в С.-Петербурге (Никольская пл., 1/3), 1-й морской собор России, в 1941-1999 гг. кафедральный собор С.-Петербургской (Ленинградской) епархии; памятник елизаветинского барокко. Посвящение собора связано с морской символикой: свт. Николай почитается как покровитель мореплавателей, в день Богоявления (Крещения Господня) освящается вся водная стихия. В честь посвящения собора были названы близлежащие Никольские площадь, переулок, рынок и мост.
Территория бывш. Морских слобод, на которой расположен храм, относилась к приходу Вознесенской ц. (первоначальный храм построен в 1728-1729, архит. И. К. Коробов), однако для жителей слобод до 1732 г. требы обычно исполняли иеромонахи Александро-Невского монастыря, приписанные к Никольской Адмиралтейской часовне «в светлицах» полкового двора (построена не позднее 1714). В 1733 г. в Адмиралтейской слободе была сооружена полотняная Никольская ц., в нее после пожара 1735 г. в Исаакиевском соборе перешел служить соборный причт. В 1743 г. вместо полотняной построили деревянную церковь на новом участке Адмиралтейского ведомства - «сборном месте» для морских служителей среди полковых «светлиц», к западу от нее располагалось кладбище; к приходу были приписаны 3384 служителя. В 1747 г. имп. Елизавета Петровна пожертвовала храму Евангелие в серебряном окладе (позднее в тот же оклад было вставлено Евангелие 1771 г.). Возможно, что именно этой церкви или часовне принадлежали также впосл. переданные в Никольский собор иконы Успения Пресв. Богородицы от «кузнечной команды» (1729) и свт. Николая от «первого отделения корабельных мастеровых» (1713), для нее адмиралтейской конторой был заказан образ свт. Николая (1752). С 1 июля 1752 г. настоятелем храма служил воспитанник Александро-Невской семинарии и МДА свящ. Иоанн Иоаннович Панфилов. В 1761 г. церковь была перенесена в здание Морского шляхетского корпуса, на ее месте соорудили деревянную часовню.
По преданию, возможность постройки в С.-Петербурге каменного морского храма по образцу Успенского собора в Астрахани обсуждал еще имп. Петр I в 1721 г. 16 июня 1752 г. имп. Елизавета Петровна подписала указ о возведении каменного собора, к-рый стал главным храмом российского флота. Проект собора в Морских слободах исполнил архитектор Адмиралтейств-коллегии С. И. Чевакинский. Строительством церкви, к-рая должна была стать доминантой нового района Коломны, занималась подрядная контора Адмиралтейств-коллегии, куда Чевакинский 20 мая 1752 г. представил проект и смету. Однако проект пришлось корректировать в связи с рядом наводнений 1752 г.: здание решено было построить более высоким, чтобы избежать возможного затопления нижнего этажа. Чевакинский в проекте нач. 1753 г. увеличил длину и ширину здания на 7,2 м. Закладку храма 15 июня 1753 г. совершил архиеп. Сильвестр (Кулябка) в присутствии президента Адмиралтейств-коллегии генерал-адмирала кн. М. М. Голицына, который в дальнейшем наблюдал за строительством. Руководил работами Чевакинский вместе с каменных дел мастером М. А. Башмаковым и подрядчиком М. Соболевым, мастером кн. Голицына из Ярославского у. В команде зодчего трудились В. И. Баженов и И. Е. Старов. В 1754 г. построили нижний этаж, осенью 1755 г. здание было выведено под кровлю, в 1759 г. были обиты медными золочеными листами главы собора, к-рый был рассчитан на 5 тыс. чел. Строительство обошлось в 129 987 р., всю утварь приобрела Адмиралтейств-коллегия. Предполагалось сооружение отдельно стоящей колокольни. Летом 1756 г. под ее фундаменты были забиты сваи; основные работы были завершены в течение строительного сезона 1757 г., отделка - в 1759 г.
