(Тверской епархии Тверской митрополии), находится на о-ве Столбной (Столобное) на оз. Селигер в Осташковском р-не Тверской обл. Основана в 1594 г.
С 1527/28 г. на о-ве Столбном подвизался прп. Нил Столобенский, который скончался 7 дек. 1554 г. и был погребен в ископанной собственными руками могиле. После кончины преподобного мн. иноки из разных обителей приходили к месту его подвигов, в т. ч. и прп. Герман из Рожковского во имя свт. Николая Чудотворца мон-ря, находившегося в 2 км от о-ва Столбного. В течение 3 лет прп. Герман жил на острове вместе с игум. Антонием, настоятелем одного из новгородских монастырей. В часовне над могилой прп. Нила они «гробницу строиша и покровом покрыша, яко же и в прочих святых». И «по сотворении гробницы» прп. Герман отправился паломником по св. местам (РГБ НИОР. ф. 304. № 672. л. 100 об.). В 1591-1594 гг. прп. Герман, вернувшись на остров, построил с помощью холмогорца Б. Козьмина и др. деревянный храм в честь Богоявления, вокруг к-рого возникла монашеская община из паломников, пришедших на остров для молитвы у гробницы прп. Нила и оставшихся здесь.
В 1594 г. патриархом Московским и всея Руси свт. Иовом была выдана грамота (не сохр.) с благословением на открытие мон-ря, настоятелем со званием строителя был утвержден прп. Герман (управлял обителью до 1614). Н. С. п. имела общежительный устав по чину древних палестинских мон-рей. Сведения о начальном периоде существования пустыни сохранились в составленной прп. Германом († 1614) незадолго до кончины «Духовной памяти». В ней Герман упомянул приобретенные им для Богоявленской ц. иконы, оловянную богослужебную утварь, облачения (стихарь, украшенный золотным шитьем и жемчугом).
С первых посещений о-ва Столбного прп. Герман записывал рассказы паломников о жизни прп. Нила. Видимо, ок. 1595-1596 гг. (вторично в 1598) прп. Герман направил эти записи иноку вологодской Троицкой Герасимовой муж. пуст. на Кайсаровом ручье Филофею (Пирогову) с просьбой составить Житие прп. Нила и службу ему. Вероятно, после завершения работы над Житием (кон. XVI - нач. XVII в.) в обители началось богослужебное празднование памяти прп. Нила. Трудами прп. Германа и братии были построены трапезная, 6 келий на острове, келья на берегу озера, хозяйственные сооружения. В Осташкове имелся монастырский двор с кельей и трапезной. Обитель пострадала в Смутное время от неурожая и голода.
Преемником прп. Германа (по его завещанию) стал свт. Нектарий (Теляшин; впосл. архиепископ Тобольский и Сибирский). В 1620 г. митр. Новгородским и Великолуцким Макарием II иером. Нектарий был возведен в сан игумена. Он управлял пустынью в 1614-1636 и 1647-1667 гг. Своей деятельностью новый настоятель привлек к Н. С. п. внимание Новгородских архипастырей, кн. Б. М. Лыкова, в вотчине которого находилась обитель, митр. Ростовского и Ярославского Варлаама II, архим. Троице-Сергиевого монастыря прп. Дионисия (Зобниновского), князей А. Н. Трубецкого, Д. М. Пожарского, боярина И. Н. Романова, патриаршего боярина С. В. Колтовского и др.
В 1628 г. митр. Новгородский Киприан (Старорусенков) освободил Н. С. п. от посещений десятильников с целью сбора церковной дани (впосл. грамота митр. Киприана подтверждалась Новгородскими митрополитами в 1636, 1650, 1653, 1655) (Успенский. 1902. С. 16). В 1647 г. по ходатайству игум. Нектария (Теляшина) царь Алексей Михайлович освободил пустынь от подсудности ржевским воеводам. Период 2-го игуменства свт. Нектария стал временем подъема обители, когда ее поддерживали патриарх Московский и всея Руси Никон (Минов), князья И. И. и Ю. И. Ромодановские, бояре И. Д., И. М. и И. А. Милославские, Б. М. Хитрово, А. П. Головин и др. Игум. Нектарий ввел в пустыни строгий общежительный устав: «...хмельному питию не быть, и священники и братья в монастыре и вне монастыря хмельнаго питья не пили б и платье носили б и пили и ели б ис обще монастырское казенное, а своим ничего не называли» (ААЭ. Т. 4. № 165. С. 218). Вероятно, по уставу свт. Нектария предполагалось изгнание из пустыни лиц, не желавших подчиняться установленным правилам.
Внутримонастырские вопросы в пустыни решались собором (или советом) братии во главе с настоятелем. Обитель находилась в управлении митрополита Новгородского, в 1672 г. перешла в ведомство Патриаршей области, а затем Синодальной области (1721-1744). В судебно-финансовом отношении с 1647 г. Н. С. п. подчинялась приказу Большого дворца, а с 1701 г.- Монастырскому приказу.
Важнейшим событием в истории пустыни стало обретение мощей прп. Нила, к-рое произошло 27 мая 1667 г., когда выкапывали ров под фундамент каменного Богоявленского собора. После обретения мощей прп. Нила пустынь приобрела широкую известность. С 1672 г. ее настоятели осуществляли надзор за храмами Осташковского посада (Осташковских слобод) и Осташковской десятины (Успенский. 1902. С. 91), с 1675 г. исполняли должность патриарших десятинников Осташковской десятины. В 1701 г. имя настоятеля пустыни было внесено в «Лествицу степенных настоятелей».
