С 50-х гг. XVII в. Е. м. ежегодно продавал до 2 тыс. пудов «монастырской ржи». В качестве продавцов выступали вкладчики мон-ря, к-рые вели торговлю в Туруханске, Енисейске, Нерчинске, Якутске и др. Кроме того, обитель активно занималась солеваренным промыслом, в Усольской вотчине действовала варница. В 70-х гг. продавали до 1,5 тыс. пудов соли в год, в 80-х гг.- до 3-4 тыс. пудов. К 1680 г. обитель владела 34 крестьянами, из которых 29 жили по «отцовской вечной записи», 5 - по срочной записи на 10 лет. В 1686 г. владения Е. м. составили ок. 3 тыс. дес. земли, «пригодной для земледелия и скотоводства», не считая болотистой и таежной.
В 1696 г. насельник Е. м. мон. Иоаким (Путилов) подал прошение о разрешении строительства часовни на правом берегу Ангары у Кашиной шиверы (порога), в 600 км от Енисейска, и о пожаловании пашни. Вскоре мон. Иоаким построил скит, преобразованный затем в Спасскую пуст., удачно располагавшуюся на промысловых путях. Здесь останавливались торговые и промысловые экспедиции, направлявшиеся к тунгусам. Е. м. вел успешную торговлю с тунгусами, зачастую оказывая им продовольственную помощь. К сер. XVIII в. 400 дес. монастырской пашни обрабатывали 396 крестьян: сеяли рожь, овес, ячмень. В 1762 г. в монастырских амбарах хранилось свыше 9 тыс. пудов зерна, из них ок. 3 тыс. предназначалось для внутреннего потребления. В 1764 г. Е. м. отнесен к штатным обителям 3-го класса с 13 насельниками (настоятель, казначей, 4 иеромонаха, 2 иеродиакона, 4 послушника), все владения переданы казне. В 1796 г. мон-рю были отведены 39 дес. сенокосной земли, из к-рых 9 находилось в «неудобных местах и болотах», рыбная ловля на р. Енисее, мельница на р. Песчанке. В 70-х гг. XIX в. каждому насельнику отпускалось из казны от 167 до 191 р.
С кон. XVII в. в Е. м. ссылали для увещевания раскольников (ГА Красноярского края. Ф. 813. Оп. 1. Д. 79), с лета 1828 по сент. 1831 г. в Е. м. на тюремном режиме содержался декабрист Н. С. Бобрищев-Пушкин. В 1764 г. обитель была отнесена к необщежительным мон-рям 3-го класса. В 1907 г. в Е. м. проживали настоятель архим. Савва и 15 насельников.
Вероятно, при первом игумене Е. м. Варлааме (1649?) была построена деревянная ц. в честь Нерукотворного образа Спасителя. Согласно карте С. Ремезова 1701 г., храм был шатровым, с колокольней (см.: Ремезов С. У. Чертежная книга Сибири. СПб., 1882. М., 2003). В 1735 г. был заложен, а в 1743 (или 1745) г. построен одноименный каменный собор с трапезной; сев. придел св. Иоанна Крестителя освящен в 1753 г., главный престол храма в честь Нерукотворного образа Спасителя - в 1756 г. (датировки построек монастыря, за исключением оговоренного случая, даются по: Попадюк. 2005. С. 124). Юж. придел в честь Покрова Пресв. Богородицы был освящен, вероятно, ок. 1753 г., поскольку антиминс для него испрошен одновременно с антиминсом для сев. придела в 1750 г. (ГАТОТ. Ф. И-156. Оп. 1. Д. 447. Л. 1). Между 1765 и 1772 гг. была сооружена колокольня, к которой ок. 1787-1788 гг. пристроены каменные «палатки», сделавшие план зап. части собора прямоугольным. Наконец, в 1805-1808 гг. на средства купца И. Волкова был сооружен дополнительный юж. придел во имя прор. Илии.Первоначальные кровли храма были деревянными, в 1775-1776 гг. покрыты железом. Во время городского пожара 1869 г. они сгорели, но вскоре были восстановлены.
Собор стал 1-й каменной постройкой в Енисейске и регионе после перерыва, связанного с петровским указом 1714 г. о запрете каменного строительства вне С.-Петербурга. Композиционно собор подобен 1-му каменному храму Енисейска - Богоявленскому собору (1709-1712, 1738-1740, сохр. частично). Спасский собор относится к типу восьмерик на четверике; трапезная 2-столпная, с 2 симметричными приделами. Апсиды полуциркульные. Восьмерик перекрыт высокой кровлей с изломом и световым фонарем в завершении. Апсиды главного и боковых приделов, а также колокольня были изначально увенчаны главками на глухих барабанах; в 1789 г. вместо барабана с главкой над колокольней был сооружен шпиль. Восьмерик колокольни, завершенный ярусом звона, стоит на относительно невысоком четверике притвора. Декор собора нарышкинский: карнизы из кронштейнов-кубиков, завитковые наличники. Зап. вход оформлен многопрофильным перспективным порталом, с поясами зубцов, кубышек и парных балясин; его фланкируют 2 массивные 3/4-ные колонны, увенчанные расходящимися в стороны завитками с 2-скатной полочкой над ними; на карнизе, раскрепованном колоннами, установлен киот. Это оформление зап. портала почти точно повторяет формы ворот верхотурского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря (1752). Архитектура собора может быть отнесена к уральскому варианту нарышкинского стиля; при этом нешатровое завершение колокольни отражает воздействие иркутских и тобольских образцов. В возведении собора могли участвовать каменщики артели Далматовского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря во главе с Иакинфом Денисовым Стахиевым, построившие в Енисейске собор (1755-1758; не сохр.) Христорождественской обители (см. Енисейский в честь Иверской иконы Божией Матери монастырь).