Нижний теплый храм во имя свт. Николая Чудотворца был освящен 5 дек. 1760 г. архиеп. Сильвестром (Кулябкой), на торжестве присутствовала императрица. В тот же день освящен правый придел нижнего храма в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи. 20 июля 1762 г. в присутствии имп. Екатерины II архиеп. Вениамин (Пуцек-Григорович) освятил главный Богоявленский придел в верхнем храме и левый во имя прославленного в 1757 г. свт. Димитрия Ростовского в нижнем. В тот же день императрица устно повелела наименовать церковь «Морским собором» (к 1770 в морском ведомстве состояло 11 храмов, из них 6 - в столице). По штату 1764 г. в соборе служили протоиерей-настоятель, 2 священника и диакон. Незадолго до освящения собора, 17 мая 1762 г., свящ. Иоанн Панфилов, активно участвовавший в строительстве, был возведен в сан протоиерея (впосл. протопресвитер московского Благовещенского собора (1770-1774), духовник имп. Екатерины II, с 1774 член Синода). В 1770 г. в соборе начал служение свящ. Митрофан Иванович Окин, в 1800-1805 гг. он был настоятелем собора.
Со времени правления имп. Екатерины II собор стал памятником славы рус. флота. В присутствии императрицы 28 мая 1770 г. в соборе был отслужен благодарственный молебен по поводу первых успехов русского флота в Эгейском м. во время русско-турецкой войны, 14 сент. того же года - в память о Чесменской победе. Помимо императрицы на нем присутствовали генерал-адмирал вел. кн. Павел Петрович, адмирал С. И. Мордвинов и директор Морского кадетского корпуса ген. И. Л. Голенищев-Кутузов. После 1772 г. молебен стал регулярным и совершался архиерейским чином в день Рождества св. Иоанна Предтечи. Традицию, к-рая прервалась при имп. Павле I, возобновил в 1861 г. генерал-адмирал вел. кн. Константин Николаевич.
По инициативе прот. Иоанна Веселовского, настоятеля собора (1805-1831), в 1806 - апр. 1808 г. из-за финансовых трудностей собор постепенно перешел из морского в епархиальное ведомство. С 22 июля 1900 г. собор относился к Ведомству протопресвитера военного и морского духовенства, в частности к Гвардейскому экипажу, и получил наименование Морской Николаевский Богоявленский собор.
Пятиглавый собор имеет план в виде усложненного равноконечного креста. Стены украшают 68 коринфских колонн, сгруппированных по 3, и богатый лепной декор в виде горельефов и круглой скульптуры. Оконные и дверные проемы полуциркульные и лучковые, украшены головками херувимов, гирляндами, кронштейнами. По осям здания расположены выходы на балконы с 2 ярусами овальных окон над ними. Выступающие углы здания оформлены 3 колоннами, из которых средняя стоит по биссектрисе угла. Богатую пластику фасада дополняют балконы с узорными коваными решетками и кронштейнами на 3 фасадах, в их рисунке использован растительный орнамент. Для карнизов и колонн коринфского ордера на барабанах пятиглавия использовалась путиловская плита, базы колонн на фасадах сделаны из гранита. Металлоконструкции куполов изготовлены в Туле на заводе П. А. Демидова по протекции кн. Голицына (1757). Колокола отлиты в Москве на заводе С. Г. Мозжухина (мастером К. М. Слизовым) в 1757-1758 гг. Для скульптурных фасадных работ, в частности для исполнения «сияния с облаками и херувимами» в тимпанах 4 фронтонов, Чевакинский рекомендовал лепного мастера Фридриха Партира, работавшего на строительстве Большого Царскосельского дворца. Договор с ним датирован июлем 1756 г. Три яруса колокольни украшены колоннами на постаментах, несущими раскрепованный, сложно профилированный антаблемент. Два нижних яруса имеют криволинейные вогнутые очертания, верхний, круглый в плане, завершен полусферическим куполом, барабаном и высоким шпилем.
