Находился юго-западнее Новгородского кремля в конце Троицкой (Пробойной) ул. Софийской стороны, на левой стороне р. Волхов, за валом Окольного города, на т. н. Сильнище (более позднее название - Силинище, Синичья гора) (ныне - в 1,5 км к юго-западу от Новгородского кремля). Местность Сильнище известна с 1138 г., когда туда выходили новгородцы для защиты города от ожидаемого нападения псковичей (НПЛ. С. 25, 210).
Каменную ц. во имя апостолов Петра и Павла на Сильнище заложили 6 мая 1185 г. «лукиници» (жители Лукиной ул. Людина конца). В 1192 г. «на Петров день» церковь освятил Новгородский архиеп. свт. Гавриил (Григорий) (НПЛ. С. 38, 40, 228, 231).
По одному из предположений (ИРИ. Т. 5. С. 537; Макарий (Миролюбов). 1860. Ч. 1. С. 550-551), основание мон-ря связано с постройкой каменной церкви. Новгородская III летопись 2-й пол. XVII в. и источники XVIII в. (рукописный летописец Никольского собора на Ярославовом дворище, летописец Софийского собора) ошибочно относят строительство «лукиничами» церкви и основание мон-ря («и монастырь девичь устрои») к еще более раннему времени - к 1092 г. (НовгорЛет. С. 186; Филиппова. 2009).
По обоснованному мнению (Бобров. 2001. С. 11, 110-111), мон-рь при Петропавловском храме устроен не ранее кон. XIV - нач. XV в. Обитель не упоминается в перечне сожженных новгородцами пригородных мон-рей в 1386 г., при приближении войск блгв. вел. кн. Владимирского и Московского Димитрия Иоанновича Донского (ПСРЛ. Т. 4. Ч. 1. С. 346). К кон. XV в. Н. П. м. имел незначительные владения - 18, 5 обжи земли, а также 18 дворов с 21 тяглецом (Хорошев А. С. Церковь в соц.-полит. системе Новгородской феод. республики. М., 1980. С. 208. № 70).
В 1528 г. повелением архиеп. Новгородского свт. Макария, запретившего совместное проживание иноков и инокинь, обитель становится женской и возглавляется игумениями. Согласно Дозорной книге Софийской стороны 1586 г., Петропавловской ц. (о мон-ре в документе не говорится) принадлежал фруктовый сад «на Петровской улице от Деревяного города по левой стороне» длиной 72 саж. с более чем 300 деревьями, с примыкающей пашенной землей длиной 43 саж. и участком в 11 саж. (Вел. Новгород во 2-й пол. XVI в.: Сб. док-тов / Сост.: К. В. Баранов. СПб., 2001. С. 68). По писцовой книге 1623 г., строительница Н. П. м. с сестрами владела землями в «Алексеевском заполье» за Окольным («Деревяным») городом (Писцовые и переписные книги Новгорода Великого XVII - нач. XVIII в.: Сб. док-тов / Сост.: И. Ю. Анкудинов. СПб., 2003. С. 39).
По Новгородской росписи 1615 г., в мон-ре имелись Петропавловский собор и деревянная ц. во имя свт. Николая Чудотворца с трапезной: «Монастырь девич, а в нем храм камен Петр и Павел, трапеза древяна, а в ней храм Никола чюдотворец» (Анкудинов. 2008. С. 374). Т. о., мон-рь жил по общежительному уставу (вероятно, введенному вслед. реформ в отношении новгородского монашества при Новгородском свт. Макарии). В росписи отмечалось, что все указанные в ней церкви и мон-ри «вызжены и разорены» (Там же. С. 382).
В ходе швед. оккупации Новгорода (1611-1617) Никольский храм был разобран, кельи и ограда утрачены. Каменный Петропавловский собор также пострадал; в нем сохранились 6 местных икон, напрестольное Евангелие и еще 5 книг, к-рые, по словам инокинь, были выкуплены «у немец», т. е. у шведов. В дальнейшем Н. П. м. оставался одной из наименее обеспеченных новгородских обителей. Он содержался на незначительные доходы от земли и покосов при недостаточном количестве имеющихся вотчин и вкладов. В 1669 г. было осуществлено 2 ремонта соборной Петропавловской ц., 3-й ремонт произведен в 1699 г. по указу новгородского воеводы П. М. Апраксина.