В 1-й четв. XVIII в. Н. С. п. использовалась как место ссылки политических и церковных деятелей. В 1733-1735 гг. в связи с проверками исполнения указа 1723 г. имп. Петра I Алексеевича, запрещавшего постригать молодых послушников и предписывавшего принимать в мон-ри инвалидов и отставных солдат, в пустыни было выявлено 12 монахов, постриженных в нарушение этого указа. По приговору Синода от 23 авг. 1736 г. бывш. игумены обители Паисий (Бартенев; 1719-1724) и Иларион (Попов; 1724-1732), иером. Гурий, казначей Никифор были лишены сана и сосланы в Иркутскую пров. Сибирской губ.; туда же без лишения сана были отправлены иеродиаконы Ипполит, Феодосий, Макарий и мон. Анисим (в 1744 всем дожившим до этого времени даровано прощение).
С 1744 г. Н. С. п. входила в состав Тверской епархии, с 1750 г. ее настоятели подчинялись непосредственно Тверской духовной консистории. В 1751-1758 и 1772-1918 гг. пустынь оказывала помощь Осташковскому духовному училищу, в 1776-1779 гг. настоятели исполняли должность его надзирателей, в 1779-1789 гг.- почетных попечителей.
18 марта 1762 г. игум. Феодосий I (Добрый) (1755-1765, 1766-1770) первым среди настоятелей пустыни был возведен в сан архимандрита. Во многом это было связано с началом общерус. почитания прп. Нила после того, как в 1756 г. указом Синода имя преподобного было включено в святцы, а службы ему на день преставления (7 дек.) и день обретения мощей (27 мая) вошли в Четьи-Минеи.
В 1764 г. пустынь была отнесена к заштатным монастырям. В 1770-1776 гг. настоятель имел звание строителя. В 1773-1867 гг. настоятели обители председательствовали в Осташковском духовном правлении. В 1775 г. личным повелением имп. Екатерины II Алексеевны в Н. С. п. «навсегда» учреждена архимандрития. Высочайшим указом от 20 сент. 1775 г. в архимандриты был определен соборный иеромонах Киево-Печерской лавры Маркиан (Потёмкин), однако указом от 4 дек. 1775 г. это назначение было отменено, иером. Маркиан оставлен в лавре, а в сан архимандрита 10 янв. 1776 г. возведен строитель (с 30 сент. 1773) Феодосий II (Буйков; († 1781)) (Успенский. 1902. С. 85, 92). Начиная с 1799 г., архимандриты пустыни в разное время исполняли должность благочинных ближайших к обители мон-рей.
Развитию Н. С. п. способствовала деятельность архим. Павла, управлявшего обителью в 1801-1839 гг. В 1807-1809 гг. в мон-ре находилась т. н. Русская школа, в к-рой обучались 50 мальчиков-сирот из семей священнослужителей, ее главным надзирателем являлся сам архимандрит. 12 июля 1820 г. обитель посетил имп. Александр I Павлович. Архим. Агапит (Воинов) (1839-1849; до янв. 1840 игумен и управляющий Н. С. п.) восстановил в обители знаменный распев. Значительную роль в благоустройстве и развитии хозяйства Н. С. п. сыграли архимандриты Иоанн IV (1851-1871) и Арсений (1871-1896). Во 2-й пол. XIX в. монастырь ежегодно посещали до 100 тыс. богомольцев.
В 1897-1903 гг. в Н. С. п. действовала тайная секта «макушечников» (при осенении себя крестом возлагали персты на макушку), еще в 1911 г. на о-ве Столбном нелегально проживал их представитель «братец Яков» - близкий по взглядам к хлыстам крестьянин Яков Григорьев из Демянского у. Новгородской губ. Игум. Нифонту (1910-1912) удалось пресечь деятельность сектантов и восстановить духовно-нравственную атмосферу в мон-ре. В 1906 г. в поселье Святица (Светлица) рядом с Н. С. п., в специально построенном 2-этажном каменном здании мон-рь открыл школу грамоты для крестьянских детей.
По распоряжению Осташковского военно-революционного комитета 20 дек. 1917 г. были описаны и конфискованы все драгоценности мон-ря. В 1919 г. по поручению Осташковской ЧК из Н. С. п. изъяли мебель и проч. имущество. 25 февр. 1919 г. вскрыта рака с мощами прп. Нила. В 1919-1922 гг. настоятелем мон-ря был архимандрит (с 1920 еп. Осташковский) Гавриил (Абалымов), в 1922 г. настоятелем стал архим. (впосл. епископ) Иоанникий (Попов). В обители служил сщмч. Илия Бенеманский, арестованный вместе с др. священнослужителями в 1922 г., во время кампании по изъятию церковных ценностей. В июле 1923 г. братия не допустила в обитель присланного в Н. С. п. обновленческого прот. Николая Троицкого. В 1926 г. проходил судебный процесс о сокрытии монахами церковных ценностей в 1922 г., по которому архим. Иоанникий, казначей Лаврентий (Шмелёв) и мон. Антоний (Лебедев) были осуждены и приговорены к году тюремного заключения. Последнее богослужение в Н. С. п. состоялось 11 дек. 1927 г., о чем свидетельствует записка очевидца событий прот. Н. Ф. Рясенского, хранящаяся в обители.
