С 1856 г. община официально именовалась молитвенным богадельным домом, его настоятельницей стала П. Р. Саватюгина, вдова одного из купцов - благотворителей Флоро-Лаврского храма. В молитвенный дом охотно поступали девушки из соседних деревень, а также из Орловской, Тверской, Калужской губерний, из Москвы. Это вызывало настороженное отношение властей. Московский военный ген.-губернатор А. А. Закревский в 1856-1859 гг. неоднократно предлагал Мин-ву внутренних дел закрыть молитвенный дом, ссылаясь на то, что проживание там молодых женщин не соответствует положению о богадельнях. На неск. месяцев блж. Иоанн был заключен в тюрьму, освобожден по ходатайству свт. Филарета. 15 янв. 1860 г. Святейший Синод завершил дело «о Старофлоровском молитвенно-богадельном доме», постановив, что нет «основательного повода к его закрытию». В том же году свт. Филарет посетил богадельню, освятил новоустроенный Никольский придел Флоро-Лаврского храма.
15 мая 1865 г. по ходатайству святителя богадельня была переименована во Флоро-Лаврскую жен. общину, «старшей распорядительницей» была назначена Саватюгина. Устав общины составил Можайский еп. Савва (Тихомиров) и утвердил митр. Филарет. Община существовала на пожертвования неск. московских купцов, почитавших Иоанна Степановича. В 1865 г., незадолго до кончины, блаженный попытался обеспечить сестрам более стабильный достаток и попросил имп. Марию Александровну ходатайствовать о передаче общине пустующих с 1824 г. корпусов Пахринского имп. конезавода и 50 дес. земли на р. Пахре, в прошении было отказано. 25 дек. того же года Иоанн Степанович скончался и был похоронен на кладбище при Троицкой ц. в с. Пахрине (в 30-х гг. XX в. храм разобрали на кирпичи, место захоронения блаженного неизвестно). Память о подвижнике чтилась в В. м., до 20-х гг. XX в. в обители хранились его рубашка и вериги.
В авг. 1869 г. помещица А. П. Головина пожаловала общине имение в с. Лукине Подольского у., в неск. верстах от Ст. Яма, и 300 дес. земли. 17 мая 1870 г. крестным ходом во главе с благочинным мон-рей Московской епархии прп. Пименом (Мясниковым) ок. 70 сестер перешли из Ст. Яма в Лукино, где действовала небольшая каменная ц. в честь Воздвижения Креста Господня (освящена 10 окт. 1848), поэтому община стала именоваться Крестовоздвиженской.
В 1871-1873 гг. для общины были построены 2-этажный келейный корпус, гостиница, конный и скотный дворы. На средства В. Ф. Жолобова и Ю. И. Базановой к келейному корпусу была пристроена и 30 сент. 1873 г. еп. Дмитровским Леонидом (Краснопевковым) освящена ц. в честь Иерусалимской иконы Божией Матери. В 1882-1886 гг. к Крестовоздвиженскому храму пристроили трапезную, звонницу и паперть.
Новой настоятельницей 21 июня 1886 г. была назначена мон. Евгения (Виноградова). Благодаря ее усилиям 6 февр. 1887 г. община была преобразована в Крестовоздвиженский Иерусалимский общежительный 2-классный мон-рь с 28 монахинями и 28 послушницами. На открытии обители 28 июня 1887 г., к-рое возглавил митр. Московский Иоанникий (Руднев), мон. Евгения была возведена в сан игумении. В 1890-1893 гг. в мон-ре по проекту С. В. Крыгина был построен 5-главый 4-столпный крестово-купольный Вознесенский собор на высоком полуподвале без апсид, освященный в 1896 г. Сев. придел его был посвящен Успению Божией Матери, юж.- Московскому митр. свт. Филиппу (Колычеву) (с. Лукино с XVII в. принадлежало боярскому роду Колычевых). Трудами игум. Евгении в обители был организован прекрасный хор, созданы церковноприходская школа, приют для девочек, больница с аптекой. В апр. 1893 г. игум. Евгению назначили настоятельницей московского Вознесения Господня мон-ря в Кремле. Последней настоятельницей В. м. перед закрытием была игум. Маргарита (Петрушенкова; с 1906).
В монастырском Иерусалимском храме с левой стороны находилась подаренная свт. Филаретом чудотворная Иерусалимская икона Божией Матери. 19 нояб. 1887 г. Московская консистория разрешила выносить икону из мон-ря в крестьянские дома для совершения молебнов. Насельницы особо чтили Бронницкую Иерусалимскую икону Божией Матери, к-рую с 1888 г. ежегодно приносили из Бронниц в обитель крестным ходом, икону Спасителя, подаренную в 1865 г. блж. Иоанном, икону Божией Матери «Знамение» - благословение Московского митр. свт. Иннокентия (Вениаминова).
Решением президиума уездного исполкома Подольска 8 авг. 1919 г. закрытию подлежали все мон-ри Подольского у. как «очаги растления общественной нравственности». К 1921 г. В. м. был реорганизован в сельскохозяйственную артель, к-рая была упразднена в начале 30-х гг. В 20-30-х гг. в корпусах обители располагался дом отдыха профсоюза рабочих химической промышленности им. Л. Я. Карпова. Часть сестер работали при доме отдыха, другие поселились в окрестных деревнях. Неск. монахинь пели на клиросе в Ильинской ц. в с. Лемешеве, в 1931 г. они были арестованы и сосланы в ИТЛ.
Богослужения в Крестовоздвиженском храме совершались до сер. 30-х гг. Ок. 1935 г. храм закрыли, служивший в нем сщмч. Косма Коротких в нояб. 1937 г. был арестован, 8 дек. расстрелян. В др. храмах и корпусах В. м. в разное время размещались табачная фабрика, общежитие, в годы Великой Отечественной войны - госпиталь, с 1950 г. санаторий «Горки Ленинские», с 1970 г. реабилитационный центр для детей-инвалидов. Монастырское кладбище было уничтожено.
Указом Свящ. Синода 25 сент. 1991 г. В. м. был возобновлен как ставропигиальный. 25 окт. 2001 г. состоялось освящение отремонтированного Иерусалимского храма, куда перенесли чудотворную Иерусалимскую икону (по др. сведениям, один из списков с нее), находившуюся в Рождество-Богородицком храме с. В. Мячково Раменского р-на. 25 окт. 2002 г. Патриарх Алексий II освятил в обители Крестовоздвиженский храм. В Иерусалимской ц. хранится ковчег с частицами мощей Киево-Печерских святых, а также благословение Святейшего Патриарха Алексия II - икона свт. Иннокентия (Вениаминова) с частицей его мощей. В февр. 2005 г. в мон-ре жили ок. 30 сестер, настоятельница - игум. Екатерина (Чайникова).