В ходе 3-летней пенсионерской командировки С. посетил Германию, Австро-Венгрию, Францию, Бельгию, Италию, где занимался изучением и зарисовками архитектурных памятников и осмотром совр. функциональных сооружений, а также, по особому позволению Совета АХ, объездил ряд исторических городов Российской империи. За привезенные из командировок графические работы, изображающие художественные памятники Рима, Венеции, Павии, Помпеи, Москвы, Ярославля и др., С. был удостоен звания академика.
Дальнейшая творческая и педагогическая деятельность С. с кон. 80-х гг. XIX в. была связана с Москвой. Он работал помощником К. М. Быковского над проектированием комплекса Университетских клиник на Девичьем поле (1887-1895). С 1888 г. до конца жизни служил преподавателем архитектурного отделения УЖВЗ МХО, где вел уроки композиции, перспективы и истории архитектуры, а с 1889 по 1899 г. преподавал в имп. Строгановском центральном уч-ще технического рисования, где читал основанный им курс «История орнаментальных стилей» и с 1892 г. занимал должность инспектора, неоднократно исполняя обязанности директора учебного заведения. Одновременно с 1889 г. трудился в должности участкового архитектора Московской городской управы по Лефортовской и Мещанской частям, с 1894 г. состоял в Техническом совете при управе. В качестве архитектора управы С. был командирован для руководства работами по строительству комплекса Ходынских казарм по проекту инженер-полковника Н. Н. Аршеневского (1897-1899). В 1899 г. поступил на службу в Общее присутствие хозяйственного управления Ведомства Православного исповедания при Св. Синоде. Также с 1890 г. он в качестве член-корреспондента участвовал в деятельности имп. Московского археологического об-ва, с 1896 г. как действительный член и с 1905 г. как секретарь Комиссии по сохранению древних памятников. В качестве члена Московского архитектурного об-ва принимал участие в работе I, II и III съездов рус. зодчих.
Наиболее ранней из самостоятельных работ С. является проект нового здания Строгановского уч-ща и Художественно-промышленного музея им. имп. Александра II на Рождественке (1889-1890), возникший под сильным влиянием зап. аналогов (в частности, Музея прикладного искусства в Вене архит. Г. фон Ферштеля, 1868-1871), но оставшийся на бумаге из-за финансовых затруднений. На практике удалось осуществить только перестройку прежнего корпуса (бывш. Университетских клиник), в ходе изменения фасада, к-рой С. отчасти использовал формальные решения из нереализованного проекта.
В сер. 90-х гг. XIX в. С. начал работать в сфере церковной архитектуры. Он проектировал церковь на 1500 чел. для имения Самариных в рус. стиле (с. Васильевское Самарской губ. (ныне Приволжье Самарской обл.), 1894) и Троицкий храм для имения Е. А. Хомяковой в Терской обл. в формах армяно-грузинской церковной архитектуры (близ Пятигорска, 1895-1902). Отдельным поприщем в его творческой деятельности стала разработка внутреннего убранства храмов: в 1894 г. по проекту С. (совместно с А. М. Павлиновым) был создан новый интерьер придела Василия Блаженного в соборе Покрова на Рву, в 1897 г. возобновлен интерьер единоверческого храма Рождества Пресв. Богородицы в с. Орехово (ныне г. Орехово-Зуево Московской обл., не сохр.). В 1896 г. С. участвовал в создании праздничных декораций в Москве по случаю Коронационных торжеств (проектировал временные сооружения на Красной пл. и Б. Москворецком мосту). С 1897 г., после кончины Павлинова, С. возглавил ремонтно-реставрационные работы в соборе Покрова на Рву. Архитектор пользовался признанием среди коллег, его регулярно приглашали в жюри конкурсов (в т. ч. объявляемых Строгановским уч-щем конкурсов проектов художественно-промышленных изделий).