В 1-й пол. XVII - 1-й пол. XVIII в. мн. настоятели и насельники Н. С. п. становились архиереями. 7 февр. 1636 г. архим. Нектарий (Теляшин) был хиротонисан во архиепископа Сибирского и Тобольского. 12 авг. 1688 г. постриженик пустыни и настоятель ряда монастырей архим. Евфимий (Рылков) был хиротонисан во митрополита Сарского и Подонского. Насельниками Н. С. п. были архиеп. Тверской и Кашинский Сергий, архиеп. Великоустюжский и Тотемский (1685-1699) Александр, митр. Коломенский и Каширский Игнатий (Смола), еп. Воронежский и Елецкий Иосиф (Саввин?), еп. Ладожский, вик. Новгородской епархии (1708-1712) Иоиль (Вязьмитянин), еп. Корельский и Ладожский, вик. Новгородской епархии Аарон (Еропкин). Нек-рые выходцы из братии пустыни впосл. возглавляли известные мон-ри, в т. ч. московские Златоустовский, Чудов, Симонов и Донской, серпуховский Высоцкий. В 1682 г. в Н. С. п. принял постриг с именем Герман командир полка московских стрельцов полковник Ю. П. Лутохин.
В соответствии с указом Синода 1832 г. в обители было 30 чел. братии и 30 послушников. Во 2-й пол. ХIX в. в мон-ре проживали также более 140 трудников и свыше 100 работников; к 1917 г.- 17 иноков, 37 послушников, 17 работников и 68 трудников.
Первые сведения о материальном обеспечении мон-ря содержатся в «Духовной памяти» (1614) прп. Германа Столобенского, из к-рой следует, что к моменту ее составления мон-рь не имел земельных владений, ему принадлежал купленный прп. Германом двор в Осташковской слободе, где была устроена «келья и трапеза на трудолюбивую братию для покоя, и Божественной службы, и царского богомолья» (Герман Столобенский. Духовная память // Успенский. 1876. С. 138). С 1624 г. Н. С. п. пользовалась мельницей на р. Сороге (в 1742 полностью перешла во владение обители). В 1629 г. кн. Б. М. Лыков пожаловал пустыни о-в Городомля и рыбные ловы на оз. Селигер, а также небольшую ругу хлебом, продуктами и деньгами (выдавалась до 1702). В 1630 г. царь Михаил Феодорович приказал ежегодно отпускать Н. С. п. хлеб, выплачивать деньги и выдавать съестные припасы. В 1641 г. помещик Д. В. Плещеев передал в обитель в качестве вклада по своим родителям пустошь М. Святое. При игум. Нектарии (Теляшине) было заведено хлебопашество на о-ве Столбном и на монастырских пустошах, заложен 1-й в Верхневолжье фруктовый сад и посажены 500 деревьев. В 1651-1653 гг. у Н. С. п. появилась 2-я мельница - в Сиговке.
В 1660 г. царь Алексей Михайлович пожаловал пустыни право беспошлинной рыбной ловли на оз. Ильмень, в 1662 г. установил денежную и хлебную ругу (выплачивалась в 1662-1699 и 1701-1715) (Успенский. 1902. С. 94-95). С 1665 г. во владение Н. С. п. окончательно перешел п-ов Святица (ныне Светлица) бывш. Кравотынской вол. кн. Лыкова, землями к-рого Н. С. п. пользовалась еще при его жизни. В 1667 г. на пустоши Коровье начали производить кирпич.
В 1681 г. царь Феодор Алексеевич пожаловал обители «полупустошь» Погорелое, в 1683 г. от имени царей Иоанна и Петра Алексеевичей Н. С. п. получила рыбные ловли в озерах Серемо и Тихмень, речках Черёмуха (Серемха), Тихменка и Каменка. В 1690 г. приобретена пустошь Зимница. К кон. XVII в. в поселье Святица (позднее Светлица) был заложен 2-й сад и устроен огород.
В XVIII в. Н. С. п. принадлежали мельницы на р. Емше (1702-1768) и в поселье Раменье (1713-1730). В 1720 г. вместо установленной царской руги обители было полностью передано оз. Селигер (до 1734), однако с 1735 г. вновь выплачивалась денежная и хлебная руга. В 1776 г. во владение обители перешел зал. Глубокий на оз. Селигер. К 1790 г. во владении Н. С. п. находилось более 5,2 тыс. га земли и 4 мельницы. Большие доходы обители приносили продажа рыбы и кружечный сбор у мощей прп. Нила Столобенского.
В 1797-1868 гг. в соответствии с указом имп. Павла I от 18 дек. 1797 г. обитель получала по 300 р. ассигнациями в год. За XIX в. мн. ранее пустовавшие земли были освоены трудниками и стали именоваться монастырскими посельями, в т. ч. Сиговка и Серемо. Хозяйство монастырских поселений было высокорентабельным, чему способствовало применение техники (жаток, молотилок с конным приводом, плугов и железных борон), использование сортовых семян, разведение племенного скота и птицы. Вблизи Н. С. п. на оз. Селигер были устроены садковые озера, в к-рые выпускалась часть пойманной рыбы. Мон-рю принадлежала заповедная лука на оз. Селигер, где водилась особо ценная рыба и лов был строго ограничен. Пустынь владела 2 пароходами (в 70-80-х гг. XIX в. Н. С. п. зарабатывала до 2300 р. в год перевозом богомольцев), лодочный парк с мастерской на берегу залива на о-ве Столбном. В северо-зап. части острова размещался конный двор, где находились лошади, хранились повозки, сани. В 1905 г. были устроены насыпная дамба и плашкоутный мост, соединившие Н. С. п. с п-овом Светлица. В 80-х гг. XIX в. обители принадлежало более 4916,5 га земли, к 1915 г.- более 2700 га. Во 2-й пол. XIX - нач. ХХ в. наибольший доход пустынь получала от вложенных в банки ценных бумаг (в 80-х гг. XIX в. обитель имела вкладных капиталов до 286 тыс. р.).
