8 марта 1890 г. митр. Московский и Коломенский Иоанникий (Руднев) назначил начальницей общины мон. Евтихию (Миловидову; † 5 окт. 1910), дочь священника Костромской епархии, бывш. насельницу московского Алексиевского мон-ря. В Акатово из Алексиевской обители перешли 2 родные сестры мон. Евтихии - Лия и Вера. 19 апр. 1890 г. при посредничестве благочинного общежительных обителей волоколамского архим. Сергия (Свешникова; † 1897) мон. Евтихия приняла земли и постройки, завещанные Захаровым, от его невестки, вдовы М. С. Захаровой и ее сына В. О. Захарова.
К нач. 90-х гг. XIX в. в общине проживали ок. 70 сестер, к кон. 1910 г.- 150 чел., из них 10 монахинь. В 1892 г. в обитель поступили крупные благотворительницы московские купчихи Е. И. Вишнякова (впосл. мон. Евстолия), В. Г. Соколова (мон. Валентина), О. И. Галушкина (мон. Фотиния, благочинная).
По проекту архит. И. С. Кузнецова (1867-1942) в мон-ре была построена и 16 дек. 1890 г. архим. Сергием освящена небольшая одноглавая бревенчатая ц. во имя Св. Троицы с колокольней. Святынями этого храма являлись 2 иконы, написанные в Русском Свято-Пантелеимоновом монастыре на Святой Горе Афон: образ Божией Матери «Скоропослушница» и образ вмч. Пантелеимона, а также ковчег с частицей его мощей. 1 мая 1891 г. на Афонском подворье в Москве святыни были встречены настоятелем (1891-1894) часовни вмч. Пантелеимона на Никольской ул. иеросхим. прп. Аристоклием Афонским (Амвросиевым) и мон. Евтихией. На пожертвования «боголюбивых посетителей» часовни частица мощей была помещена в серебряный складень, а иконы украшены серебряными ризами. Святыни были торжественно отправлены из Москвы по железной дороге до ст. Подсолнечная, откуда крестным ходом (более 40 км) во главе с иеросхим. Аристоклием и афонскими иеромонахами принесены в Акатово.
В 1899 г. московское епархиальное начальство сделало представление в Синод о придании общине статуса общежительного мон-ря. Указом Синода от 12 мая 1899 г. община была возведена в «достоинство» мон-ря с наименованием Свято-Троицким Александро-Невским, а мон. Евтихия возведена в сан игумении митр. Московским и Коломенским сщмч. Владимиром (Богоявленским).
В 1893 г. С. Т. м. был обнесен оградой, с вост. стороны - кирпичной (со св. воротами и с 2 двухэтажными башнями), а с др. сторон - деревянной. 30 авг. 1892 г. волоколамский архим. Сергий совершил в монастыре закладку каменного храма во имя вел. кн. блгв. Александра Невского с предполагавшимися приделами в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница» и во имя вмч. Пантелеимона (по др. сведениям, во имя Всех святых). Проект храма, составленный архит. А. С. Каминским (1829-1897), в 1891 г. был одобрен Московской духовной консисторией. Для строительства при обители было заведено собственное кирпичное производство. К 1901 г. стены храма были возведены почти до карниза, но оставшихся средств не хватило на завершение строительства, в сер. ХХ в. здание было разобрано.
В 1900 г. за оградой С. Т. м. по проекту архит. Кузнецова на средства купца П. П. Смирнова была построена небольшая деревянная на каменном фундаменте церковь-школа во имя ап. Петра и мц. Евгении (разобрана в 1924). Мон-рь снабжал школу всем необходимым для обучения 60 учащихся из окрестных селений. В 1904 г. на территории обители по проекту архит. И. П. Машкова (1867-1945) был возведен и в 1905 г. освящен каменный собор во имя свт. Николая Чудотворца; приделы в трапезной (с юж. стороны в честь Иверской иконы Божией Матери, с северной - во имя прп. Тихона Калужского и мц. Параскевы) освящены в 1915 г. Иконостасы для собора сооружены на средства жителя дер. Загорье Клинского у. крестьянина Н. О. Волкова. К 1917 г. в С. Т. м. имелись также 2-этажный каменный сестринский корпус, деревянный настоятельский корпус, 2 деревянных келейных корпуса, здание для общей трапезы и поварни, каменное здание для просфорни, примыкавшее к св. воротам, больница с аптекой и помещениями для служащих; за оградой располагались деревянное здание школы для девочек, 2 гостиницы, странноприимница, скотный двор с жилой избой, мельница на р. Нудоль.