Интерьер просторной и светлой верхней Богоявленской ц. разделяется пилонами на 7 нефов. У юго-вост. столба устроено царское место, украшенное золоченой резьбой, где молились представители царствующего дома. В парусах центрального барабана помещены российский имп. герб, поддерживаемый ангелами, и вензеля императриц Елизаветы Петровны и Екатерины II (утрачен). Сохранились резные барочные иконостасы, исполненные И. Ф. Канаевым и С. Никулиным по эскизам Чевакинского, одобренным 23 нояб. 1755 г. Иконы написали иконописцы братья Колокольниковы из крестьян Пафнутиева Боровского монастыря: Федот Лукич - в верхней церкви (32 иконы за 1 тыс. р.), Мина Лукич - в нижней (42 иконы за 1 тыс. р.). Договор с ними был заключен 7 дек. 1755 г. Работы в основном были завершены в 1757 г., но только в кон. 1759 г. иконы установили в храме. Нек-рые иконы были заказаны ктиторами, на них, в частности, изображены небесные покровители императриц Елизаветы и Екатерины II, имп. Петра III. Особенно выделяется колоннада коринфского ордера иконостаса верхнего собора, увитая цветочными гирляндами. Колонны в нижней части обработаны каннелюрами с побегами листвы. Антаблемент раскрепован над колоннами и украшен резными головками херувимов. В том же стиле в верхнем храме выполнены резная надпрестольная сень, кафедра у сев. столба и царское место. Трехъярусное паникадило для верхнего храма с литыми скульптурами Спасителя, св. Иоанна Предтечи, евангелистов и ангелов было изготовлено в Нюрнберге и вызолочено в С.-Петербурге. В нижнем храме находились ктиторские иконы разных команд (подразделений) Адмиралтейского ведомства.
В память о победах, одержанных рус. флотом в 70-90-х гг. XVIII в., имп. Екатерина II пожертвовала в верхний храм 2 креста, в каждый из которых входило по 5 богато украшенных икон в золотых окладах. На них были изображены праздники и святые, в дни памяти к-рых флот одержал победы над шведами и турками: на 1-м кресте (1790) - св. Иоанн Предтеча (Чесменская битва 24 июня 1770), святые Максим Исповедник и блж. Максим Московский (Роченсальмское сражение 13 авг. 1789), св. Сисой Великий (Гогландское сражение 6 июля 1788), прп. Сергий Радонежский (сражение при Балаклаве 23 июня 1773), свт. Николай (взятие Очакова 6 дек. 1788); на 2-м кресте (1793) - свт. Афанасий Александрийский (Ревельское сражение 2 мая 1790), вмц. Иулиания (сражение при Бьёркёзунде 21 июня 1790), свт. Евсевий Самосатский (Выборгское сражение 22 июня 1790), София Премудрость Божия (продолжение битвы 23 июня 1790), Вознесение Господне (Синопское сражение 1790 г.) (иконы изъяли из храма 19 апр. 1926).
В 1830 г. в барабане центральной главы были изображены 4 евангелиста, композиции «Преображение Господне», «Огненное вознесение прор. Илии», «Воскрешение св. Лазаря» и «Исцеление расслабленного». При настоятеле прот. Тимофее Ферапонтовиче Никольском (1831-1846), в 1835 г., в собор была передана икона свт. Николая, к-рую вывезли из России французы в 1812 г. В 1845 г. были заменены обветшавшие царские врата главного придела нижнего храма. При настоятеле прот. Иоанне Димитриевиче Колосове (1846-1860), в 1847 г., имп. Александра Феодоровна подарила собору частицы мощей свт. Николая и сщмч. Александра, которые хранились в отдельном ковчежце. В 1851 г. вел. кн. Константин Николаевич передал в дар большой серебряный подсвечник с хрустальными лампадами в память о рождении первенца. От Гвардейского экипажа в собор поступили икона свт. Николая с надписью: «От артиллерийской команды… 1810-1846» (участвовала в кампаниях 1813-1831 гг.) - и Георгиевское знамя в память сражения при Кульме 1813 г. с андреевской лентой, пожалованной 16 февр. 1860 г. Главной святыней нижнего Никольского храма является икона свт. Николая Чудотворца греч. письма XVII в. с частицей его мощей.
При прот. Силе Стефановиче Топильском (настоятель в 1860-1873, автор исторического описания храма), в 1861-1863 гг., в юж. части церковного участка были построены 2 каменных причтовых дома со службами, по стилистике близкие к собору (работы вел почетный гражданин П. И. Лихачёв), в 1877 г. возвели каменные постройки для служб. В 1862 г. по проекту архит. Г. И. Карпова деревянные лестницы, ведущие в верхний храм, заменили каменными, в 1866 г. по плану того же епархиального архитектора в новом доме причта (на углу Никольской пл. и набережной Екатерининского (ныне Грибоедова) канала), в угловом помещении 1-го этажа, была устроена часовня в честь Тихвинской иконы Божией Матери. Вторая часовня, во имя блгв. кн. Александра Невского, устроена с сев. стороны собора, у канала, в 1868-1869 гг. по проекту Карпова и на средства старосты В. Сидорова и прихожан Ф. Васильева и Ф. Власова в память спасения имп. Александра II во время покушения на его жизнь 25 мая 1867 г. в Париже.