В 1649 г. над истоком р. Волги указом царя Алексея Михайловича была основана и приписана к Н. С. п. Волговерховская Преображенская муж. пуст. (Успенский. 1902. С. 71-72). В 1724 г. эта обитель сгорела и его братия была переведена в Н. С. п. С 1909 г. на месте сгоревшего мон-ря действовал самостоятельный Волговерховский Преображенский жен. общежительный мон-рь (с 1912 Волговерховский во имя равноапостольной княгини Ольги женский монастырь).
В 1765 г. к Н. С. п. приписана Новосоловецкая Вселуцкая мужская пустынь. Иждивением М. И. Рукиной в 1826-1828 гг. на п-ове Святица была построена каменная с колокольней ц. во имя арх. Михаила с приделом во имя равноап. Марии Магдалины и св. жен-мироносиц. В 1901 г. по инициативе архим. Пахомия была возобновлена часовня (внутри украшена живописью) в пустоши Зимница. С 1907 г. к обители был приписан Гефсиманский скит на о-ве Городомля, где был возведен деревянный храм в честь Успения Пресв. Богородицы (1907-1909). Также в скиту существовала трапезная палата с ц. прп. Нила Столобенского.
Н. С. п. имела подворья в Осташкове (основано не позднее 1614), в Москве - в Старогазетном (Камергерском) пер., в приходе ц. Успения Пресв. Богородицы на Успенском вражке на бывш. дворе М. Т. Лихачёва (с 1667), и в Серебряническом пер. (с 1903).
Архив Н. С. п. включал многочисленные документы с нач. XVII в., в т. ч. «Духовную память» прп. Германа. В переписной книге мон-ря 1647 г. упомянуты находившиеся в обители 2 ящика с документами (Буркин. 2007. С. 56; Барсегян (Куксинская). 2017. С. 440-443). В архиве хранились переписные книги обители, приходно-расходные книги, сборники грамот, рукописные синодики, а также переписка настоятелей с различными учреждениями и отдельными лицами, архитектурные проекты зданий мон-ря, подворий в Осташкове и Москве. К 2018 г. сохранившийся комплекс архива находится в ГАТвО, РГАДА (в фонде 1455, а также в фондах 196, 281, 1183), НИОР РГБ, Тверском государственном объединенном музее (ТГОМ), Осташковском краеведческом музее.
Три переписные книги обители XVII в. (1636, 1647 и 1663) находятся в НИОР РГБ (Ф. 200. № 104), еще 2 (1667 и 1672) - в ТГОМ (КОФ 24125, 24126), синодик кон. XVII в. и вкладная книга 1860 г.- в НИОР РГБ (Ф. 200. № 18, 19), грамота митр. Новгородского Питирима (впосл. патр. Московский и всея Руси) на открытие мощей прп. Нила (10 июня 1667; КОФ 1843/8) и синодик 40-х гг. XIX в.- в ТГОМ. Сохранились подлинник указной памяти кн. Лыкова свт. Нектарию от 17 янв. 1629 г. (РГАДА. Ф. 1455. Оп. 4. Д. 326), грамоты приказа Большого дворца, челобитная игум. Германа II с описанием явлений у мощей прп. Нила Столобенского при копании рва в 1667 г. и росписью его чудес до явления мощей (1667; РГАДА. Ф. 1455. Оп. 4. Д. 357).
В XVI-XIX вв. Н. С. п. являлась важным центром книгописания Верхневолжья. В 1614 г. прп. Герман составил «Духовную память». Свт. Нектарий (Теляшин) переписал «Творения прп. Симеона Нового Богослова» (РГБ НИОР. Ф. 200. № 54), «Паренесис» прп. Ефрема Сирина, Святцы с тропарями и кондаками и с молитвами, Потребник, Требник, написал Житие прп. Нила Столобенского, а также «Слово похвальное преподобному Нилу Столобенскому» (Барсегян (Куксинская). 2017. С. 436-437). В 1697 г. Скитский патерик (азбучный) составил трудник «многогрешный калиграф Михаил Иоаннов сын Усачев» (РГБ НИОР. Ф. 200. № 23). В кон. XVIII в. «Творение Симеона Нового Богослова» переписал К. С. Конягин - известный скульптор из Осташкова (трудник, затем послушник Н. С. п., позднее принявший постриг с именем Кесарь) (РГБ НИОР. Ф. 200. № 55).
Библиотека Н. С. п., формировавшаяся при прп. Германе, в 1614 г. включала 1 печатную (Служебник, купленный прп. Германом в Москве) и 31 рукописную (в т. ч. канон прп. Нилу Столобенскому, 2 списка устава обители, Житие прп. Нила) книгу. При этом книги, посвященные прп. Нилу, постепенно стали составлять особый раздел б-ки (Барсегян (Куксинская). 2017. С. 431). Расширение б-ки стало особой заботой игум. Нектария. Известно о покупке им неск. рукописных книг («Рай», «Златоуст», сборники творений прп. Ефрема Сирина, аввы Дорофея и свт. Григория Богослова, Житие Андрея, Христа ради юродивого). В период архиерейского служения в Тобольске свт. Нектарий составил, переписал и собственноручно украсил синодик Н. С. п. (ныне в НИОР РГБ), ему атрибутируется расширенная редакция Жития прп. Нила Столобенского, созданная на основе житийной лит-ры XVI-XVII вв. В обители хранился и переписанный свт. Нектарием комплект Четьих-Миней. Приобретал свт. Нектарий и печатные книги, среди его покупок - Апостол, Евангелие и Пятикнижие Моисеево.