Ворота с ц. во имя святых Захарии и Елисаветы и 2-этажными палатками по сторонам возведены в 1785-1796 гг. иждивением архангельского купца Дмитрия Лобанова. С 1817 г. палатки занимало Енисейское духовное правление, в 1822 г. храм был наконец освящен. Первоначально в церковь вело открытое деревянное крыльцо, в 1855-1859 гг. оно было заменено зап. каменной пристройкой, включавшей лестницы по обеим сторонам ворот. Одновременно были сооружены галереи с 3 сторон храма, в восточной части которых разместились освященные в 1860 г. приделы в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и во имя свт. Алексия Московского. Во время пожара 1869 г. церковь пострадала, в 1874-1875 гг. была восстановлена в прежнем виде; храм был снесен в 1946-1947 гг., сохранилась лишь восточная стена ворот.
Храм представлял собой небольшой четверик, перекрытый 8-лотковым сводом с небольшим барабаном и главкой. Алтарная апсида была прямоугольной в плане, также с небольшой главкой. Четверик имел фронтончики-полуглавия 3-лопастных очертаний с круглыми окнами. В своде находились световые (по странам света) и слепые (по диагонали) люкарны, близкие к 4-лопастным очертаниям; может быть, они не первоначальные и возникли при перестройке 1855-1859 гг. (Попадюк. 2005. С. 149). Церковь имела богатое кирпичное убранство, в неск. упрощенном виде воспроизводившее великолепный декор Троицкой ц. в Енисейске (1772-1776, сохр. частично) и относившееся к последней фазе развития нарышкинского стиля в его иркутском варианте. Этот этап, когда иркутско-енисейская артель строила храмы на Байкале, в Енисейске, в Красноярске и даже в отдаленном Кузнецке (ныне Новокузнецк), характеризуется сохранением иркутского нарышкинского декора 40-60-х гг. XVIII в. при одновременном обращении к иконографии тобольских барочных храмов. В ц. Захарии и Елисаветы последнее отразилось в формах завершения.
На карте Ремезова 1701 г. мон-рь изображен овальным в плане, огражденным внушительным заплотом. На плане 1772 г. он имеет форму неправильного многогранника, обращенного к городу сев.-вост. и юго-вост. стенами, на стыке к-рых напротив алтаря собора располагались главные монастырские ворота с башней над ними. В 1785 г. на их месте началось строительство каменных ворот с надвратной церковью, оконченное только к 1822 г. Они были частью новой невысокой каменной ограды (1789-1806), в ее сев. части, примерно по линии зап. фасада собора, были устроены дополнительные ворота. Каменная ограда (ок. 200 м) охватила только переднюю часть территории мон-ря; задняя часть ограды (ок. 400 м), обновленная в 1792 г., осталась деревянной. К 1863 г. часть каменной ограды рухнула, а св. ворота оказались «заделанными вовсе по разным неудобствам» - видимо, в связи с разбивкой сада на месте окончательно разобранных деревянных построек; главными воротами стали северные. До наст. времени каменная ограда сохранилась примерно на 80% первоначальной длины. Ее волнообразные очертания близки к стилистике тобольского барокко.
При архим. Данииле (1706-1730) в Е. м. был выстроен деревянный 2-этажный настоятельский корпус, просуществовавший до 1774 г. При архим. Иоанникии (1750-1755) построен новый деревянный настоятельский корпус (сохр. примерно до 1860). В 1758 г. выстроен деревянный корпус братских келий, в к-ром также разместилось Енисейское духовное правление, а с 1780 г.- открытое при мон-ре ДУ; он сгорел в 1821 г. Каменные 2-этажные корпуса были сооружены севернее и западнее продолжавших существовать деревянных: в 1794-1796 гг.- настоятельский, в 1803 г.- братский. Их окончательная отделка закончилась в 1826-1827 гг., после чего братский корпус получил название училищного в связи с размещением в нем ДУ; братия поселилась на верхнем этаже настоятельского корпуса. В 1878 г. превратившийся в «настоящую развалину» училищный корпус был продан на слом. К 2008 г. утрачены все деревянные и каменные постройки, за исключением расположенного вдоль северной стены ограды настоятельского корпуса. Это 2-этажное здание имеет 7 осей по длинной стороне и 4 оси по короткой, сводчатые подвалы и деревянную вальмовую кровлю. Фасады сохранили скромный плоскостной декор, переходный от барокко к классицизму.
