Образована решением Свящ. Синода от 7 июня 2012 г. путем выделения из состава Белгородской епархии. Включена в состав Белгородской митрополии. Правящему архиерею Синод постановил иметь титул Губкинский и Грайворонский.
Объединяет приходы в административных границах Борисовского, Грайворонского, Губкинского, Краснояружского, Ивнянского, Прохоровского, Ракитянского и Яковлевского районов Белгородской области.
Решением Свящ. Синода от 7 июня 2012 г. епископом Губкинским и Грайворонским избран наместник Свято-Троицкого муж. мон-ря Белгородской епархии Софроний (Китаев), 9 июня игум. Софроний возведен в сан архимандрита. 22 июля за Божественной литургией в храме Преображения Господня в Тушине в Москве хиротонсан во епископа . Богослужения возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев).