Находился близ Вел. Новгорода, на полуострове, при истоке р. Волхов, на оз. Ильмень. Основан в урочище Перынь, южнее Юрьева новгородского мужского монастыря, «на возвышенном и в весеннее время окружаемом водою месте» (ИРИ. Ч. 5. С. 518). Вероятно, название урочища Перынь образовано от имени древнеслав. бога Перуна (Трубачёв О. Н. Мысли о дохрист. религии славян в свете слав. языкознания // ВЯ. 1994. № 6. С. 13-14); не исключено, впрочем, что данный топоним восходит к индоевроп. обозначению возвышенного места или к вепсскому слову, означающему обрывистый берег реки или озера (см. обзор мнений: Васильев М. А. Являлась ли новгородская Перынь местом офиц. капища Перуна в годы «первой религиозной реформы» кн. Владимира // Он же. Язычество вост. славян накануне крещения Руси: Религиозно-мифологическое взаимодействие с иран. миром. Языческая реформа кн. Владимира. М., 1998. С. 302-308).
Согласно преданию, отраженному в Новгородской III летописи 2-й пол. XVII в., в 988/9 г. «прииде епископ Иоаким (1-й Новгородский епископ свт. Иоаким Корсунянин.- М. П.) и требища разори и Перуна посече, что в Великом Новеграде стоял на Перыни, и повеле повлещи в Волхов» (НовгорЛет. С. 172). Еще ранее, в 1-й пол. XVI в., предание о перынском святилище было приведено имперским послом С. Герберштейном (Герберштейн С. Записки о Московии / Ред.: А. Л. Хорошкевич. М., 2008. Т. 1. С. 343), из труда к-рого его заимствовал в XVII в. нем. дипломат А. Олеарий (Олеарий А. Описание путешествия в Московию и через Московию в Персию и обратно. СПб., 1906. С. 128). Это предание, считавшееся историками XIX в. безусловно достоверным, позволило сформулировать концепцию, согласно к-рой до принятия христианства новгородцами на Перыни стоял идол языческого бога-громовержца Перуна, вскоре после крещения новгородцев на его месте была поставлена ц. в честь Рождества Пресв. Богородицы, а впосл. образовался монастырь (ИРИ. Ч. 5. С. 518; Макарий (Миролюбов). 1860. Ч. 1. С. 424-425; Макарий. История РЦ. Кн. 2. С. 102, 431; Зверинский. Т. 1. С. 200). Эта версия происхождения обители получила подкрепление после раскопок на Перыни 1948-1953 гг., по результатам к-рых В. В. Седов предположил, что найденные следы использования огня во рвах свидетельствуют о том, что в дохрист. период на Перыни находилось языческое капище (Арциховский. 1950; Седов. 1953; Он же. 1954; Рыбаков Б. А. Язычество Др. Руси. М., 1987. С. 141, 253, 255-258). Однако согласно другой т. зр., обоснованной впосл. В. Я. Конецким, обнаруженный на Перыни памятник археологии не свидетельствует о существовании там капища, а представляет собой остатки погребальных насыпей новгородских словен IX-X вв.- сопок, к-рые не сохранились (вероятно, были сознательно разрушены в период христианизации) (Конецкий. 1995; см. также: Клейн Л. С. О древнерусских языческих святилищах // Церк. археология: Мат-лы 1-й Всерос. конф., Псков, 20-24 нояб. 1995 г. СПб.; Псков, 1995. Ч. 1. С. 72-73; Васильев М. А. Являлась ли новгородская Перынь местом официального капища. С. 297-302, 308-319; Носов Е. Н., Горюнова В. М., Плохов А. В. Городище под Новгородом и поселения Сев. Приильменья: (Новые мат-лы и исслед.). СПб., 2005. С. 146-154. (Тр. ИИМК РАН; 18); Носов Е. Н. Новгородская земля: Сев. Приильменье и Поволховье // Русь в IX-X вв.: Археол. панорама. М., 2012. С. 99).
Сохранившаяся каменная ц. в честь Рождества Пресв. Богородицы датируется совр. исследователями 1-й третью XIII в. По мнению Седова, перынская церковь относится к типу памятников XIII в., построенных новгородскими мастерами, адаптировавшими формы смоленской храмовой архитектуры (Седов Вл. В. Церковь Николы на Липне и новгородская архитектура XIII в. во взаимосвязи с романо-готической традицией // ДРИ. 1997. [Вып.]: Русь. Византия. Балканы. XIII в. С. 393, 398-401, 403-404). Храм имеет полукруглые закомары, шлемовидный купол на 4-оконном барабане и единственную пониженную полукруглую апсиду, выделяющую его среди родственных новгородских памятников. Кладка храма была типичной для того времени - сочетание известняка и плинфы, скрепленных известковым раствором с примесью цемянки.
