Был избран в Новгороде нареченным архиепископом в 1229 г., во время непродолжительного княжения в городе Черниговского кн. мч. Михаила Всеволодовича, прибывшего туда 28 апр. 1229 г. (НПЛ. С. 68, 274). Ко времени избрания С. его предшественник, свт. Антоний (1210-1219, 1225-1228, 1228-1230), был тяжело болен и, судя по летописным данным, недееспособен. Выступая перед новгородцами на совещании в «гридьнице владыцьне» (архиепископской палате), кн. мч. Михаил Всеволодович заявил: «...се у вас нету владыкы, а не лепо быти граду сему без владыце; оже Бог казнь свою възложил на Онтония, а вы сочите таковаго мужа в попех ли, в ыгуменех ли, в черньцих ли». При живом и канонически поставленном свт. Антонии (вероятно, после его благословения) были выдвинуты 3 кандидатуры: С. («есть чьрнець дьякон у святого Георгия, именьмь Спиридон, достоин есть того»), Владимиро-Волынского еп. Иоасафа («Осафа»), предположительно находившегося в Новгороде по причине конфликта с владимиро-волынским кн. Даниилом Романовичем или местными боярами - Щапов. 1989. С. 53-54), и «Грьцина», вероятнее всего архимандрита Юрьева мон-ря Саввы Гречина, бывшего одним из кандидатов в архиепископы еще в 1193 г. (НПЛ. С. 68, 274-275). В случае верности последнего отождествления сразу 2 кандидата, в т. ч. С., представляли Юрьев мон-рь, ставший к тому времени первенствующим мон-рем Новгородской епархии, архимандрит к-рого, избираемый на вече, возглавлял все новгородское черное духовенство и монашество.
Совещание в архиепископской палате, без сомнения, имело ограниченный состав, и выдвижение кандидатур произошло без обычного к тому времени участия веча (однако во владычной летописи не говорится, что на данном совещании новгородцев представляла только знать, вполне вероятно участие «молодших» новгородцев, представителей ремесленного и купеческого населения города).
Если поначалу выбор нового архиепископа доверялся митрополиту в Киеве (после выдвижения кандидатур новгородцами было заявлено: «Кого дасть митрополит, то нам отець» - Там же. С. 68, 275), то уже в ходе совещания, очевидно, было принято решение вернуться к ставшей уже традиц. практике жребия на престоле Софийского собора. Из владычной гридницы в Софийский собор был послан сын кн. мч. Михаила Всеволодовича княжич Ростислав, бывший еще малолетним ребенком; он должен был стать орудием Божией воли, призванным снять жребий с престола.
После того как жребий пал на С., он был торжественно приведен из Юрьева мон-ря и введен во владычный двор. 17 дек. 1229 г. нареченный архиепископ отправился в Киев на поставление (Там же; ср.: ПСРЛ. Т. 1. Стб. 511).
17 февр. 1230 г., в Неделю сыропустную (Прощеное воскресенье), С. был поставлен митр. Киевским Кириллом I(II) во иерея, а через неделю, в день Торжества Православия, 24 февр.,- во архиепископа Новгородского. Вернулся С. в Новгород 19 мая (НПЛ. С. 69, 276).
После ухода из Новгорода в Чернигов кн. мч. Михаила Всеволодовича новгородским князем стал его малолетний сын Ростислав Михайлович. Передача княжеских полномочий сопровождалась особым обрядом пострига Ростислава, к-рый совершил в Софийском соборе С., и посажения на княжеский стол («князь Михаил створи пострегы сынови своему Ростиславу Новегороде у святеи Софии и уя влас архепископ Спиридон; и посади его на столе, а сам поиде в Цьрнигов» - Там же. С. 69, 276).
8 дек. 1230 г. кн. Ростислав Михайлович был вынужден отправиться к отцу в Чернигов вместе с частью новгородских бояр - сторонников кн. мч. Михаила Всеволодовича. На княжение новгородцами был приглашен переяславский (ныне Переславль-Залесский) кн. Ярослав (Феодор) Всеволодович. С ним и с его сыновьями у архиепископа тоже сложились хорошие взаимоотношения. Зимой 1230/31 г. юрьевским игуменом (одновременно Новгородский архимандрит), заменив Савву Гречина, стал по выбору кн. Ярослава Всеволодовича С. и «всего Новгорода» бывш. нареченный Новгородский владыка Арсений (Там же. С. 70, 278).
Весной 1231 г. Новгородскую землю поразил сильный голод, от которого в центре епархии умерли ок. 10 тыс. чел. С. организовал скудельницу (общую могилу) у ц. Двенадцати св. апостолов на Прусской ул., повелев некоему благочестивому человеку Станиле ездить на телеге по городу, собирать и хоронить тела. Вторая скудельница была организована на Чудинцевой ул., 3-я - за ц. Рождества на Красном поле. Очевидно, после обращения за помощью новгородских властей, в т. ч. С. (архиерей был традиционным участником новгородско-нем. переговоров по торговым делам), в Новгород прибыли немецкие («из заморья», т. е., вероятнее всего, готландские) купцы «с житом и мукою, и створиша много добра», после чего голод прекратился (Там же. С. 71, 280).
