История П. е. началась после распада Австро-Венгрии (1918) и создания независимой Чехословакии, когда в 20-30-х гг. XX в. наблюдались массовый переход в Православие римо- и греко-католиков и прибытие в страну значительного числа российских эмигрантов. С 1921 г. церковной жизнью правосл. чехов руководил еп. сщмч. Горазд (Павлик), находившийся в юрисдикции Сербской Православной Церкви. В 1929 г. в составе Сербской Православной Церкви была создана Чешская епархия во главе с еп. Гораздом. Центром епархии стала Прага, хотя большинство общин располагалось в исторической обл. Моравия. Параллельно на территории Чехословакии действовали архиепископия К-польского Патриархата во главе с архиеп. Пражским Савватием (Врабецем) и русские эмигрантские общины во главе с еп. Бельским Сергием (Королёвым), подчинявшиеся управляющему рус. приходами в Зап. Европе митр. Евлогию (Георгиевскому). Но чехословацкие власти признавали и оказывали финансовую помощь только общинам серб. юрисдикции.
В годы нем. оккупации (1939-1945) Чешская епархия фактически утратила связь с Сербской Церковью. В 1941 г. по требованию оккупационных властей еп. Горазд перешел во временное подчинение архиеп. Берлинскому Серафиму (Ляде; впосл. митрополит), к-рый входил в иерархию РПЦЗ. После расстрела еп. Горазда и духовенства пражского кафедрального собора (4 сент. 1942) деятельность Чешской Православной Церкви была запрещена (с 27 сент. 1942). Оставшееся правосл. духовенство подлежало высылке на принудительные работы в Германию, а церковное имущество было конфисковано в пользу Третьего рейха.
Возобновление церковной жизни началось после освобождения Чехии от фашистов, весной 1945 г. 2 июня 1945 г. епархиальный совет Чешской епархии обратился к Синоду Сербской Церкви с просьбой прислать епископа для руководства церковной жизнью в Чехии и Моравии. 4 авг. 1945 г. Синод ответил, что Сербская Церковь сильно пострадала в годы войны и может оказать православным в Чехословакии только моральную поддержку.
В окт. 1945 г. Прагу посетил архиеп. Орловский и Брянский Фотий (Топиро) и по поручению патриарха Московского Алексия I (Симанского) принял в юрисдикцию Московской Патриархии еп. Сергия (Королёва) и возглавляемые им эмигрантские общины. При встрече с чеш. духовенством архиеп. Фотий предложил общинам перейти в юрисдикцию РПЦ. 8 нояб. 1945 г. в Оломоуце состоялось епархиальное собрание, на к-ром было принято решение просить Сербскую Церковь благословить переход Чешской епархии в подчинение РПЦ. 10 янв. 1946 г. в Москву прибыла делегация Чешской епархии во главе с прот. Честмиром Крачмаром. В ходе переговоров с патриархом Алексием было достигнуто соглашение о переходе Чешской епархии в лоно РПЦ. 14 янв. патриарх Алексий подписал «Определение об условиях приема Чешской Православной Церкви в состав Московской Патриархии», в к-ром говорилось о создании на территории Чехословакии Экзархата Московской Патриархии во главе с епископом, носящим титул «архиепископ Пражский, экзарх Московской Патриархии». Экзархат получал права автономии в объеме, предусмотренном Уставом Чешской епархии 1929 г. Руководство РПЦ взяло на себя проведение переговоров с Сербской Церковью по вопросу о смене юрисдикции правосл. общин в Чехословакии. 5 февр. 1946 г. епархиальное собрание Чешской епархии одобрило результаты проведенных в Москве переговоров.
В февр.-марте 1946 г. офиц. делегация РПЦ во главе с еп. Сергием (Лариным) посетила Белград и провела переговоры, посвященные судьбе правосл. общин в Чехословакии, с митр. Иосифом (Цвийовичем), временно управлявшим Сербской Церковью. 20 марта 1946 г. Сербский Синод заявил, что не будет возражать против направления патриархом Алексием в Чехословакию епископа для временного руководства церковной жизнью. При этом Сербская Церковь не отказалась от своей юрисдикции в Чехословакии: лишь 15 мая 1948 г. Сербский Синод окончательно признал переход Чешской епархии в подчинение РПЦ.
5 апр. 1946 г. Синод РПЦ назначил экзархом в Чехословакии еп. Елевферия (Воронцова) с возведением его в сан архиепископа. 19 мая 1946 г. архиеп. Елевферий прибыл в Прагу. 31 авг. в соответствии с уставом Чешской епархии на епархиальном собрании в Оломоуце архиеп. Елевферий был избран епархиальным архиереем, после чего его полномочия были официально подтверждены гос-вом. Архиеп. Елевферий принял в юрисдикцию правосл. приходы не только Чехии и Моравии, но и приходы на территории Вост. Словакии, к-рые ранее входили в состав Мукачевской епархии (см. в ст. Мукачевская и Ужгородская епархия, УПЦ МП), но после ее присоединения к РПЦ оказались в неопределенном статусе. На момент приезда архиеп. Елевферия в Прагу в епархии действовали 12 приходов в Чехии и Моравии и 20 приходов в Словакии, а также 4 русских эмигрантских прихода.