В плане Рождественская ц. представляет собой почти квадрат со сторонами ок. 8 м в длину. Стены и барабан несколько сужаются вверху для придания зданию динамического вертикального эффекта. Внутри церкви находятся широко расставленные4 столба, из к-рых 2 западных имеют внизу 8-гранную, а вверху - квадратную форму. На зап. стороне первоначально, вероятно, находились хоры, впосл. утраченные. На фасадах храма с узкими окнами отсутствуют декоративные элементы (лишь карниз и световой барабан украшены зубчатым декором), у 3-лопастных завершений стен понижены боковые части, углы здания выделены лопатками. Сохранились фрагменты первоначальной росписи храма под полом XIX в., а также на откосах нек-рых окон (растительный и геометрический орнамент).
Вероятно, храм на Перыни стал последней новгородской каменной церковью, построенной в домонг. период. Во 2-й пол. XIV в., по данным обследования постройки, храм ремонтировался (заменены кровля и пол, починены карнизы); при перестройке в XVI в., вероятно, был возведен зап. притвор, переделаны южный и северный порталы, а 3-лопастное покрытие было заменено 8-скатным (Секретарь. 2011. С. 281-282).
28 авг. 1438 г. игумен П. Р. м. Дионисий Шестник закончил работу по переписке пергаменной Минеи на нояб. для собора Св. Софии (РНБ. Соф. № 191), начатую по распоряжению Новгородского архиеп. свт. Евфимия II Вяжицкого, о чем сохранилась выходная запись (см.: Описание рус. и слав. пергаменных рукописей [ГПБ]: Рукописи рус., болг., молдовлахийские, сербские / Сост.: Е. Э. Гранстрем. Л., 1953. С. 64; Бобров А. Г. Монастырские книжные центры Новгородской респ. // КЦДР. 2001. [Вып.]: Севернорус. мон-ри. С. 109-110).
В период независимости Новгородской республики П. Р. м. обладал земельными владениями в Лузском, Городенском и Гдицком погостах Водской пятины (конфискованы после включения Новгородской земли в состав Московского великого княжества в 1478), а также в Заверяжье Шелонской пятины (Неволин К. А. О пятинах и погостах новгородских в XVI в. // Зап. РГО. СПб., 1853. Кн. 8. Прил. 1. С. 17-22; Прил. 3. С. 71; Гневушев А. М. Очерки эконом. и соц. жизни сельского населения Новгородской обл. после присоединения Новгорода к Москве. К., 1915. Т. 1. Ч. 1. С. 90, 190-191). По данным новгородских книг кон. XV в., П. Р. м. имел 49,5 обжи земли, 18 дворов с 33 тяглыми людьми (Хорошев А. С. Церковь в социально-полит. системе Новгородской феод. республики. М., 1980. С. 208. № 83), что позволяет отнести эту обитель к числу небогатых новгородских монастырей.
Вероятно, в 1528 г. в П. Р. м., как и в др. новгородских обителях, по инициативе архиеп. Новгородского свт. Макария (буд. митрополит всея Руси) был введен общежительный устав. Несомненно существование в мон-ре общежития к 1552 г., когда упоминается типичная для киновийных обителей трапезная палата (4 марта «на Перине монастыр выгорел весь и трапеза, а игумена в манастыре не было» (ПСРЛ. Т. 30. С. 155; НовгорЛет. С. 86)). Как и ряд др. новгородских обителей, П. Р. м. подвергся разорению во время швед. оккупации 1611-1617 гг. В 1615 г. в обители было 2 церкви - каменная Успения Пресв. Богородицы и деревянная Св. Троицы (Опись Новгорода 1617 г. М., 1984. Ч. 2. С. 325). По-видимому, освящение в честь Успения каменной церкви было первоначальным и данные, приведенные в описи, не являются ошибочными, как полагает Л. А. Секретарь (Секретарь. 2011. С. 279); в более ранних источниках говорится о монастыре на Перыни или, как в записи игум. Дионисия, об обители «святеи Богородици на Перыни». В описи 1617 г. обитель впервые названа «Пречистые Богородицы Рождества» (вероятно, вслед. переосвящения), указано, что храм был «разорен». Деревянная ц. Св. Троицы уже не упоминается,- очевидно, она была утрачена в 1615-1617 гг. Келий и ограды не было, в обители проживал один старец Максим, из монастырской ризницы сохранились только «крест благословлящей» и 5 книг. На берегу Волхова за П. Р. м. оставались участок пашенной земли «под монастырем и на пустошах 4 чети ржи, 7 чети жита, 6 чети ярицы, 15 четей овса, да сенново закосу 100 копен», а также рыбная ловля (Опись Новгорода 1617 г. М., 1984. Ч. 1. С. 119).