С 1870 г. при соборе действовало об-во вспоможения бедным, при котором были открыты школа, больница, приют и богадельня. Двухэтажное каменное здание для об-ва было построено в 1904 г. близ вост. ворот по чертежам и на средства (100 тыс. р.) гражданского инженера, статского советника С. И. Андреева (с 1895 архитектор собора). В здании разместились приют для девочек-сирот и жен. богадельня. В 1902 г. состоялся 1-й выпуск воспитанниц со школьным дипломом. С 1916 г. в приюте проходили ежедневные беседы с детьми. В 1874-1875 гг. купец О. Тупиков устроил сквер на соборной площади за железной решеткой и по желанию имп. Александра II соединил его с церковным садом.
При настоятеле прот. Григории Евграфовиче Романовском († 1900), в 1892 г., во дворе казарм Гвардейского экипажа на Екатерингофском (ныне Римского-Корсакова) проспекте был освящен киот с иконой Спасителя в честь спасения царской семьи при крушении поезда близ ст. Борки. Икона вмч. Пантелеимона (1896) напоминала о кругосветном плавании 1892-1896 гг. крейсера «Рында» под командованием П. В. Римского-Корсакова. Причт собора с 1897 г. окормлял также церковь во дворце вел. кн. Александра Михайловича, к-рый с 1885 г. числился в составе Гвардейского экипажа, и вел. кнг. Ксении Александровны (набережная р. Мойки, 106). Однако состояние здания было неудовлетворительным, ризница собора вызвала замечание имп. Александра III. Настоятелем собора в 1888-1901 гг. был педагог, доктор богословия, проф. СПбДА (с 1894) прот. Сергий Александрович Соллертинский. При настоятеле прот. Николае Никаноровиче Кондратове (17 апр. 1900 - 2 дек. 1914), в 1901 г., в храме поставили голгофу - изображение Распятия Христа с предстоящими Пресв. Богородицей и свт. Иоанном Богословом (сохр.). Тогда же в верхней церкви сложили печи и стали служить зимой (всего 3 литургии в день), а в 1909-1910 гг. провели электрическое освещение. В 1907 г. приходу был возвращен сад. 14 мая 1908 г. в нем в присутствии вдовствующей имп. Марии Феодоровны, покровительницы приходского благотворительного об-ва, был открыт обелиск памяти офицеров и матросов Гвардейского экипажа, погибшего на эскадренном броненосце «Александр III» в сражении при Цусиме 14 мая 1905 г. (худож. полковник экипажа кн. М. С. Путятин, архит. Я. И. Филотей, скульптор А. Л. Обер; сохр. с утратами). Пожертвования на обелиск внесли имп. Николай II и члены августейшей фамилии, офицеры экипажа. Обелиск из фин. гранита на пьедестале высотой 8,4 м был увенчан бронзовым орлом с крестом. На нем находились бронзовые барельефы и памятные доски с именами 833 погибших. Имена погибших на др. судах членов экипажа были перечислены на 2 досках из темно-серого мрамора в верхнем храме. В память о Цусимской битве в соборе служили панихиды, на к-рых присутствовали офицеры и матросы лейб-гвардии флотского экипажа во главе с командиром - вел. кн. Кириллом Владимировичем. В янв. 1913 г. староста собора, купец 1-й гильдии А. И. Иванов, возвел новые вызолоченные престол и жертвенник, украшенные скульптурой и живописью в стиле рококо и подарил церковные облачения в честь 300-летия Дома Романовых, за что был удостоен ордена св. Анны 3-й степени. С 1914 г. настоятелем служил прот. Александр Иоаннович Преображенский.
23 янв. 1918 г. был упразднен институт морского духовенства. 6 апр. 1918 г. комитет бывш. Гвардейского экипажа с разрешения Верховной морской коллегии передал его со всем имуществом и капиталами в распоряжение прихода, т. о. собор перешел в разряд приходских. В 1919 г. все банковские капиталы прихода и церковные здания были национализированы, в 1921 г. прекращено преподавание Закона Божия при храме.