Третьей и последней перед закрытием обители настоятельницей в 1916 г. сестрами была избрана мон. Олимпиада (Иванова; впосл. схиигумения; 1871 - 18 апр. 1955), дочь крупного московского купца Марка Иванова. По преданию, в детстве она исцелилась от тяжелой болезни, когда в дом купца Иванова с Афонского подворья прп. Аристоклий принес икону Божией Матери «Скоропослушница». В 1892 г. она поступила в С. Т. м., 10 марта 1913 г. пострижена в монашество, по указу от 23 марта 1918 г. возведена в сан игумении «во внимание ее усиленных забот по благоустройству монастыря». К 1917 г. мон-рь, в к-ром проживали ок. 100 сестер, священник и диакон, владел 268 дес. земли. В обители служили с нояб. 1911 г.- свящ. Петр Некрасов († 1920), затем - свящ. Владимир Багрецов (1865-1930).
После 1919 г. мон-рь был преобразован в сельскохозяйственную артель, «правление» к-рой сначала возглавляла игум. Олимпиада, затем - послушница прмц. Екатерина (Черкасова). Духовным и адм. руководителем игумении и сестер был еп. Волоколамский сщмч. Герман (Ряшенцев), а его брат еп. Варлаам (Ряшенцев) некоторое время проживал в мон-ре. В ссылке вместе с еп. Германом в Тобольском окр. добровольно как помощница проживала акатовская послушница Татьяна Харламова. Сохранились письма сер. 30-х гг. XX в. еп. Германа и архиеп. Варлаама игум. Олимпиаде. В мае 1922 г. в рамках кампании по изъятию церковных ценностей из храмов С. Т. м. было вывезено множество предметов, всего 76 наименований. В 1924 г. Клинский уездный исполком направил в Акатовскую артель комиссию, к-рая пришла к выводу, что это «не трудовая артель, а самый настоящий Акатовский монастырь» («Бог везде, а с Ним и радость...». 2016. С. 22). В мае 1928 г. артель была упразднена, имущество передано коммуне им. 8 Октября. Монахини переселились в с. Мокруша (Макруша) Звенигородского у., деревни Хохловка, Тиликтино, Елгозино, М. Щапово, Кореньки Клинского у. и в др. близлежащие деревни.
К 2021 г. из сестер, подвергшихся гонениям в 20-30-х гг. XX в., канонизированы послушницы преподобномученицы Екатерина (Черкасова), Александра Дьячкова и Анастасия Бобкова. Послушница Александра Дьячкова поступила в обитель в 1914 г., после 1928 г. проживала в родном с. Черноголовка (ныне город Московской обл.), затем - в одной из деревень близ монастырских стен, 21 мая 1931 г. была арестована, 29 мая тройкой ОГПУ приговорена к 5 годам заключения в ИТЛ и отправлена на строительство Беломорско-Балтийского канала. После освобождения поселилась в родном селе, затем переехала в Волоколамский р-н, в окт. 1937 г. устроилась работать сторожем и уборщицей в храм Рождества Пресв. Богородицы с. Шестакова Волоколамского р-на, проживала в церковной сторожке. В 1938 г. была арестована, 4 марта тройкой НКВД приговорена к расстрелу, приговор приведен в исполнение 14 марта 1938 г., погребена в общей могиле на полигоне Бутово Московской обл. Причислена к лику новомучеников Российских постановлением Синода от 17 авг. 2004 г. Послушница Анастасия Бобкова поступила в мон-рь в 1920 г., после 1928 г. проживала в дер. Занино Волоколамского р-на, прислуживала в храме в с. Шестакове, в 1930 г. была арестована и приговорена к заключению в ИТЛ. После освобождения проживала в той же деревне, 2 марта 1938 г. вновь арестована, 9 марта 1938 г. тройкой НКВД по Московской обл. приговорена к расстрелу, расстреляна 5 апр. 1938 г., погребена в общей могиле на полигоне Бутово; прославлена Архиерейским Собором РПЦ 2000 г. Ее имя внесено в месяцеслов постановлением Синода от 26 дек. 2001 г. В 2008 г. сестрами возобновленного С. Т. м. в трапезной обители были написаны настенные изображения преподобномучениц Александры, Анастасии и Екатерины.