Ко времени составления описи 1628 г. в П. Р. м. кроме каменной Богородице-Рождественской ц. были 2 деревянные кельи и скотный двор. В обители жил один строитель Феодосий (с 1634 игумен); богослужения в храме не проводились. Мон-рь по-прежнему владел пахотной землей (10,5 четверти), рыбными ловлями, отдаваемыми в оброк за 3 р. 25 к. в год, сенными покосами на 100 копен, а также пустошью Высока (ИРИ. Ч. 5. С. 518-519).
19 апр. 1634 г. по грамоте царя Михаила Феодоровича (подтверждалась 8 апр. 1643 тем же царем и 16 дек. 1677 царем Феодором Алексеевичем) опустевшая обитель была приписана к Юрьеву мон-рю (Там же. С. 519). В сер. XVIII в., при настоятеле (1744-1756) Юрьева мон-ря архим. св. Павле (Конюскевиче), по сторонам ц. Рождества Пресв. Богородицы возведен комплекс деревянных построек. В 1750 г. к северо-западу от церкви была построена надвратная деревянная колокольня с 3 колоколами. В 1751 г. к западу от собора возвели деревянные одноэтажные братские кельи, к юго-востоку, над Волховом, в сторону Ильменя,- настоятельские кельи со службами. Мон-рь был окружен оградой, за к-рой располагались постройки конюшенного двора.
По штатам 1764 г. П. Р. м. был упразднен, на его месте при Юрьевской слободе возник приход ц. Рождества Пресв. Богородицы с 2 дворами причта. По распоряжению митр. Новгородского и Великолуцкого Димитрия (Сеченова) все деревянные постройки были разобраны и перевезены в Юрьев мон-рь, где они, согласно описям 1764 и 1768 гг., частично сгнили (Секретарь. 2011. С. 279). Рождественской ц. принадлежали 171 четв. пахотной земли, сенной покос на 652 копны. В 1813 г. у нее осталось 88 дес. 1201 саж. земли, в т. ч. «неудобной» - 6 дес. (ИРИ. Ч. 5. С. 520).
Согласно церковной ведомости 1819 г., к приходу Рождественского храма относилось 26 дворов крестьян экономического ведомства, служители Юрьева мон-ря, жившие в Юрьевской слободе, а также 2 отставных солдата - всего 62 чел. К 1827 г. рядом с каменной церковью появилось неск. деревянных строений: 2 крытых соломой двора церковного причта, диаконский и пономарский, а также невысокая колокольня на 2 деревянных столбах с 3 небольшими колоколами. Эти постройки вместе с церковью с 3 сторон окружала фашинная изгородь. Храму принадлежало 88 дес. 1201 саж. земли (Секретарь. 2011. С. 279).
В 1827 г. по прошению архим. Фотия (Спасского) церковь была вновь приписана к Юрьеву мон-рю. На Перыни устроили скит с составленным самим архим. Фотием строгим уставом по примеру древних палестинских скитов, когда «ежедневно совершаются утреня, часы и вечерня, неумолкно читается псалтирь с поминовением усопших, а литургия бывает только по субботам, воскресным и праздничным дням» (Макарий (Миролюбов). 1860. Ч. 1. С. 426-427). Кроме того, еженедельно читался Акафист Пресв. Богородице. Рацион скитской братии (не более 10 чел.) состоял только из растительной пищи, воспрещалось даже молочное и рыба. Женщины в скит не допускались, за исключением дня храмового праздника Рождества Пресв. Богородицы, 8 сент.
