На Соборе в Тире (335), на к-ром планировалось ложное обвинение Афанасия Великого в усечении руки у его бывш. чтеца по имени Арсений, присутствовал Максим III, еп. Иерусалимский, к-рый тоже был исповедником, во время гонений получил такие же, как и П., увечья, и потому они были близки между собой. П., понимая, что последний примкнул к гонителям свт. Афанасия по простодушию и незнанию о его невиновности, публично предупредил товарища об обмане и сделал его твердым последователем Александрийского предстоятеля, хотя предотвратить замышляемое судебное разбирательство ему не удалось (Rufin. Hist. eccl. X 18). Известно также, что на Вселенском I Соборе (325) П. выступил против предложения о необходимости оставлять жен лицам, принимающим духовный сан. Участники спора, прислушавшись к доводам П. о честности законного брака, о трудности исполнения обета целомудрия и об опасности подобного решения для состояния не только новопоставляемых, но и их жен и приняв во внимание, что исходят они от человека, к-рый сам предпочел строго хранить девство, ограничились запретом жениться для вступивших в духовное звание безбрачными (Sozom. Hist. eccl. I 23; Socr. Schol. Hist. eccl. I 11; Niceph. Callist. Hist. eccl. VIII 19).
О церковном почитании П. до XVI в. сведений нет. Впервые память святого была внесена под 11 сент. в Римский Мартиролог (80-е гг. XVI в.) кард. Ц. Баронием. В краткой заметке, составленной на основе сведений из перевода «Церковной истории» Руфина Аквилейского, П. назван епископом Египта и одним из исповедников веры, к-рым при имп. Максимине II Дайе вырывали правый глаз, подрезали сухожилие на левой ноге и к-рых затем высылали на рудники. При имп. Константине Великом П. ревностно боролся против ариан за правосл. веру; наконец, прославленный «многими венцами», он в мире почил (MartRom. P. 391). По мнению болландистов, Бароний выбрал 11 сент. в качестве дня памяти П., неверно истолковав указание коптского календаря, в к-ром под 11-м числом 9-го месяца, башанса (что соответствует 6 мая), обозначено имя Пафнутий без к.-л. указаний (ActaSS. Sept. T. 3. P. 782). После публикации копто-араб. Синаксаря (XIII-XIV вв.) стало понятно, что под 11-м числом месяца башанса приводится память др. Пафнутия, который жил в X в., начинал свой подвиг в монастыре св. Макария в Нитрийской пустыне и был рукоположен во епископа копт. патриархом Филофеем (979-1003). В совр. редакции Римского Мартиролога память П. также обозначена под 11 сент. (MartRom (Vat.). P. 481).
Ни в рус. Месяцесловах, ни в Прологах нет памяти П., он упоминается у церковных писателей, хотя внимание к нему и объясняется интересом к др. Пафнутию - автору Жития прп. Онуфрия Великого. Так, Иосиф Волоцкий ошибочно их отождествил (Иосиф Волоцкий (Санин). Просветитель. М., 2011. С. 314), но уже свт. Димитрий Ростовский привел почти полные сведения о П. в списке всех Пафнутиев, живших в Египте до IV в. включительно, и сделал вывод, что ни одного из них нельзя с точностью признать автором этого Жития. Свт. Николай (Велимирович) включил П. в составленный им «Охридский пролог» под 11 сент.
Смешение неск. исторических лиц, святых, носивших имя Пафнутий и имевших происхождение из Египта, отразилось в Лицевом летописном своде (70-е гг. XVI в.) при иллюстрировании текстов, имеющих визант. протограф. Как святитель, в фелони с омофором, П. изображен в цикле миниатюр, посвященных истории I Вселенского Собора в Никее, а точнее при упоминании его мнения о безбрачии священства, против к-рого, согласно письменным памятникам, выступил П. (РНБ. F.IV.151. Л. 135). Изображение совпадает с текстом лишь в одном: святой показан с черной дырой вместо правого глаза. В дальнейшем перечисление участников Собора сопровождается миниатюрой, где все присутствующие изображены по плечи или по грудь в отдельных ячейках, как в сотах (Лицевой хронограф. РНБ. F.IV.151. Л. 137); среди них есть иноки, выше других помещен инок-старец в синем куколе и коричневом плаще; большинство монахов, принимавших участие в Соборе, изображены единой группой в левом нижнем углу; множество персонажей опознаются по нимбам; видны лики только двоих, это средовеки с короткими волосами и бородами, склонившиеся друг к другу. Первым среди иноков в списке участников Собора назван «Пафнутий египтянин».