пашню, которую обрабатывали вотчинные крестьяне, и 3,75 дес.- на пашню «наездом», которую пахали монастырские служебники и детеныши. Огромное количество земли И. К. м. находилось в запустении - 1389 дес. бывшей пашни поросли лесом. Непашенный лес занимал 22,5 дес. земельной площади. Ок. 55 дес. приходилось на сенокосные угодья. На протяжении XVII в. земельные владения обители увеличивались. Так, в 1694/95 г. И. К. м. из поместья А. М. Скорбеева перешла половина пустоши Ивашево. Часть дохода И. К. м. получал от сдачи в аренду своих угодий, в первую очередь сенокосных. Так, в нач. XVIII в. в аренду монастырским крестьянам отдавались 10 пожен, арендная плата за них составляла от 8 алтын 2 денег до 1 р. с полтиной.
Большое место в хозяйстве занимало животноводство. Уже в сотной грамоте 1621 г. упоминается коровий двор. В нач. XVIII в. на монастырской конюшне было 88 лошадей, а на скотном дворе - 93 коровы, 47 овец, козел и 2 козы. В это время было развито и пчеловодство: в мон-ре находилось 5 ульев. В хозяйстве обители было также 2 мельницы. Одна из них располагалась на р. Еде, вблизи дер. Меленка, в 20-х гг. XVII в. при ней жил монастырский мельник Исачко Кузьмин. Вторая мельница находилась близ дер. Блазнино, также на р. Еде: «А поставили ту мелницу Никентьева монастыря старцы по дачи тутошних крестьян блазновскых. А у мелницы два колеса, а в мелничном анбаре уставлены двои жорновы, а над ними два ковши. Да у мелницы дворец. А хором на нем: изба, да две житонки, да сенонка. А мелет-де та мелница в весне да в осень, в большую воду. А средь лета и в зиме не мелет» (РГАДА. Ф. 1209. Оп. 2. Кн. 14863. Л. 40-40 об.). Опись 1701 г. дает подробное описание мельниц: «На речке Еде того ж монастыря мельница, а на ней мельник Бориско Макаров, родом того ж монастыря служебничей сын деревни Меленки; зажилого ему на год по десяти алтын да платье. Два анбара, а в них двои жернова да толчея. Мелет в вешнее время на монастырской обиход небольшое число... Да на речке Еде под деревней Меленкой их же монастырская мельница, два анбара, а в них двои жернова да толчея. И та мельница мелет про монастырской обиход вешнею и осеннею водою и по малое число».
При И. К. м. проходили по меньшей мере 2 ярмарки, приуроченные к престольным праздникам - Преображению Господню и Третьему обретению главы Иоанна Предтечи. Об одной из них, Преображенской, упоминается в приходо-расходной книге Павлова Обнорского мон-ря 1694 г. (РГАДА. Ф. 237. № 8. Л. 62 об.- 63). Нек-рое время в мон-ре изготовлялись сальные свечи. По крайней мере в описи 1701 г. вместе со старинными книгами, сломанными пистолетами и «шляпой старческой» значится 15 «фурм белово железа, что салные свечи льют». В 80-90-х гг. XVII в. И. К. м. владел соляной варницей. В 1693 г. старец Иосиф отчитывался, «сколько в котором году… соляного варенья недель было и что в приходе в котором году дров у него было». Из составленной Иосифом сметной выписи видно, что с марта 1690 по май 1693 г. варница работала лишь 17 недель. До этого времени работами на варнице руководил старец Макарий. В описи 1701 г. варница уже не упоминается.
Хозяйственный кризис в И. К. м. в кон. 80-х - 90-х гг. XVII в. привел к массовому бегству крестьян. К 1702 г. в вотчине стояли пустыми 62 двора. С 1682 по 1702 г. вотчину мон-ря покинули 72 мужчины. Из них 5 были взяты в солдаты, 1 чел.- в кирпичники, 2 - в плотники. Трое бывш. крестьян жили за счет общины - «кормились в мире». Наибольшее число монастырских крестьян покинуло свои деревни в 1686/87 и 1695/96 гг.- по 8 чел., в 1697/98 г.- 12, в 1701 г.- 16 и в 1702 г.- 11 чел. Учитывая, что население вотчины в 1702 г. составляло 569 чел., потеря была огромной. Причиной того, что крестьяне массово уходили из своих деревень, являлось увеличение государственных налогов, связанное с военными кампаниями кон. XVII - нач. XVIII в.- Крымскими походами В. В. Голицына, Азовскими походами Петра I и Северной войной. В 1697 г. И. К. м. участвовал в «кумпанстве» по постройке судна для Азовской флотилии. На обитель пришлось примерно 1,5% суммы в 2128 р. 24 алтына 5 денег, основная часть к-рой собиралась с вотчин Кириллова Белозерского монастыря, Вологодского архиерейского дома, Павлова Обнорского и Корнилиева Комельского мон-рей.