В 1900 г. начался наиболее плодотворный период творчества С., связанный с постройкой общественных зданий, многие из которых возводились по заказу московского городского самоуправления на средства, завещанные Москве частными благотворителями. В 1899-1901 гг. в Б. Саввинском пер. было построено здание приюта для неизлечимых больных им. митр. Московского и Коломенского Сергия (Ляпидевского) с домовой ц. прп. Сергия Радонежского (перестроена, интерьер утрачен). Эта постройка продемонстрировала те особенности трактовки русского стиля, к-рые станут характерными для последующих работ С., а именно: комплекса благотворительных учреждений (богадельни и приюта для неизлечимых больных) им. И. Л. и А. К. Медведниковых (1901-1904), ансамбля благотворительной общины «Отрада и Утешение» в подмосковном имении Добрыниха гр. М. В. Орловой-Давыдовой (1900-1904), здания приюта им. Третьяковых (1904-1906). Стиль С. характеризовался геометрически обобщенными крупными формами, оштукатуренными и выкрашенными в светлый колер фасадами, умеренно декорированными мотивами, почерпнутыми из новгородских и псковских памятников XIV-XVI вв. (бегунец, поребрик, кресты-голгофы). Это разительно отличало его постройки от распространенной в кон. XIX в. версии русского стиля, ориентированной на московско-ярославские образцы XVII в., с их кирпичным узорочьем. Планировочное решение комплекса им. Медведниковых, размещенного на продолговатом участке неправильной конфигурации, было необычно живописной асимметричностью, в к-рой усматривается влияние средневек. палатного зодчества. В каждом из благотворительных учреждений была запроектирована небольшая домовая церковь (прп. Сергия Радонежского при приюте им. митр. Сергия (Ляпидевского), прп. Павла Латрского при Третьяковском приюте, Тихвинской и Козельщанской икон Божией Матери при богадельне и приюте им. Медведниковых), внутреннее убранство к-рой, включая росписи в стилистике 2-й пол. XVII в., было полностью разработано С. Эту работу выполняли мастера московской фирмы «Наследники П. П. Пашкова» (Н. П. Пашков учился в 90-х гг. XIX в. под рук. С. в Строгановском уч-ще). В 1900-х гг. был спроектированы интерьер ц. прп. Романа Сладкопевца (усыпальницы бояр Романовых) в подклете Спасо-Преображенского собора Новоспасского мон-ря (1902), а также иконостас и росписи в соборе св. Иоанна Предтечи в Зарайске (1903, 1910; иконостас и росписи не сохр.). Церковные интерьеры С. представляют собой вариации на тему рус. стиля; их наиболее оригинальной деталью служат алтарные преграды, скомпонованные по мотивам иконостасов надвратных церквей Митрополичьего двора в Ростове Великом (1670-1680). Внутри 5-главого Успенского собора в Добрынихе, внешние формы к-рого напоминают образцы владимиро-суздальских храмов, невысокие преграды в виде стилизованных аркад, не заслоняющие росписи алтарной части, вызывают ассоциации с визант. интерьерами.
Последняя работа С. в области церковной архитектуры - Знаменский храм в Кунцеве (1908-1913), выстроенный по заказу вдовы В. И. Солдатёнкова с усыпальницей в подклете на месте более раннего церковного здания 1744 г. В выборе для данной постройки нетипичного для него неовизантийского стиля С. руководствовался оставшимся неосуществленным проектом В. А. Мазырина, подготовленным в 1905 г. и ориентированным на проект 1873 г. А. И. Резанова. Вслед за предшественниками С. трактовал храм как одноглавый с выраженной крестообразностью плана и фасадами, облицовка которых имитирует визант. кладку со скрытым рядом. Интерьер не имел росписей, его выразительным акцентом служила мраморная алтарная преграда в виде темплона, исполненная фирмой Н. А. Захарова. Колокольня имитировала форму итал. кампанил романской эпохи (не сохр.). Наряду с церковью в Нальчике кунцевский храм демонстрирует редкий пример выхода С. за пределы русского стиля в проектировании церковных сооружений.
В области гражданского строительства стилевая палитра С. была более широкой. В русском стиле, ориентированном на традиции узорочья XVII в., был решен фасад бывшего дома С. Т. Морозова в Леонтьевском пер., перестроенного С. для нужд Кустарного музея (1902). В 1901-1902 гг. архитектором был выстроен собственный дом-особняк на пересечении М. Ржевского и Хлебного переулков в Арбатской части, вошедший в число наиболее важных памятников московского модерна. В 1904 г. С. возвел корпуса бесплатных квартир во владении Московского купеческого общества на Б. Алексеевской ул. (ныне Александра Солженицына), в 1906 г. по заданию городской управы проектировал здание Приюта для вдов и сирот художников им. П. М. Третьякова в Лаврушинском пер. (не осуществлено). Более известны спроектированные С. корпуса для учебных заведений: здания жен. отд-ния Александровского коммерческого училища на Нов. Басманной (1904, надстроено) и Солдатёнковского ремесленного училища на Донской ул. (1905), с фасадами, оформленными в духе модерна, а также неоклассические аудиторные корпуса Московских высших жен. курсов на Девичьем поле (1909-1913; получил 2-ю премию на конкурсе красоты фасадов, объявленном Московской городской думой) и Коммерческого ин-та Московского об-ва распространения коммерческого образования на ул. Зацепа (1910-1913). Помимо наблюдения за постройкой этих объектов, в 1910-1912 гг. С. был производителем работ по реставрации Успенского собора Московского Кремля, занимался проблемой утепления барабанов глав. В 1912 г. в качестве представителя АХ он принимал участие в работе Комиссии по перестройке старого здания Московского ун-та.
Скончался С. в возрасте 53 лет, не завершив постройку неск. крупных объектов. Похоронен в некрополе Донского мон-ря в Москве. В февр. 1913 г. в УЖВЗ МХО была организована посмертная выставка работ С., хранившихся в классах АХ. В память о С. было постановлено каждый год освобождать одного из учеников уч-ща от платы за обучение.