К 1636 г. в Н. С. п. хранились рукописные книги, подаренные обители архим. Троице-Сергиева мон-ря прп. Дионисием (Зобниновским), землевладельцем Ржевского у. и воеводой Осташковской слободы (1615/16) С. П. Шатиловым (Шетиловым; впосл. постриженик пустыни с именем Сергий), Г. О. Шориным (впосл. мон. Герман), в т. ч. Житие прп. Александра Свирского, Скитский патерик, Печерский патерик, Новоканон, Псалтирь, Пролог сентябрьский и мартовский. Книги, изданные гл. обр. на Печатном дворе в Москве, были подарены Н. С. п. боярином И. Н. Романовым и кн. Лыковым, патриаршим боярином С. В. Колтовским, келарем Троице-Сергиева мон. старцем Александром, царем Алексеем Михайловичем и др. Согласно переписной книге 1663 г., «книгохранительница» размещалась в отдельной «клетке» (деревянном рубленом доме, имеющем в плане прямоугольник) (РГБ НИОР. Ф. 200. № 104. Л. 159). Б-ка пострадала во время пожаров 1635 и 1665 гг.
В дальнейшем б-ка продолжала пополняться как рукописными («Просветитель» прп. Иосифа Волоцкого, Египетский патерик и др.), так и печатными (сборник Слов свт. Иоанна Златоуста «О священстве»; учебник «Грамматика» киевской печати и др.) книгами. В XVIII в. в б-ке имелись: труды видных церковных деятелей - местоблюстителя Патриаршего престола митр. Стефана (Яворского) («Камень веры») и архиеп. Феофана (Прокоповича) («Краткое сказание: первое о Бозе... второе о Божьем промысле... третье о Законе Божиим»); научные труды - «Метафисика о определении и разделении первые философии» (кон. XVIII в.; содержит пометы на латыни), сочинение итальянского историка-гуманиста Полидора Вергилия «О первых изобретениях всех вещей», «Травник» (на рус. и лат. языках), «Сборник слов и нравоучительных записей» (2-я пол. XVIII в.) (Барсегян (Куксинская). 2017. С. 433). Ряд трудов был посвящен борьбе Церкви с еретиками и старообрядцами, в т. ч. сочинение архиеп. Фессалоникийского свт. Симеона («Диалог против Ересей и о единственно Истинной Нашей Христианской Вере, а также о Священных обрядах и Таинствах Церкви»), а также кн. «На раскольников: Сочинение против старообрядчества». В мон-ре хранилось рукописное «Описание погребения Ивана Сергеевича Челищева в Ниловой пустыни», составленное его сыном секунд-майором П. И. Челищевым (1783).
В 1647 г. б-ка обители насчитывала 88 книг, в 1663 г.- 266 книг (174 печатные и 92 рукописные), в 1836 г.- 767 книг. В 1857 и 1873 гг. были составлены новые описи б-ки, в 1862 г.- каталог. В 1890 г. рукописные книги (129) были описаны А. Е. Викторовым. В 1913 г. б-ку разместили на 2-м этаже юго-зап. части братских келий и настоятельского корпуса.
К 2018 г. значительная часть рукописного собрания Н. С. п. хранится в НИОР РГБ, отдельные рукописи - в б-ке РАН, рукописном отделе ГАТвО, Австрийской национальной б-ке, частных собраниях. Старопечатные книги хранятся в различных б-ках, музеях и личных собраниях (Барсегян. 2005. С. 248). Некоторые книги находятся в монастырском музее «Наследие преподобного Нила» (Барсегян (Куксинская). 2017. С. 428-436, 621).
К 1917 г. в Н. С. п. находились: мощи прп. Нила Столобенского (рака установлена в Богоявленском соборе), у к-рых совершались чудеса исцеления; чудотворные Владимирская Селигерская (Келейная) икона Божией Матери (по преданию, келейная икона прп. Нила, находилась у раки с мощами). Надгробная икона прп. Нила, написанная в 1595 г. насельниками Оршина в честь Вознесения Господня женского монастыря монахами Иовом и Нифонтом по рассказам людей, знавших прп. Нила, находилась в иконостасе Благовещенского придела Богоявленского собора, Чудотворный скульптурный образ прп. Нила пребывал на месте пещеры преподобного, в нижнем храме во имя св. Иоанна Предтечи Покровской ц. Почитались гробницы устроителей пустыни - прп. Германа и свт. Нектария, колодец прп. Нила, часовня над дубом прп. Нила.
Торжественно отмечались престольные праздники храмов Н. С. п.: Крещение Господне, Благовещение и Покров Пресв. Богородицы, Воздвижение Креста Господня, дни памяти арх. Михаила, св. Иоанна Предтечи, апостолов Петра и Павла, свт. Николая Чудотворца, прп. Нила Столобенского (7 дек., 27 мая), Всех святых, в земле Российской просиявших. Грамотой еп. Тверского и Кашинского (впосл. митрополит) Вениамина (Пуцек-Григоровича) в 1756 г. был установлен ежегодный крестный ход из Осташковской слободы (позднее г. Осташков) в Н. С. п. в день обретения мощей прп. Нила и дано разрешение обносить их в этот день вокруг мон-ря.