8 окт. 1232 г. скончался бывший Новгородский архиеп. свт. Антоний. С. возглавил отпевание и погребение святителя в притворе Софийского собора. В 1233 г., вероятно, именно С. (судя по характеру записи во владычной летописи) возглавил погребение в Юрьевом мон-ре 14-летнего блгв. кн. Феодора Ярославича, умершего накануне собственной свадьбы; впосл., в 1244 г., по всей видимости, архиепископ участвовал в предсмертном постриге и погребении матери князя кнг. прп. Феодосии (в иночестве Евфросиния).
Дальнейшее святительство С. пришлось на период тяжелых испытаний для Новгорода и всей Руси в условиях начавшегося натиска на Новгородскую землю Ливонского ордена (в 1240 был временно захвачен нем. рыцарями второй по значимости город епархии - Псков), а также монг. нашествия на Русь, лишь частично затронувшего Новгородскую землю (в 1238 войсками Батыя был захвачен и разорен Торжок).
Согласно Житию блгв. кн. Александра Ярославича Невского (памятник посл. четв. XIII в., созданный в окружении митр. Киевского свт. Кирилла II), перед победоносной Невской битвой со шведами («римлянами»), в июле 1240 г., С. отслужил молебен в соборе Св. Софии, к-рый блгв. кн. Александр Ярославич простоял на коленях перед алтарем «и, скончав молитву въстав, поклонися архиепископу». С. «благослови его и отпусти» (БЛДР. Т. 5. С. 360). Знаменитые слова юного князя, сказанные им дружине сразу после этого («изшед из церкви, утер слезы, нача крепити дружину свою», глаголя: «Не в силах Бог, но в правде...»), могут передавать смысл тех слов, с которыми обратился к нему С. при благословении.
В 1241 г. С. возглавил новгородскую делегацию в Переяславль «по Олександре» - к блгв. кн. Александру Невскому с просьбой вернуться на новгородское княжение (НПЛ. С. 78, 295), что привело к возвращению князя вместе со С. в Новгород, освобождению Пскова и дальнейшим успешным действиям блгв. князя против нем. рыцарей в 1241-1242 гг., увенчавшимся победой над силами Ливонского ордена и его союзников в битве на Чудском оз. 5 апр. 1242 г.
5 мая 1243 г. архиепископ участвовал в погребении в Хутынском мон-ре инока Варлаама (бывш. новгородского боярина и тысяцкого Вячеслава Прокшинича), в том же году в Софийском соборе - посадника Степана Твердиславича.
В 1243 г. С. был извещен псковичами о чуде мироточения в монастыре в честь Рождества св. Иоанна Предтечи в Завеличье в Пскове - над гробом 2-й супруги псковского кн. Ярослава Владимировича (см. ст. Евпраксия (в миру Евфросиния), преподобномученица, княгиня псковская), убитой своим пасынком в Ливонии, в г. Медвежья голова (Оденпе). 18 мая 1243 г. «явися знаменье от иконы святого Спаса... иде мюро от иконы по 12 днии, наиде 4 вощаници яко в стькляницю; и привезоша (несомненно, по распоряжению С.- М. П.) в Новъгород две на благословение, а в Пльскове оставиша две собе» (Там же. С. 79, 297; впосл. княгиня под именем Евпраксия почиталась как основательница и настоятельница жен. Иоанно-Предтеченского мон-ря в честь Рождества св. Иоанна Предтечи, но это предание не может восходить к периоду правления С., когда было известно, что мон-рь к тому времени существовал уже ок. 100 лет).
С. был похоронен («положен бысть честно») в Софийском соборе (Там же. С. 80, 304; ср.: Там же. С. 474). Местоположение захоронения определено В. Л. Яниным в Мартириевской паперти собора (Янин В. Л. Некрополь новгородского Софийского собора: Церк. традиция и ист. критика. М., 1988. С. 85, 87, 192, 194). Наряду с архиепископами Далматом (1249/51-1273), Климентом (1275/76-1299) и Давидом (1308/09-1325) не вошел в список канонизированных Новгородских архиереев, погребенных в Софийском соборе, почитание которых было установлено в 1439 г. по благословению архиеп. Новгородского и Псковского свт. Евфимия II Вяжицкого.
В пергаменной рукописи Ирмология (ныне утрачена) имелась выходная запись о заказе книги, предположительно С., для ц. во имя св. Никона (в средневек. Новгороде церкви с таким посвящением неизвестны): «Написаны быша книгы сия стяжанием вл(а)д(ы)кы Спиридона, святому Никону в ряд, а концяшеся м(еся)ца маръта в 20 д(ень, а даи, Господи)...» (Срезневский И. И. Древние памятники рус. письма и языка (X-XIV вв.). СПб., 1882. Стб. 117).
Известны владычные печати С., имеющие на одной стороне образ свт. Спиридона Тримифунтского с надписью по сторонам «Спиридон архиепискуп Новгородскии» или только надпись, на другой - изображение (Богоматери «Знамение» в полный рост или погрудное Богоматери «Оранта») (Актовые печати. Т. 3. С. 78, 178, 415). В 2008 г. моливдовул (подвесная свинцовая печать) С. был найден в Пскове, на 5-м Ольгинском раскопе в сев. части Завеличья, также с изображением свт. Спиридона Тримифунтского и с титулом владыки на одной стороне и ростовым изображением Богоматери «Знамение» (Салмин С. А., Салмина Е. В. Локализация и датировка Ильинского девичьего мон-ря на Завеличье средневек. Пскова: Результаты раскопок 2008 г. // Новгород и Новгородская земля: История и археология. Вел. Новг., 2009. Вып. 23. С. 139-151).