В советское время собор не закрывался, хотя в 1922-1926 гг. из него были изъяты мн. ценности (более 500 кг серебра) и святыни, в частности Евангелия в серебряных окладах 1747 и 1759 гг., 3 Тихвинские иконы Божией Матери (XVIII в.) в серебряных ризах, комплект серебряных сосудов 1760 г. В 1922 г., после начала обновленческого раскола, собор вошел в состав Петроградской автокефалии, здесь часто служил еп. Николай (Ярушевич). Во время борьбы с автокефалией ГПУ арестовало настоятеля (с 1919) прот. Александра Николаевича Беляева, и 30 марта 1923 г. он был сослан на 3 года в Коми-Зырянскую автономную обл. По возвращении продолжал службу в соборе († март 1928). На несколько месяцев собор был захвачен обновленцами, но уже 22 июля 1923 г. община изгнала обновленческих священников. Настоятелем был избран прот. Иоанн Дмитриевский, но 4 авг. всех членов причта арестовали, и 20 сент. обновленцы снова захватили собор. 17 янв. 1924 г. он окончательно перешел под управление свт. патриарха Тихона и с этого времени принадлежал Патриаршей Церкви. В нояб. 1923 г. была закрыта ц. вмц. Екатерины в бывш. Имп. уч-ще правоведения, из нее в собор поступила икона Божией Матери «Неопалимая Купина» (1898; ныне в нижнем храме).
В 1924-1935 гг. настоятелем собора служил прот. Николай Кириллович Чуков (впосл. митр. Ленинградский и Новгородский Григорий). 17 марта 1925 г. из ц. Рождества Пресв. Богородицы при консерватории в собор поступило 9 икон, в т. ч. образ ап. Петра в дубовом резном киоте. Металлическая табличка под образом напоминает об истории его написания: в окт. 1893 г. скончался П. И. Чайковский, и на средства, вырученные от серебряных венков, принесенных к гробу композитора, была заказана икона его небесного покровителя ап. Петра, помещенная в домовой Рождественской ц. консерватории. После передачи иконы в Никольский собор она была установлена у сев. стены в верхнем храме. Поступали в собор и святыни от отдельных верующих. Так, в дек. 1925 г. прихожанка передала в храм частицу мощей свт. Димитрия Ростовского, к-рую вложили в ризу на иконе свт. Димитрия. Всего при проверке церковного инвентаря в сент. 1927 г. было выявлено более 30 образов, пожертвованных за последние годы. В янв. 1925 г. в собор также перенесли иконы из поврежденной сентябрьским наводнением 1924 г. часовни. 10 июля 1926 г. на учет гос. музейного фонда был взят еще 361 предмет из собора.
В свою очередь приходский совет, насколько было возможно, оказывал помощь как др. храмам и богословским учебным заведениям, так и отдельным гражданам. В дек. 1926 г. он передал неиспользуемый иконостас, вероятно полученный из закрытого храма, двадцатке ц. прп. Андрея Критского на ст. Сергиевка (Володарская). 19 апр. 1925 г. совет постановил выдать вдовам и сиротам по заявлениям пособия к Пасхе, 5 апр. 1926 г. разрешил кружечный сбор в пользу Богословско-пастырского уч-ща, 19-20 нояб. 1927 г. в соборе был проведен тарелочный сбор в помощь населению СССР, пострадавшему от стихийных бедствий в Крыму, Ср. Азии и на Дальн. Востоке. С янв. 1928 г. в соборе регулярно служил еп. Сергий (Зинкевич).
