После смерти папы Иоанна V (2 авг. 686) в Риме возникли разногласия относительно избрания нового папы. Согласно Liber Pontificalis, клир намеревался возвести на Папский престол архипресв. Петра, в то время как у войска был свой кандидат - пресв. Феодор. Солдаты заблокировали вход в Латеранскую базилику, поэтому клир собрался у ее ворот (ante fores), в то время как все войско находилось в ц. св. Стефана (Санто-Стефано-Ротондо). Поскольку переговоры ни к чему не привели, священнослужители и др. клирики, «движимые благоразумием» (consilio ducti), вошли в Латеранский дворец и по общему согласию избрали и провозгласили папой 3-го кандидата - К. После этого к избранному папе пришли представители рим. знати, судьи и предводители войска (omnes iudices una cum primatibus exercitus), приветствовали его и признали законным понтификом (ad eius salutationem venientes in eius laude omnes simul adclamaverunt). По прошествии неск. дней войско и народ Рима признали избрание К. и отправили вместе с посланниками от рим. клира послов от народа (et missos partier una cum clericis et ex populo… direxerunt) к Равеннскому экзарху Феодору, чтобы тот, согласно обычаю (ut mos est), утвердил избрание К. на Римскую кафедру. Поскольку в Liber Pontificalis уточняется, что К. занимал Папский престол 11 месяцев (sedit menses XI.), его рукоположение обычно датируют 21 окт. 686 г. Однако в «Annuario Pontificio» началом его понтификата указано 23 окт. (An. Pont. 2011. P. 10*).
По данным Liber Pontificalis, К. получил «божественное повеление» имп. Юстиниана II от 17 февр. 687 г., адресованное еще его предшественнику папе Иоанну V. Император сообщает папе, что он «обрел» акты Вселенского VI Собора, хранит их при себе и обещает вечно соблюдать «нетронутое и безукоризненное» определение Собора. Письмо сохранилось только в виде копии на лат. языке (Exemplar divinae jussionis Justiniani Augusti). Согласно этому документу, император действительно известил папу о том, что он, призвав высших церковных иерархов, папского апокрисиария, синклит и представителей военных чинов, повелел предоставить им акты Собора и в присутствии всех прочесть и подписать соборные определения. Собравшиеся передали списки (chartae) актов Собора императору, чтобы он всю свою жизнь хранил их невредимыми. Как отмечает Л. Дюшен, списки соборных деяний находились в К-поле и погибли при пожаре 711 г. (LP. T. 1. P. 370. Not. 6). Поскольку лексика в пересказе письма и в сохранившейся копии различается, можно предположить, что автор жизнеописания К. пользовался либо греческим оригиналом, либо др. лат. переводом.
В Liber Pontificalis сообщается и о др. «священном повелении» имп. Юстиниана II: «В его времена императорское благочестие священным повелением своим освободило папские владения Бриттия (Бруттия.- Р. К.) и Лукании от 200 annonocapita, которые они ежегодно вносили. Также он направил и другое повеление, дабы семейства вышеназванного патримония и Сицилии, над которыми довлел военный долг, были восстановлены в правах». Вероятно, здесь речь идет о взимании annona militaris - военного налога, выплачиваемого натурой (Бородин О. Р. Эволюция войска в визант. Италии в VI-VIII вв. (военно-организационный аспект) // ВВ. 1986. Т. 46. С. 129).
Автор жизнеописания К. отмечает пожилой возраст папы Римского и его невовлеченность в мирские дела. Старость и болезненность К. приводили к адм. нестроениям в Римской Церкви: папа едва мог совершать поставления священнослужителей (vix ordinationes sacerdotum explere potuisset), тем не менее он рукоположил 16 епископов.
Автор жизнеописания осуждает то, что К. «при отсутствии согласия клира по наущению злых человек и в противодействие церковникам» назначил диакона Сиракузской Церкви Константина управителем владениями Папского престола на Сицилии (rectorem in patrimonio Siciliae) и разрешил ему использовать особую попону для конской езды (mappulum ad caballicandum uti licentiam ei concessit). Дюшен указывает, что на должность управителей папским патримонием назначались обычно представители рим. клира (LP. T. 1. P. 370. Not. 8), использование белой попоны являлось их особой привилегией (LP. T. 3. P. 97. Not. 8).
Перед смертью К. оставил «благословение в золоте» (benedictionem in auro) всему клиру, мон-рям, диакониям и мансионариям. Однако архидиак. Пасхалий использовал эти средства в качестве взятки Равеннскому экзарху Иоанну для того, чтобы после смерти К. занять кафедру св. Петра (об интригах Пасхалия сообщается в жизнеописании папы Сергия I - LP. T. 1. P. 371-372).
Согласно краткому Мученичеству св. Килиана (BHL, N 4660), группа ирл. миссионеров во главе со св. Килианом отправилась к папе Римскому Иоанну V, чтобы получить разрешение на проповедь. Придя в Рим уже после смерти Иоанна V, св. Килиан был принят К., к-рый «даровал ему от Бога и святого Петра, князя апостолов, право и власть проповеди и учения» (dedit illi a Deo et sancto Petro principe apostolorum licentiam et potestatem praedicandi et docendi - Passio Kiliani martyris Wirziburgensis // MGH. Scr. Mer. T. 5. P. 724).
К. был похоронен 29 сент., после его смерти кафедра оставалась вакантной 2 месяца и 23 дня.