Согласно описи Е. м., составленной в 1765 г., при архим. Александре и иером. Иоасафе, между 1756 и 1765 гг. в Спасском храме был поставлен резной позолоченный иконостас с иконами прор. Илии, Казанской Божией Матери, Св. Троицы, с Нерукотворным образом Спасителя в киоте, написанными местными мастерами (ГА Красноярского края. Ф. 258. Оп. 1. Д. 6. Л. 10 об.). Иконостас, в к-ром было 7 прясел и 7 рядов икон, венчала скульптурная композиция Распятия с предстоящими. В подставе местного ряда, под Нерукотворным образом Спасителя, помещались уникальные иконы: «Христос - защитник пастырей и паствы» (ЕКМ. Инв. № Ж-106), «Богоматерь в аллегориях и символах» (ЕКМ. Инв. № Ж-102), «Призрение ко всем», «Чин любви к Богу» и др. образа с аллегорическими сюжетами - вклад 1773 г. енисейского купца П. Цыфелева (ГА Красноярского края. Ф. 258. Оп. 1. Д. 11. Л. 3 об.; Д. 43. Л. 1 об.). В алтаре находилось резное запрестольное Распятие с предстоящими, выполненное тобольским мастером М. Ивановым и позолоченное в 1785 г. Монастырская б-ка к 1863 г. насчитывала ок. 300 томов богослужебных и богословских книг, в т. ч. книги, изданные в Молдавии, в Киеве, в Кутеинском в честь Богоявления монастыре: «Евангелие учительное» иером. Кирилла (Транквиллиона-Ставровецкого) (1619), «История преподобных отец Варлаама и Иоасафа» (1637), «Требник Могилёвский» (1646), «Лексикон славяно-русский» (1653). Согласно владельческой записи 1731 г., в мон-ре находился единственный из сохранившихся список путевого дневника митр. Тобольского и Сибирского св. Иоанна (Максимовича), написанный силлабическими стихами во время путешествия святителя из Чернигова в Тобольск в 1711 г., известный под названием «Путник» (РНБ).
С 1780 по 1856 г. в боковых помещениях надвратной церкви мон-ря находилось уч-ще, сначала общее для всех сословий, c 1803 г.- духовное приходское, с 1827 г.- уездное с бурсой. В 1856 г. уч-ще было переведено в Красноярск. Видными деятелями просвещения были архим. Ксенофонт (1820-1849) и магистр богословия архим. Афанасий († 1860). В 1898 г. при Е. м. действовала церковноприходская одноклассная школа для мальчиков. Нек-рое время в помещениях надвратной церкви располагалось духовное управление города, возглавлявшееся настоятелем монастыря. По некоторым сведениям, в XIX - нач. XX в. на берегу Монастырского оз. близ г. Енисейска находился скит Е. м. После 1917 г. братия скита подверглась репрессиям. По преданию, их утопили в озере, сбросив с крутого берега в воду. В XX в. на берег озера совершались паломничества.
В 1920 г. Е. м. был закрыт и преобразован в Спасскую сельскохозяйственную артель, в которую входили 10 чел. В 1923 г. артель была упразднена, как «оплот реакционной общественной мысли», Спасская и Захариевская церкви переданы верующим в качестве приходских, однако ц. святых Захарии и Елисаветы в том же году была закрыта. В Спасском храме продолжал совершать богослужения иером. Митрофан (Беляев). К кон. 30-х гг. все храмы Енисейска, в т. ч. Спасский, были закрыты. В 1946-1947 гг. ц. святых Захарии и Елисаветы была уничтожена. В 1961 г. на территории Е. м. был построен пивзавод, в келейном корпусе разместился пункт общественного питания, сохранилась музейная комната декабристов, отбывавших ссылку в Енисейске. В 1974 г. Е. м. был отнесен к памятникам истории и архитектуры союзного значения, в нем предполагалось устроить музей народов севера.
28 нояб. 1990 г. Е. м. был возвращен Красноярской и Енисейской епархии РПЦ. 6 дек. того же года еп. Красноярский Антоний (Черемисов) отслужил 1-й молебен на руинах мон-ря. Е. м. был возрожден, наместником стал иером. Мефодий (Есин; † 3 окт. 2005), духовником с 1993 г.- иером. Севастиан (Ефимов). С 5 окт. 2005 г. Е. м. возглавляет иером. Варахиил (Шерстнёв), в мон-ре проживают 10 насельников. В Е. м. принял постриг иером. Григорий (Яковлев), принявший мученическую кончину (обезглавлен в ритуальном убийстве сектантом) в 2000 г. в пос. Тура (Эвенкийский автономный округ).
7 апр. 1991 г., на Пасху, иером. Мефодий совершил 1-ю литургию в приделе Спасского храма; 11 мая 2002 г. архиеп. Красноярский Антоний освятил сев. (ранее Иоанно-Предтеченский) придел Спасского храма в честь Преображения Господня. В Е. м. хранится чтимый Нерукотворный образ Спасителя, ранее находившийся на деревянной башне Енисейского острога. В 2005 г. мон-рю был передан храм во имя Новомучеников Российских (освящен 17 июля 2004) на берегу Монастырского оз.