Архиеп. Савватий (Врабец), к-рый оставался в Праге, не был принят в юрисдикцию РПЦ и до конца жизни († 14 нояб. 1959) находился в юрисдикции К-польского Патриархата, не имея возможности поддерживать связь с Фанаром. Поскольку в его распоряжении не было храмов, он совершал богослужения дома для узкого круга последователей.
В 1946-1947 гг. в Чехословакию вернулось ок. 40 тыс. чехов с Волыни, подавляющее большинство к-рых исповедовали Православие. Они были в основном расселены в местах, где ранее компактно проживали немцы, выселенные после войны в Германию. В 1947 - 50-х гг. XX в. здесь было создано более 40 приходов, в т. ч. и на тех землях, где ранее не было структур правосл. Церкви (напр., в Сев. Чехии).
7 дек. 1949 г. на епархиальном собрании в Праге было принято решение о разделении Чешской епархии на П. е. и Оломоуцко-Брненскую епархию. Архиеп. Елевферий остался епархиальным архиереем П. е., в состав к-рой вошло 36 общин со служащими в них 27 клириками. Территориально П. е. охватила историческую Чехию (до наст. времени ее границы не претерпели изменений).
В 50-70-х гг. XX в. наблюдалось снижение активности церковной жизни в Чехии, обусловленное политикой гос. атеизма и уменьшением количества прихожан. В эти годы П. е. испытывала нехватку духовенства: напр., в 1972 г. количество приходских священнослужителей в епархии составляло 66% от реальной потребности в них. В связи с этим самостоятельные приходы нередко переводились в статус филиалов (приписных общин). К нач. 70-х гг. XX в. в состав П. е. входило 28 общин и 17 филиалов, в к-рых служил 21 священник.
С момента дарования автокефалии Чехословацкой Православной Церкви (8 дек. 1951) и до 1992 г. правящий архиерей П. е. являлся также и предстоятелем Церкви с титулом «митрополит Пражский и всея Чехословакии». В 1955 г. митр. Елевферий оставил пост предстоятеля Церкви. Новым предстоятелем П. е. был избран митр. Иоанн (Кухтин), ушедший на покой в 1964 г. После него предстоятелем стал митр. Дорофей (Филип), руководивший П. е. до своей кончины († 30 дек. 1999).
11-12 дек. 1992 г. Поместный Собор Чехословацкой Церкви принял устав, в соответствии с к-рым Чехословацкая Церковь была переименована в Православную Церковь Чешских земель и Словакии. С тех пор предстоятелем Церкви может быть избран как архиерей П. е., так и архиерей Прешовской епархии. Архиерею П. е. был усвоен титул «архиепископ Пражский и Чешских земель»: он является главой правосл. Церкви в Чешской Республике, возглавляет Митрополичий совет Чешских земель и имеет право представлять правосл. Церковь перед гос. органами Чешской Республики. В случае, если он избирается предстоятелем Церкви, то получает титул «архиепископ Пражский, митрополит Чешских земель и Словакии». В 2000-2013 гг. П. е. возглавлял архиеп. Христофор (Пулец; в 2006-2013 также был митрополитом Чешских земель и Словакии). В результате конфликтной ситуации, сложившейся в П. е., 12 апр. 2013 г. митр. Христофор ушел на покой. Попытки избрать нового архиерея на епархиальных собраниях 18 мая и 19 окт. 2013 г. оказались безуспешными, т. к. ни один из кандидатов не набрал необходимого количества голосов. В результате 11 янв. 2014 г. решением Синода управляющим П. е. был назначен еп. Иоаким (Грди): в тот же день это назначение подтвердил Поместный Собор. Однако власти Чешской Республики не признали полномочий архиеп. Иоакима, т. к. процедура его назначения не соответствовала уставу П. е. По этой причине 22 нояб. 2014 г. на епархиальном собрании прошли новые выборы архиерея, им стал игум. Михаил (Дандар). 14 марта 2015 г. он вступил в управление епархией: 20 марта его полномочия признало Мин-во культуры Чешской Республики.
По состоянию на 2019 г. в состав П. е. входит 55 общин с 15 филиалами, 55 храмов и 19 часовен, 4 мон-ря (2 мужских и 2 женских). П. е. разделена на 6 протопресбитератов (благочиний). На территории П. е. расположено подворье РПЦ в Чехии (ц. во имя апостолов Петра и Павла в г. Карлови-Вари). В Праге ежемесячно выходит ж. «Голос Православия» (Hlas Pravoslaví), являющийся офиц. печатным органом Православной Церкви в Чешских землях. При кафедральном соборе в Праге действует образовательный центр «Orthodoxia».