И. К. м. пытался вернуть крестьян, бежавших в Вологду и записавшихся в посадское тягло. В 1686 г. от игум. Павла в Вологодскую приказную избу поступила челобитная о возвращении бежавших в Вологду крестьян - Якушки Федотова с братьями, к-рые уже были отмечены в переписной книге Вологды 1678 г. как жители посада. Дело решалось в Москве в Новгородской четверти, и в июне 1689 г. игум. Павлу было отказано в его челобитье. В нояб. 1693 г. было решено беглых крестьян, живших на посадах Новгорода, Ярославля и Вологды, не отдавать прежним владельцам. Среди челобитчиков, к-рые не смогли вернуть своих крепостных, вновь назван И. К. м. (АИ. 1842. Т. 5. С. 396-401).
Значительная доля ответственности за охвативший И. К. м. хозяйственный кризис лежит на тех, кто возглавляли обитель. Рост налогов и трудности с возвращением беглых крестьян не привели к разорению др. вологодских обителей. Опись имущества И. К. м. 1701 г. свидетельствует о том, что дополнительным негативным фактором стало плохое управление вотчинным хозяйством. В ситуации, когда одновременно увеличились платежи в казну и уменьшилось число плательщиков, мон-рь стал занимать большие суммы денег. Наиболее крупная и, вероятно, первая по времени ссуда была взята для выплаты стрелецких денег: «Заимовали на платеж стрелецкого хлеба у иноземца Ивана Гутмана сто пятьдесят рублев, а давали ему с вершку по сту по пятидесят четвертей овса на год. Они ж на него многие работы работали и тому долгу на расплату заняли они дому архиерейского у приказного Василья Борисова сто пятьдесят рублев, а писана та кабала в трехстах рублев». В источниках указаны еще 9 чел., у к-рых было взято в долг от 5 до 30 р. По этим займам обители предстояло выплачивать высокие проценты. Максимальную прибыль получил бывший строитель монастыря старец Феодот. Он дал в долг 20 р., а кабала была составлена на 44 р. При этом монастырские власти не прикладывали особых усилий для уменьшения расходов. Незадолго до 1701 г., когда И. К. м. оказался не в состоянии возвращать долги, в нем появилась новая игуменская келья. В довершение всего игум. Акила за связь с крестьянкой был лишен игуменства и отправлен в Павлов Обнорский монастырь.
Об экономическом упадке И. К. м. свидетельствует и «промемория» 1723 г., которую из канцелярии Вологодской пров. отправили в казенный приказ архиеп. Вологодского и Белозерского Павла для определения размера налогов с вологодских духовных корпораций. В ведомости указывалось всего 90 дворов, к-рые были приписаны к И. К. м. Это число было условным по сравнению с данными описи 1701 г., на к-рую идет ссылка в «промемории»: оно было занижено более чем на четверть. Платить налоги исходя из реального числа дворов мон-рь, судя по всему, не мог. Ежегодно с него брали очень небольшую для 20-х гг. XVIII в. сумму - 15 р. 1 деньгу. К 1723 г. сократились и масштабы животноводческого хозяйства. Более чем в 2 раза уменьшилось поголовье лошадей (их стало 39), почти в 4 раза меньше стало стадо коров (24), на 15 голов сократилось стадо овец, а разведением коз заниматься перестали.
В 1764 г. И. К. м. был упразднен, соборная Преображенская ц. обращена в приходскую. В 1795 г. ее причт составляли священник, диакон, дьячок и пономарь (ГАВО. Ф. 496. Оп. 1. Ед. хр. 4377. Л. 162-162 об.). В 1830 г. прихожанами храма были 386 мужчин - экономические крестьяне из деревень, ранее принадлежавших И. К. м. (Там же. Ед. хр. 9006. Л. 4 об.). В 1787 г. над мощами прп. Иннокентия была построена новая деревянная Благовещенская ц., в 1858 г. возведен новый, каменный Преображенский храм. К нач. ХХ в. на месте бывш. И. К. м. в с. Подмонастырская Слободка (Слободка) действовали 2 церкви: каменная Преображенская и деревянная Благовещенская. По рассказам старожилов расположенной рядом дер. Б. Дворища Грязовецкого р-на, Преображенский храм был закрыт вскоре после 1917 г., а разрушен в 30-х гг. XX в. В 1936 г. была закрыта и вскоре разрушена Благовещенская ц. Семью последнего священника Благовещенского храма о. Алексия выслали. По воспоминаниям местных жителей, большая икона прп. Иннокентия Комельского из Благовещенской ц. была перенесена в грязовецкий храм в честь Воздвижения Креста Господня. К 2009 г. на месте обители (в урочище Слободка на р. Еде Грязовецкого р-на Вологодской обл.) находилось кладбище. На месте Благовещенской ц. и погребения прп. Иннокентия Комельского поставлен крест, у к-рого в день памяти преподобного совершаются богослужения. Почитается источник, расположенный в 1,5 км от бывш. И. К. м. вниз по р. Еде. По преданию, он был известен еще прп. Иннокентию.