В ризнице пустыни хранились не только церковные и историко-культурные реликвии. С сер. XVII в. она пополнялась драгоценной утварью, начало положили сделанные между 1647 и 1663 гг. вклады боярина И. М. Милославского и настоятельницы московского во имя прп. Алексия, человека Божия, жен. мон-ря игум. Марии (Телешевой) - 2 серебряных богослужебных сосуда (Успенский. 1902. С. 19). В 1909 г. в ризнице находилось более 2 тыс. предметов, среди них - 4 напрестольных Евангелия (рукописное 1-й трети XVII в., печатные 1681 (два) и 1697 гг.), напрестольные кресты - вклады А. К. Телешева (1659), И. В. Бутурлина (1680), гр. Б. П. Шереметева (1-я четв. XVIII в.), В. Д. Олсуфьева (1848), серебряные сосуды, пожалованные в 1682 г. царем Феодором Алексеевичем, облачения XVII в.
Древнейшим сохранившимся памятником монастырской ризницы является лицевая рукопись 80-90-х гг. XIII в. «Сборник слов и поучения на двунадесятые праздники и Пасху на основе Торжественника со словами Кирилла Туровского и Евангелием Никодима» (ГАТвО. Инв. № 1028). В ТГОМ хранятся серебряные, украшенные позолотой, гравировкой, чернью предметы: напрестольный крест (1762), дискос (1781), подлампадница к гробнице прп. Нила (дар купца Степана Иванова, кон. XVIII в.), ваза и панагиар (оба - кон. XVIII в.), стакан, лампада, наперсный крест (все кон. XIX в.), а также уникальный наперсный серебряный крест с образами исп. Феофилакта, епископа Никомидийского, преподобных Нила Столобенского, Феодора Освященного, Ефрема Новоторжского и Саввы Сторожевского и швейцар. часами (кон. XVIII в.), предположительно принадлежавший настоятелю (1776-1788) Саввина Сторожевского монастыря архим. Феофилакту (Бушлякова В. А. Крест архим. Феофилакта // Календарно-хронологическая культура и проблемы ее изучения: К 870-летию «Учения» Кирика Новгородца: Мат-лы науч. конф., Москва, 11-12 дек. 2006 г. М., 2006. С. 86-88).
Во время управления прп. Германа (до 1614) все сооружения обители были деревянными, представление о них можно составить по письменным источникам и иконам прп. Нила 1-й пол. XVII в. Древнейшей постройкой была надгробная часовня клетского типа над могилой прп. Нила (60-е гг. XVI в.). Основной объем возведенной в 1591-1594 гг. 3-ярусной ц. Богоявления с приделом св. Василия Блаженного и колокольней представлял собой 3 поставленных друг на друга четверика, имевшие покрытия на 8 скатов. Подобный тип храма-башни - уникальное местное явление. В 1622 г. была возведена деревянная 5-главая ц. в честь Покрова Пресв. Богородицы, 3 иконы на ее убранство подарил митр. Ростовский и Ярославский Варлаам II, 17 икон Деисусного чина - архим. Троице-Сергиева мон-ря прп. Дионисий (Зобниновский). На месте сгоревшей Богоявленской ц. в 1635 г. игум. Нектарий завершил строительство одноименной деревянной 3-главой церкви с приделом над гробницей прп. Нила и колокольней, на к-рой размещались часы с боем (вклад архим. Дионисия (Зобниновского)). 27 авг. 1665 г. пожар уничтожил большую часть зданий деревянного монастыря. Практически сразу игум. Нектарий начал работы по восстановлению обители. После личной встречи с царем Алексеем Михайловичем свт. Нектарий получил 200 р. на строительство каменного храма над могилой прп. Нила. В течение 1666 г. в пустынь свозили необходимые материалы. В 1667-1671 гг. была возведена главная доминанта обители - каменный Богоявленский собор (освящен 9 апр. 1671 митр. Новгородским (впосл. патриарх Московский и всея Руси) Питиримом) с приделами св. Василия Блаженного и ап. Иоанна Богослова (освящен 30 окт. 1669) и колокольней; с запада была пристроена трапезная, над к-рой возвели ц. в честь Покрова Пресв. Богородицы. Строителем-подрядчиком собора стал крепостной крестьянин кн. М. Я. Черкасского Яков Никитин Голубев из с. Павлов Острог (Павлов Перевоз) Нижегородского у. (ныне г. Павлово Нижегородской обл.). Собор, ставший 1-м каменным культовым сооружением в Верхневолжье, представлял собой высокий бесстолпный четверик, перекрытый сомкнутым сводом и увенчанный 5 главами, украшенный характерными для «дивного узорочья» XVII в. наборными наличниками из фигурного кирпича, 3 рядами закомар. В закомарах собора располагались живописные композиции. Иконостас был выполнен гл. обр. кормовым иконописцем Оружейной палаты Московского Кремля Исаией Ананьиным (Успенский. 1902. С. 27. Прим. 3). Колокола на колокольню Богоявленского собора были пожертвованы царем Алексеем Михайловичем (весом свыше 2620,8 кг в 1671; свыше 671,6 кг в 1666), князьями И. И. и И. Ю. Ромодановскими (свыше 819 кг), боярами И. Д. (свыше 417,7 кг) и И. А. (свыше 409,5 кг) Милославскими. В 1702-1707 гг. каменщики из Осташковской слободы Филат Селезнёв и Ермолай Королёв возвели с юж. стороны собора новую придельную ц. Благовещения Пресв. Богородицы с трапезной, при этом приделы ап. Иоанна Богослова и св. Василия Блаженного были упразднены. На колокольне установлены часы (упом. в описи мон-ря 1757 г. как «железные часы русские» // РГАДА. Ф. 280. Оп. 3. Д. 405. Л. 12). Со 2-й пол. XVII в. гробница прп. Германа находилась у колокольни, гробница свт. Нектария - под папертью собора (с 1-й трети XIX в. обе гробницы размещались в подвальном склепе собора).
