В исторической лит-ре иногда упоминается, что в 1778 г. И. был возведен в сан архимандрита и назначен настоятелем владимирского монастыря равноапостольных Константина и Елены. Однако, согласно П. М. Строеву, в 1777-1779 гг. настоятелем этой обители был архим. Дорофей (Возмуйлов; впосл. епископ Феодосийский). В мае 1779 г. по приглашению Тамбовского еп. Феодосия (Голосницкого), ранее также обучавшегося в Киево-Могилянской академии, И. переехал в Тамбов, где стал 1-м ректором недавно основанной ДС. При организации учебного процесса в семинарии использовал опыт Киево-Могилянской академии. Ввел полный курс философских и богословских наук, пригласив в качестве преподавателей выпускников Киево-Могилянской академии. Первыми учениками стали уроженцы Тамбовской епархии, переведенные из Рязанской, Воронежской и др. семинарий. Одновременно И. являлся настоятелем нижнеломовского в честь Казанской иконы Божией Матери монастыря, в стенах к-рого располагалась семинария, и членом Тамбовской духовной консистории. В 1779 г. освятил в мон-ре ц. Всех святых. Занимался строительством здания ДС в Тамбове, был обвинен в растрате, но оправдан во время следствия. В 1784 г. назначен настоятелем черниговского Троицко-Ильинского мон-ря, однако в связи с преобразованием обители в архиерейский дом так и не приступил к обязанностям и вскоре был возвращен на прежнее место службы. В янв. 1790 г. назначен настоятелем нижегородского Печерского в честь Вознесения Господня монастыря с определением первенствующим членом Нижегородской духовной консистории. С февр. 1794 г. И.- настоятель Донской иконы Божией Матери московского монастыря и член Московской синодальной конторы.
При присоединении к Российской империи Подольского края после 2-го раздела Польши (1793) и последовавшего затем массового перехода местного населения из унии в Православие возникла необходимость в создании здесь отдельной епархии. В нач. 1795 г. территория насчитывала 1607 правосл. приходов, к-рые посещали более 1,1 млн чел. 12 апр. 1795 г. имп. Екатерина II подписала указ о создании Брацлавской и Подольской епархии (в 1799 переименована в Подольскую и Брацлавскую) и о назначении епископа. Выбор пал на И., хорошо знакомого с местной спецификой и способного разобраться в непростой религ. ситуации, сложившейся в крае. 13 мая того же года в Успенском соборе Московского Кремля состоялась хиротония И. во епископа Брацлавского и Подольского, к-рую возглавил Московский митр. Платон (Левшин). Основными задачами, стоящими перед новопоставленным архиереем, были закрытие униат. приходов в епархии, поддержка создающихся правосл. мон-рей, духовного образования, а также формирование церковной администрации. Работу по организации епархиального управления И. начал еще в Москве, где составил план по созданию духовной консистории. В мае 1795 г. он обратился в Святейший Синод с просьбой назначить секретарем буд. Брацлавской духовной консистории Ивана Охтина, с к-рым был знаком по совместной работе в Нижегородской консистории. Указ о назначении последнего был подписан 12 июля, в том же месяце И. выехал в епархию. По дороге И. посетил Киев, где по его просьбе Киевский митр. Самуил (Миславский) определил 3 студентов старших курсов из Киево-Могилянской академии на служение в новой епархии.
Центром епархии должен был стать Каменец-Подольский. Для архиерейского дома и консистории было отведено здание бывш. францисканского мон-ря. Однако гражданские власти не успели вовремя подготовить помещения, и И., приехав в город, «не имел даже в начале где главу приклонити» (Викул. 1897. С. 8). Поэтому временной резиденцией епископа стал Шаргород, куда он прибыл 5 окт. 1795 г., поселившись в бывш. василианском мон-ре. В Каменец-Подольский переехал в 1799 г. и устроился в бывш. францисканском мон-ре. По прибытии И. провел отбор кандидатов на консисторские должности, и уже 7 дек. того же года Брацлавская духовная консистория начала работать. До кон. 1796 г. духовные правления были созданы во всех 13 уездных центрах Подольской губ. Наряду с этим И. для удобства руководства приходами разделил епархию на благочиннические округа и ввел должность благочинных, или десятиначальников, осуществлявших непосредственное руководство низшим духовенством. Давал им наставления и вручал должностные инструкции.
Прилагая немалые силы к закрытию униат. приходов в епархии, И. сталкивался с противодействием местной администрации, католич. духовенства и польск. помещиков. 14 янв. 1796 г. он доносил в Синод, что «с помощью Божией по Брацлавской губернии церкви все числом 1090 истекшего 1795 года декабря в последних числах к православию присоединением закончены» (Смолiнський. 2002. С. 35). И. считал более важным переход в Православие не приходов, а священников, к-рые при этом могли оставаться в своих храмах. Обращение униат. церквей в Каменце-Подольском поручил свящ. Никифору Исаевичу, призывал его к осторожности. С переездом И. в Каменец-Подольский униат. пропаганда там прекратилась. Еще одним направлением деятельности И. стало создание церковноприходских школ, духовных училищ и семинарии. Подольская ДС была открыта в 1797 г. при непосредственном участии и значительной финансовой поддержке И. Первоначально она размещалась при шаргородском во имя святителя Николая Чудотворца монастыре, а в 1806 г. архиерей перевел ее в Каменец-Подольский. Первыми преподавателями стали воспитанники Киево-Могилянской академии из местных уроженцев. Семинаристы получали хорошую языковую подготовку (рус., лат., нем., франц., греч., польск. языки), существовала развернутая система контроля знаний. Незадолго до смерти И. пожертвовал в пользу семинарии 5 тыс. р.
15 сент. 1801 г. И. был возведен в сан архиепископа. В 1804 г. награжден орденом св. Анны 1-й степени. Умер в сидячем положении, с четками в руках, перед раскрытым молитвословом. Похоронен в Иоанно-Предтеченском кафедральном соборе Каменца-Подольского. На надгробной плите была сделана надпись: «Сей, ревностный ко благу паствы, деятельный пастырь, полезный отечеству и Церкви, достопамятный ревностью к преобразованию в православие Подольской епархии, покровительством сирых и вдов, благоучреждением семинарии, скончался 7 февраля 1819». В Подолье ежегодно в день кончины архиерея у его могилы совершалось заупокойное богослужение. В 90-х гг. XIX в. Подольский еп. Димитрий (Самбикин) установил панихидную память И. дважды в год.
Портрет И. 60-х гг. ХIХ в. (НКПИКЗ) происходит, очевидно, из конгрегационного зала КДА (упом.: Ровинский. Словарь гравированных портретов. Т. 4. Стб. 294). Он является повторением более раннего изображения, сохраняя атрибуты парадного портрета нач. ХIХ в.: поясное изображение благословляющего архиерея помещено на фоне колонны с зеленым занавесом; он облачен в архиерейскую мантию, омофор с вышитыми орнаментами и богато украшенную высокую митру, на груди - панагия, крест и награды, в левой руке - жезл с сулоком. Доброжелательный взгляд седобородого И. обращен к зрителю; внизу подпись: «Иоанникий Никифорович Полонский, первый епископ Подольский и Брацлавский, ум. 1819 г.». Др. портрет И. находился в древлехранилище Подольского епархиального историко-статистического комитета (воспроизв.: Викул П. Ф., свящ. Подольские архипастыри. Каменец-Подольск, 1895. Вкл.).