19 авг. 1691 г. Н. П. м. был приписан к Воскресенскому женскому монастырю на Мячине, но вскоре снова обрел самостоятельность. Согласно монастырским ведомостям 1722 г., в Н. П. м. проживали 15 инокинь и строительница Агафия, в 1738 г.- 5 монахинь с настоятельницей инокиней Мариной. В это время кроме монастырской ц. Петра и Павла имелась теплая деревянная ц. во имя прп. Иоанна Лествичника. Строительница Агафия писала в Сенат в 1728 г., что экономическое положение обители очень тяжелое, строения мон-ря обветшали, а на ремонт средств не имеется, поскольку «за тем монастырем крестьянства и вотчин не имеется, живут они без жалования и получают едва дневную пищу и ходят по миру...» (РГИА. Ф. 796. Оп. 9. Д. 391. Л. 1; цит. по: Секретарь. 2011. С. 224).
К 1764 г., при строительнице Наталии, мон-рь содержал себя за счет 22 четвертей пахотной земли и сенокосных угодий на 400 копен. При утверждении штатов в указанном году Н. П. м. был упразднен как безвотчинный. Петропавловский храм обращен в приходский и вскоре приписан к Воскресенскому мон-рю на Мячине. В кон. XVIII в. деревянная ц. прп. Иоанна Лествичника и др. деревянные постройки были разобраны за ветхостью. В XIX в. при Петропавловской ц. было открыто городское кладбище.
В юго-зап. углу Петропавловской ц. находилась медная побеленная рака над мощами под спудом прп. Харитины, кнж. Литовской. Из сохранившейся надписи-граффити на стене храма известно, что она была настоятельницей Н. П. м. и скончалась 5 окт. 1492 г. (дата может быть неточной из-за 2 последних недописанных цифр). Тем не менее мощи преподобной не указаны в 2 росписях «новгородской святыни», относящихся ко времени митр. Киприана (Старорусенкова (Старорусенникова)) (1626-1634) (Янин В. Л. Некрополь новгородского Софийского собора: Церк. традиция и ист. критика. М., 1988. С. 218-224). В ризнице обители хранилось Евангелие 1721 г., пожертвованное генерал-адмиралом Ф. М. Апраксиным.
Церковь во имя апостолов Петра и Павла на Сильнище, памятник архитектуры кон. XII в., сохранилась, несмотря на нек-рые перестройки, почти в полном объеме. Она представляет собой 4-столпный 3-апсидный одноглавый храм с 3 порталами, позакомарным покрытием и лестницей на хоры в зап. стене. Церковь выстроена на булыжном фундаменте почти целиком из тонкого кирпича (плинфы) с поочередно заглубленными и выступающими рядами, что сближает ее с киевскими храмами кон. XI в. и полоцкими XI-XII вв. Не исключено, что строили церкви мастера, приглашенные из Юж. Руси.
Вероятно, при восстановлении после швед. оккупации стены, столпы, арки и своды укрепили кирпичными прикладками, к-рые существенно исказили облик интерьера, затеснили пространство (прикладки датируются по возрасту строительного материала в широких пределах - XVI-XVII вв., возможно даже XV в.). Предположительно в этот же период устроено межэтажное перекрытие, уничтожены хоры, сделаны крыльца, ведущие на 2-й этаж. В кон. XVIII-XIX в. храм перестраивался: один боковой портал заложен, др. превращен в окно, мн. древние окна заложены или переделаны, пробиты новые широкие проемы, стены надложены, устроены карниз и 4-скатная кровля.
В 1922 г. в храме было произведено изъятие церковных ценностей «в пользу голодающих Поволжья». В 1925 г. церковь была закрыта. В 30-х гг. XX в. она находилась в ведении Новгородского музея как ценный памятник древнерус. архитектуры. В 1938 г. были проведены ремонт и работы по укреплению здания: облицованы отдельные участки стен, переложены нек-рые своды, заведены металлические связи. Памятник был серьезно разрушен в годы Великой Отечественной войны: центральное прясло зап. стены уничтожено на 3/4 высоты, нарушена система связей, нек-рые конструкции деформированы, имелись многочисленные трещины в стенах и сводах, повреждены кровли и кладка сводов и барабана, в межсезонье здание затапливалось водой. В 1962-1964 гг. по проекту Г. М. Штендера была проведена консервация с частичной реставрацией: укреплены несущие конструкции, полностью воссозданы зап. фасад и барабан. Они оставлены без штукатурки, благодаря чему видна система кладки с чередованием выступающих и утопленных в растворе рядов. Ведется реставрация памятника.
К 2018 г. здание Петропавловской ц. на Синичьей горе находилось в центре городского кладбища.