В нач. 20-х гг. XIX в. было принято решение о строительстве нового собора. Этот храм возведен в 1821-1833 гг. в стиле позднего классицизма по проекту архит. И. И. Шарлеманя, поданному на конкурс проектов Исаакиевского собора в Санкт-Петербурге. Надзор за работами осуществлял швейцар. архит. А. Боттани. Собор представляет собой 3-нефное прямоугольное в плане здание с 3 шестиколонными портиками, белокаменными колоннами, капителями и деталями антаблемента. Освящен 10 сент. 1833 г. архиеп. Тверским и Кашинским (впосл. митрополит) Григорием (Постниковым). Первоначально собор был 5-купольным, в 50-х гг. XIX в. возведен дополнительный небольшой световой купол; центральный барабан обрамлен полуколоннами ионического ордера. Собор имел 2 придела: правый - в честь Благовещения Пресв. Богородицы, левый - во имя свт. Николая Чудотворца. С запада располагается 3-ярусная колокольня.
В 1699-1701 гг. у больничных келий возвели больничную 5-главую ц. во имя прп. Нила Столобенского (в 1701 освящена архиеп. Тверским и Кашинским Сергием († 1704); в 1723 переосвящена в честь Всех святых). В сер.- 2-й пол. XVIII в. в обители развернулось храмовое строительство, важнейшую роль в котором сыграла артель во главе с крестьянином монастырской слободы Селижаровского во имя Святой Троицы мужского монастыря Фомой Павловым. В 1751-1755 гг. на месте св. врат была построена надвратная ц. во имя прп. Нила Столобенского, стилистически повторявшая надвратный храм Донского мон-ря в Москве, а рядом с больничным храмом - надвратная ц. апостолов Петра и Павла (1760-1764) с элементами торопецкой архитектуры. В июне 1777 г. в юго-зап. части острова было открыто место пещеры прп. Нила, и на нем возвели 2-этажную ц. Покрова Пресв. Богородицы (1777-1781; устроена иждивением жившего в обители И. С. Челищева; освящена архим. Иоанникием 27 дек. 1781) с верхним храмом во имя св. Иоанна Предтечи. В юж. части острова на средства вкладчиков (в т. ч. 2 тыс. р. в 1783 пожертвовал крупнейший с.-петербургский предприниматель, уральский заводчик, выходец из Осташковской слободы С. Я. Яковлев) была построена ц. в честь Воздвижения Креста Господня (1784-1788) с колокольней в традициях псковских звонниц и оградой. В 30-х гг. XIX в. были перестроены завершения Всехсвятской ц. (в 1832 пятиглавие заменено на ротонду с одной главой) и надвратной ц. прп. Нила Столобенского (в 1838 на средства новоторжца Н. Г. Пожарского разобран высокий восьмерик с 5 главами и возведена ротонда, перекрытая куполом и небольшим барабаном с одной шарообразной главкой).
В 1667-1672 гг. в мон-ре, на сев. стороне, построили трапезный корпус, в к-рый входили кухня, квасовня с погребом и ледником под ним, запасная палата (перестроена в 1781-1782), больничные кельи и 3 братские кельи, на вост. стороне мон-ря возвели часть ограды со св. вратами и келью возле них. В 1669-1672 гг. завершили строительство ограды вокруг мон-ря и соорудили 2 корпуса братских келий. В 1680-1698 гг. построены еще 4 келейных корпуса, мастерская, казенная и житенная палаты. На гостином дворе возвели корпус келий для приезжающих (1734, 2-й этаж - в 1799) и 3-этажный странноприимный дом (1737, надстроен в 1809). В 1751 г. построено здание архиерейских покоев.
В 60-х гг. XVIII в. возведена новая каменная ограда с 3 башнями. На территории конного двора И. С. и А. С. Мосягиными построены 2 корпуса (1762-1764; северный перестроен с добавлением открытой аркады в нач. XIX в. мастером С. П. Толстиковым) и каретный сарай (1764). В юго-вост. части острова в 1769 г. построены каменная ограда вокруг фруктового сада, дом для работников, амбар.
К кон. XVIII в. сложилась планировка монастырского комплекса, центром к-рого являлась территория монастырского двора, расположенного в северо-восточной, возвышенной части острова. К западу от монастырского двора располагались гостиный и конный дворы, в юж. части острова - Покровская ц. (с кладбищем вокруг), Крестовоздвиженская ц. и фруктовый сад.
В 1813-1814 гг. в стиле классицизма возведена архиерейская пристань. В 1833-1851 гг. по проекту тверского губ. архит. И. Ф. Львова в стиле эклектики перестроены архиерейские покои, братский и настоятельский корпуса. Это ставшее единым здание включило также первоначальную каменную ограду мон-ря, казенную, кельи и хозяйственные строения кон. XVII - нач. XVIII в., швейную и сапожную мастерские; выложена гранитом набережная, перестроены братские корпуса, гостиница и странноприимный дом. В 1863 г. в стиле позднего классицизма возведена въездная Светлицкая башня.
