В 1613 г. Б. м. был оккупирован швед. войсками, после освобождения вновь был восстановлен. С 1607 по 1663 г. был приписным к тихвинскому Большому мон-рю. В 1662-1670 гг. настоятелем Б. м. подвизался игум. Досифей, впосл. основатель Выговского общежительства. К нач. XVII в. мон-рю принадлежала дер. Заболотье, 4 пустые деревни и пустошь, в к-рых было 2 крестьянских и 11 пустых дворов. До 1764 г. мон-рь имел в Обонежской пятине 2 деревни с пустошами и землями, где крестьяне безоброчно работали для обители: в дер. Паголде - 66 чел. и в дер. Горушке - 22 чел. В 1764 г. Б. м. был упразднен, крестьяне отобраны у мон-ря и причислены в оброчное ведомство с занимаемыми участками земли. В 1774 г. по ходатайству братии Б. м. был восстановлен как самостоятельный заштатный, обители возвратили прежние владения. В 1815-1818 гг. возведена каменная колокольня в 3 яруса, примыкавшая к зап. стене Никольского собора. На месте разобранной каменной ц. св. Иоанна Предтечи была построена и 6 окт. 1829 г. освящена ц. Владимирской иконы Божией Матери.
В 1837 г. в трапезном притворе Владимирской ц. устроен и 29 авг. освящен придел в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи. На месте разобранной в 1842 г. каменной Никольской ц. был построен и 27 июня 1845 г. освящен каменный храм с одним приделом во имя свт. Николая Чудотворца. В 1845 г. при мон-ре, близ Ярославской дороги, на месте обветшавшей древней часовни построена новая каменная.Среди святынь Б. м. почитались древняя икона свт. Николая, находившаяся в Никольском соборе на правой стороне иконостаса, и список с Беседной иконы Божией Матери на левой стороне иконостаса, икона Господа Саваофа, написанная на доске, сделанной из обрубка того дерева, на к-ром, по преданию, явилась Георгию Божия Матерь. В иконостасе Владимирской ц. находилась местночтимая икона Усекновения главы св. Иоанна Предтечи. В построенной близ св. врат каменной часовне хранился чтимый крест из сосновой колоды от деревянной часовни XIV в. 9 мая, в день памяти перенесения мощей свт. Николая, проходил крестный ход из тихвинского Большого мон-ря в Б. м. с Тихвинской иконой Божией Матери. 14 авг., в день явления Божией Матери пономарю Георгию, с вечера совершалось всенощное бдение по службе предпразднства Успения Божией Матери (со службой свт. Николаю и с чтением акафиста Успению Божией Матери), утром, после Божественной литургии, совершался молебен Божией Матери и свт. Николаю с крестным ходом вокруг мон-ря. Крестный ход совершался также 29 авг. вокруг мон-ря, в Преполовение, 1 авг. и 14 сент.- в часовню Креста Господня.
В нач. XX в. в Б. м. было 5 иеромонахов и 2 иеродиакона, мон-рь владел 263 дес. земли, к-рая обрабатывалась самими насельниками и наемными рабочими.
Ок. 1925 г. Б. м. был закрыт, в 1931 г. закрыты, в нояб. 1941 г. разрушены Никольский и Владимирский храмы вместе с др. постройками. Впосл. на территории мон-ря находился свинарник совхоза «1 Мая», к 2002 г.- транспортное предприятие.