21 сент. 1937 г. на полигоне Бутово были расстреляны бывш. насельницы обители родные сестры Параскева и Ольга Поликарповны Сафоновы (ранее воспитывались в С. Т. м. под надзором своей тетки мон. Евпраксии (Сафоновой)), а также А. П. Шишкова. В 1938 г. на полигоне Бутово были расстреляны мон. Елисавета (Орлова Е. М.; род. в 1899) и послушница А. И. Дьячкова. Среди др. акатовских сестер, арестованных в 1931-1938 гг., известны М. Н. Гарнова, проживавшая в обители с 1896 г., А. С. Страхова, поступившая в мон-рь в 1910 г., Е. Е. Виноградова (в обители с 1912), Ф. А. Патрикеева, проживавшая в обители с 1911 г., А. П. Карелина (в мон-ре с 1906), З. А. Мегалинская, воспитывавшаяся в мон-ре с 6 лет, А. П. Ефимова, проживавшая в обители с 1918 г., М. И. Колобашкина, поступившая в обитель в 1923 г., К. П. Зайцева († 1992; в обители с 1922), А. С. Маурина, Е. В. Добрякова, В. П. Громова, М. И. Мамонтова, А. А. Безукладшина, Т. Е. Куликова, К. Я. Степаненкова, В. Е. Мешалкина, М. В. Круглова, М. Т. Манькова, М. Я. Пономарёва, Е. А. Седова.
После 1928 г. игум. Олимпиада (Иванова) с послушницей Екатериной и 4 отроковицами, к-рые воспитывались в мон-ре, поселилась в дер. Сальково. В окт. 1929 г. игум. Олимпиада и свящ. Владимир Багрецов были арестованы, 30 дек. обвинены в антисоветской агитации и по приговору особого совещания Коллегии ОГПУ от 23 февр. 1930 г. сосланы в Северный край. Игум. Олимпиада сначала находилась в с. Усть-Цильма (ныне Республика Коми), затем была переведена в с. Нерица Усть-Цилемского р-на, вскоре - в дер. Загривочную. С 1934 г., по окончании ссылки, проживала близ ст. Редкино Конаковского р-на Калининской (ныне Тверской) обл., затем до самой кончины - в с. Свердлове (Новое) того же района и области. Здесь настоятельницу посещали бывш. акатовские насельницы, собралась небольшая община сестер, вернувшихся из ссылок. В марте 1944 г. в дом игум. Олимпиады была привезена сохранившаяся монастырская святыня - икона Божией Матери «Скоропослушница». В 1955 г. схиигум. Олимпиада (Иванова) была похоронена в с. Свердлове у кладбищенской деревянной ц. вмч. Феодора Тирона (1871). Общину сестер возглавила мон. Анатолия (Иванова; † 1960), затем др. монахини. Чтимая икона все время пребывала в с. Свердлове. После кончины 14 нояб. 1985 г. последней ее хранительницы мон. Евфимии (Добряковой) образ Божией Матери перенесли в каменную 5-главую Крестовоздвиженскую ц. (1774-1800, 1861-1865), к-рая не закрывалась в XX в. 25 июня 2007 г. святыня была торжественно возвращена в возобновленный мон-рь.
На территории С. Т. м. находился санаторий НКВД, а с 1948 г.- пионерский лагерь. Никольский собор был закрыт в 30-х гг. XX в., в 60-х гг. перестроен и приспособлен под столовую, Свято-Троицкая ц. разобрана. В последнее десятилетие ХХ в. территория детского оздоровительного комплекса «Союз» со всеми постройками не использовалась и пребывала в запустении.
По указу патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера) от 11 апр. 2000 г. при Никольском храме бывш. мон-ря было учреждено Патриаршее подворье. 7 июля 2005 г. настоятелем храма назначен иером. Петр (Афанасьев; 1938-2016). В 2006 г. при подворье было образовано сестричество, решением Синода от 29 мая 2013 г. преобразованное в ставропигиальный жен. мон-рь. 6 дек. 2013 г., в день памяти блгв. вел. кн. Александра Невского, Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев) возвел старшую сестру сестричества мон. Антонию (Минину) в сан игумении. В тот же день Патриарх Кирилл освятил отреставрированный в 2006-2007 гг. собор (1904-1905) во имя блгв. вел. кн. Александра Невского (сев. придел - во имя свт. Николая Чудотворца, юж. придел - во имя вмч. Пантелеимона). К 2021 г. восстановлены сестринские корпуса, ограда с башнями и со св. воротами (90-е гг. XIX в.), трапезная и др. помещения; имеется подсобное хозяйство, пекарня и молочная кухня. 8 сент. 2014 г. при мон-ре была открыта правосл. жен. Александровская гимназия.
Каждое воскресенье перед иконой Божией Матери «Скоропослушница» совершается водосвятный молебен с акафистом.
К 2021 г. в С. Т. м. проживали игум. Антония (Минина) и ок. 30 насельниц.