В кон. 20-х - 30-х гг. XX в. были сбиты все кресты с храмов и колоколен, разрушены ц. Покрова Пресв. Богородицы и монастырские кладбища, разорены могилы прп. Германа и свт. Нектария, уничтожены иконостасы, иконы и мн. другое. С кон. 20-х гг. XX в. в зданиях мон-ря размещались трудовая коммуна и колония для несовершеннолетних преступников, с сент. 1939 по май 1940 г. в обители содержали приговоренных к смерти польск. военнопленных. В годы Великой Отечественной войны на о-ве Столбном размещался госпиталь 3-й Ударной армии, в 1945-1960 гг.- колония для несовершеннолетних преступников, в 1960-1971 гг.- дом для инвалидов и престарелых. В 1960 г. комплекс Н. С. п. поставлен на гос. охрану как памятник архитектуры республиканского значения. В 70-80-х гг. XX в. Мин-во культуры РСФСР провело реставрацию фасадов Богоявленского собора. Все остальные строения (странноприимный дом, гостиница, постройки конного двора, трапезная палата и др.) были сильно разрушены (утрачены кровли, межэтажные перекрытия и т. д.) строительными орг-циями Центрального совета по туризму и экскурсиям, которые использовали монастырские здания для нужд турбазы. В 1971 г. комплекс Н. С. п. перешел в ведение Центрального совета по туризму и экскурсиям ВЦСПС, на о-ве Столбном открылась турбаза «Рассвет» (действовала до сер. 80-х гг. XX в.). Предполагалось провести реконструкцию зданий, однако эти планы не осуществились. С сер. 80-х гг. до 1990 г. комплекс находился на балансе объединения «Мострансгаз».
В марте 1990 г. РПЦ обратилась в Совет министров РСФСР с просьбой о возвращении ей зданий пустыни, 21 сент. 1990 г. просьба была удовлетворена. 29 янв. 1991 г. на заседании Синода было принято решение о возобновлении обители. 10 апр. 1991 г. наместником и строителем возрождаемой обители был назначен архим. Вассиан (Шуста), служивший в 1955-1991 гг. настоятелем Вознесенской ц. в Осташкове (бывш. Вознесенский собор осташковского в честь иконы Божией Матери «Знамение» женского монастыря), в к-рой с 1930 г. хранились мощи прп. Нила Столобенского.
20 дек. 1991 г. епископ Тверской и Кашинский (впосл. митрополит) Виктор (Олейник) совершил 1-ю Божественную литургию в Благовещенском приделе Богоявленского собора, а 9 июля 1993 г. архим. Вассиан - 1-й в новейшей истории обители монашеский постриг. 9 июля 1995 г. патриарх Московский и всея Руси Алексий II возглавил перенесение в Н. С. п. из Осташкова мощей прп. Нила Столобенского. Крестный ход из Осташкова в обитель 9 июля, а также крестный ход на о-ве Столбном вокруг обители стали с этого времени ежегодными. С 90-х гг. XX в. ведется полномасштабная реставрация архитектурного ансамбля Н. С. п. (к 2018 в стадии завершения). В 2003 г. при раскопках в склепе под Богоявленским собором была обретена глава свт. Нектария (Теляшина).
В 90-х гг. XX - нач. XXI в. к лику святых были причислены митр. исп. Николай (Могилёвский) и иером. Петр (Козлов), преподобномученики мон. Виталий (Кокорев), иером. Владимир (Загреба) и схим. Дионисий (Петушков), в разное время входившие в братию пустыни. Пострижеником Н. С. п. был архим. прмч. Сергий (Зайцев) - последний настоятель Зилантова мон-ря в Казани (см. Казанский Зилантов в честь Успения Пресвятой Богородицы женский монастырь).
После смерти 2 мая 2010 г. архим. Вассиана наместником Н. С. п. постановлением Синода от 31 мая 2010 г. утвержден архим. Аркадий (Губанов). Священноархимандритом Н. С. п. является митр. Тверской и Кашинский. В июле 2011 г. открыты и освящены ризница и музей «Наследие преподобного Нила». В музее - неск. отделов, в которых собраны иконы, скульптура, предметы прикладного искусства, книги, также есть отдел, посвященный истории мон-ря в советский период. В фондах музея хранятся произведения XVI - нач. XXI в. Особенность музея состоит в том, что в нем широко представлены иконы и скульптура Осташковской художественной школы, а также работы тверских иконописцев, в т. ч. уникальная коллекция икон и скульптурных изображений прп. Нила Столобенского.
В пользование обители передано ок. 300 га земли, в т. ч. территория о-ва Столбного (ок. 10 га), где организовано монастырское хозяйство, а также земли у деревень Светлица и Старые Поля (7 га сенокоса). Неподалеку от о-ва Столбного Н. С. п. отведена небольшая часть оз. Селигер, где братия занимается рыбной ловлей, в дер. Рылово Селижаровского р-на находится монастырская пасека.
В 1991 г. Н. С. п. были переданы земли Оковецкого источника в Селижаровском р-не, началось его возрождение, возведена ц. Преображения Господня, в 2001-2003 гг. отстроена часовня рядом с источником, в 2003 г. основано подворье (ныне Оковецкий Преображенский скит) Н. С. п. В 2006 г. в дер. Жабны Фировского р-на образован скит Н. С. п., на территории к-рого находятся 2 церкви: во имя свт. Николая Чудотворца (освящена в 1815) и во имя прп. Нила Столобенского (освящена в 1885), а также деревянная часовня в честь Владимирской иконы Божией Матери (2011) на месте упокоения родителей прп. Нила. С 2013 г. подворьем Н. С. п. является храм во имя страстотерпцев блгв. князей Бориса и Глеба (1760-1771) в Затьмачье в Твери.
9 июня 2017 г. в пустыни отметили 350-летие обретения мощей прп. Нила Столобенского, Божественную литургию возглавил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. К 2018 г. в мон-ре проживают 16 иеромонахов (в т. ч. 2 скитоначальника и настоятель подворья), 9 монахов, 17 иноков, 8 послушников и 80 трудников.