С 1826 г. обветшавшая Рождественская ц. перестраивалась. С зап. стороны к ней на половину высоты здания был пристроен по ширине здания теплый притвор с двускатной крышей, украшенной «яблоком» с крестом. На барабане переделан аркатурный пояс и устроена луковичная глава. Древние узкие окна были растесаны, добавлены 2 оконных проема - над северным и южным порталами. В храме, вероятно, были разобраны хоры, выложен новый, кирпичный пол, сбита древняя роспись. Стены и своды заново расписали вышневолоцкий мещанин И. Е. Чистяков по программе, разработанной архим. Фотием (живопись, поновленная во 2-й пол. XIX в., частично сохр.). Так, на зап. стене была написана многофигурная композиция «Воздвижение Креста Господня», в честь праздника, особо чтимого архимандритом, освятившим Крестовоздвиженский храм в Юрьевом мон-ре (Секретарь. 2011. С. 282). 11 нояб. 1828 г. церковь была вновь освящена. Ее храмовая икона «Рождество Пресв. Богородицы» считалась древней и чудотворной (Макарий (Миролюбов). 1860. Ч. 2. С. 75-76). Вероятно, по проекту городского архит. И. Ф. Соколова в 30-40-х гг. XIX в. в стиле эклектики были построены 2 кирпичных корпуса братских келий, обращенные к Волхову, к западу от храма - трапезный корпус. Скит окружила каменная ограда с 2 флигелями (с юж. стороны для столоначальника, с северной - для архимандрита Юрьева мон-ря). В центре сев. линии ограды на 2 каменных столбах была возведена звонница с 6 колоколами, в вост. части устроены св. ворота, в сев.-зап. углу скита - каменная баня и кладовые (Секретарь. 2011. С. 280). Вокруг скита была посажена аллеями роща.
Первым перынским скитоначальником (1830-1834) стал ученик архим. Фотия иером. Аникита (в миру кн. С. А. Ширинский-Шихматов), действительный член имп. АН (с 1809), духовный писатель и поэт (см. о нем также: Жервэ Н. Судьба иером. Аникиты // Где Святая София, там и Новгород. СПб., 19982. С. 168-174).
В 1895 г. торжественно отмечалось 900-летие П. Р. м.- празднование, основанное на церковной легенде о времени возникновения обители (см. выше), к-рая была зафиксирована архим. Фотием при перестройке Рождественского храма на одном из столбов с датой 995 г. (Макарий (Миролюбов). 1860. Ч. 1. С. 425). В 1920 г. скит был закрыт одновременно с Юрьевым мон-рем (ГИАНО. Ф. Р-268. Оп. 1. Д. 121. Л. 47; Секретарь. 2011. С. 280). Юго-зап. хозяйственный корпус, звонница и ограда были разобраны на кирпичи, из к-рых построено обширное хранилище льда для рыболовецкой артели. Церковь использовалась под склад. Во время продолжительного нахождения в прифронтовой зоне в годы Великой Отечественной войны Рождественский храм был поврежден: утрачена кровля главы и частично основного объема здания, каркас главы деформирован, кладка свода и карниза барабана разрушена, пострадала штукатурка на стенах.
В 1947-1948 гг. под рук. Р. Кацнельсон проводились архитектурно-археологические исследования ц. Рождества Пресв. Богородицы и ее реставрация, работы были продолжены в 1961-1965 гг. под рук. Л. Е. Красноречьева. В ходе начавшейся в 1962 г. реставрации была удалена пристройка XIX в. с зап. стороны, зданию были приданы утраченные при перестройках в XVI и XIX вв. первоначальные формы. Было доказано, что храм относится к домонг. периоду, по мнению Р. Кацнельсон,- к кон. XII - нач. XIII в., согласно Л. Е. Красноречьеву,- к 30-40-м гг. XIII в. Однако реставрационные работы в интерьере церкви осуществить не удалось (в частности, не были восстановлены хоры).
После Великой Отечественной войны на Перыни располагался рыбкомбинат, затем - туристическая база. В 1991 г. по решению новгородского горисполкома ц. Рождества Пресв. Богородицы и 3 сохранившихся келейных корпуса XIX в. были переданы РПЦ. Перынская обитель была возрождена как скит при Юрьевом мон-ре, в 1992 г. включена в список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
10 марта 2001 г. архиеп. Новгородский и Старорусский Лев (Церпицкий) освятил отреставрированный Богородице-Рождественский храм. Вокруг скита построена деревянная ограда со св. воротами.