В 1857-1868 гг. по проекту известного с.-петербургского архит. Г. А. Боссе в Е. м. был возведен каменный собор в честь Казанской иконы Божией Матери, освященный 9 сент. 1868 г. архиеп. Вятским Аполлосом (Беляевым). Это был 5-шатровый храм в т. н. русско-визант. стиле К. А. Тона. Четырехстолпный основной объем со слабо выступающими ризалитами завершался 8-гранным световым барабаном с глухим шатром и 4 невысокими шатрами над угловыми барабанами-звонницами. С востока примыкала пониженная алтарная апсида, с запада - удлиненная трапезная с приделами во имя св. Иоанна Предтечи и мц. Параскевы и высокая 4-ярусная колокольня, увенчанная шатром. Перед зап. и боковыми входами были устроены крыльца в виде арочных портиков вместо запроектированных шатров, к-рые должны были опираться на пилоны-кубышки.
В Е. м. также были выстроены 2 трехэтажных каменных сестринских корпуса - северный и восточный. В сев. корпусе размещалась больница с домовой ц. во имя вмц. Варвары (1872). К западу от собора находился 2-этажный дом игумении; на одной линии с этим домом, к югу от вост. корпуса, стоял полутораэтажный дом монастырских служителей. Имелись также каменные просфорная и гостиница, 3 деревянных флигеля. Территория мон-ря была обнесена каменной стеной, при вратах к-рой 18 авг. 1869 г. освящена часовня. На территории Е. м. имелись также хозяйственный двор, огород, плодово-фруктовый сад. Рядом с садом - кладбище для монахинь и благотворителей мон-ря (предположительно за алтарем собора уже в 1926 была похоронена почетная гражданка Елабуги благотворительница Глафира Стахеева, построившая Елабужское епархиальное жен. уч-ще).
Среди святынь Е. м. почиталась принесенная в 1869 г. икона Божией Матери «Достойно есть» - копия с чудотворной иконы, хранящейся на Св. Горе Афон.
К нач. ХХ в. обитель была крупнейшей в Вятской епархии. С 18 апр. 1868 г. Е. м. возглавляла постриженица кирсановского Тихвинского мон-ря Тамбовской губ. игум. Анфия, с 1889 г.- игум. Елисавета (Симонова), затем игум. Ангелина (Багаева). Первый монашеский постриг 6 сестер состоялся 27 и 28 июля 1869 г. В 1869 г. в мон-ре проживало 106 насельниц, в 1877 г.- 130, в 1884 г.- 159, 1893 г.- 255, в 1900 г.- 273 насельницы; в основном это были крестьянки (от 50 до 70%). За всю историю Е. м. лишь 2 дворянки приняли монашеский постриг - Евпраксия (Софонеева) и Мареопила (Анфёрова). Для обучения послушниц, не знавших грамоты, уже в сент. 1869 г. в Е. м. была открыта школа. В 1870 г. в ней обучалась 31 насельница. Сестры трудились на пасеке, в саду, в иконописной и золотошвейной мастерских.
В 1918 г. Е. м. был закрыт, в 1922 г. сестры зарегистрировались как «Казанско-Богородицкое православно-христианское религиозное общество», в к-ром состояло 243 чел., в т. ч. 173 монахини и послушницы во главе с игум. Ангелиной (Багаевой). Решением президиума Елабужского горсовета от 20 нояб. 1928 г. об-во было ликвидировано. Насельницы переселились к родным, нек-рые были репрессированы. 17 дек. того же года в Елабужский горсовет безуспешно обращалась община Казанской ц. с просьбой вернуть помещение храма. Последний клирик, служивший в монастыре в 20-х гг., свящ. Василий Головин, решением Кировского обл. суда от 9 мая 1939 г. был приговорен к 8 годам лишения свободы (по ст. 58-10).
В 30-х гг. Казанский храм был разрушен, сохранились фрагменты стен с башенками, двухэтажные сестринские корпуса, одноэтажный флигель, основание колокольни и трапезной. Постройки Е. м. были переданы Детскому городку Наркомата просвещения. В 1943 г. в кельях разместили нем. военнопленных из дивизий фельдмаршала Ф. Паулюса. После 1945 г. в помещениях мон-ря находился психоневрологический интернат.
16 июля 1995 г. Е. м. был открыт, к 2008 г. в мон-ре проживало ок. 20 сестер, настоятельница - игум. Вера (Шевченко). Богослужения совершаются в небольшом домовом храме во имя вмц. Варвары (1872), находящемся в восстановленном 3-этажном келейном корпусе. В монастыре поставлена деревянная часовня. При Е. м. имеется скит в дер. Нов. Анзирка с восстановленной ц. в честь Казанской иконы Божией Матери (1847-1858). В скиту ведется собственное хозяйство для нужд обители.