В марте 1933 г. в собор поступили саркофаг-мощевик и афонская чудотворная икона «В скорбех и печалех Утешение» с закрытого подворья афонского Свято-Андреевского скита (на 5-й Советской ул.; хранятся в соборе доныне), в февр. 1935 г.- имущество, оставшееся после закрытия русско-эст. Исидоровской ц.; 3 клирика из этого храма, в т. ч. сщмч. Карп (Эльб), перешли в собор. С апр. 1935 г. в нижнем храме стали совершать литургии на эстонском языке. Видимо, после закрытия ц. святых Симеона и Анны в собор попала чтимая икона Божией Матери «Троеручица» (в нижнем храме). После закрытия храмов Троице-Сергиевой пуст. в собор был передан мощевик, привезенный в С.-Петербург А. Н. Муравьёвым как дар пустыни Иерусалимского патриарха Филофея (возвращен в возрождаемую пустынь 3 марта 1996). 9 июля 1934 г. были сняты с колокольни собора и сданы в металлолом 13 колоколов общим весом 20 408 кг. Продолжалось изъятие из храма церковных ценностей. Так, 9 февр. 1933 г. были переданы в Русский музей 4 мозаичных образа, 4 февр. 1934 г.- в Музейный фонд 5 серебряных окладов. Сохранились акты об изъятии ценностей от 7 марта, 23 апр. 1934, 23 дек. 1937 г. и т. д. Даже в условиях гонений в соборе продолжали вести реставрационные работы. В авг. 1935 г. была завершена реставрация 7 икон и 2 картин. Кроме того, сохранились акты о приеме ремонтно-реставрационных работ от 22 сент. 1935, 16 дек. 1936 и 28 сент. 1939 г.
Весной 1935 г., после убийства С. М. Кирова 1 дек. 1934 г., когда начались массовые репрессии, из города выслали 10 членов причта собора, в т. ч. прот. Николая Чукова. Требования властей постепенно ужесточались. 9 апр. 1936 г. были сданы в районное книгохранилище (устроенное в Троицко-Измайловском соборе) книги из б-ки храма; в окт. 1937 г. председатель приходского совета был вынужден дать расписку о закрытии входа на колокольню; в июне 1937 г. по требованию райисполкома был составлен список певчих. В это время в состав причта собора входили 5 священнослужителей и 15 чел.- в обслуживающий персонал храма. В 1938 г. был расстрелян служивший в июле 1935 - нояб. 1936 г. настоятелем собора прот. Александр Викентьевич Пакляр. Позднее репрессиям подвергался и находившийся на посту настоятеля с нояб. 1936 по 5 февр. 1937 г. прот. Лев Александрович Муллер. 7 окт. 1937 г. арестовали председателя приходского совета Б. Петкевича и еще неск. членов двадцатки. Их расстреляли, как и арестованного 23 февр. 1938 г. протодиак. Никифора Кабанова. Новым настоятелем 5 февр. 1937 г. был назначен прот. Павел Тарасов. Он еще дважды служил настоятелем Николо-Богоявленского собора: с 19 мая 1939 по 30 июня 1942 г. и с 21 нояб. 1945 по 1 дек. 1948 г. В марте 1938 - мае 1939 г. настоятелем был архиеп. Петергофский Николай (Ярушевич).
Летом 1941 г. собор стал кафедральным. В годы Великой Отечественной войны и блокады, в 1941-1944 гг., на хорах находились жилые и рабочие покои Ленинградского митр. Алексия (Симанского; впосл. патриарх Московский и всея Руси). В это время неск. клириков собора скончались от голода. Непосредственно во время богослужения умер регент, звонарь А. А. Климанов; зимой 1941/42 г. скончался келейник митр. Алексия инок Евлогий. К янв. 1942 г. число певчих уменьшилось с 34 до 15 чел. Золотые купола собора были замаскированы с помощью чехлов, специальных сетей и окраски в защитный цвет, но храм пострадал от обстрелов и бомбардировок. При соборе были созданы группы противопожарной и противовоздушной обороны. Богослужения в период блокады совершались дважды в день - с 8 до 10 ч. утром и с 16 до 18 ч. вечером. В чин Божественной литургии вводились молитвы о даровании победы «нашему доблестному воинству» и об «избавлении томящихся во вражеской неволе». Служился молебен «в нашествие супостатов, певаемый в Отечественную войну». Есть сведения о том, что в соборе бывал командующий Ленинградским фронтом маршал Л. А. Говоров. В 1942-1945 гг. настоятелем служил прот. Владимир Румянцев. Его сын Сергей, бывш. обновленческий священник, сменил на должности председателя двадцатки П. Л. Смирнова, которого репрессировали в дек. 1941 г. Однако в апр. 1943 г. он стал обновленческим «епископом Ладожским» и перешел в Преображенский собор. Председателем приходского совета и регентом церковного хора в 1942-1946 гг. был буд. проф. ЛДА Николай Дмитриевич Успенский. 24 июля 1944 г. бывш. «архиерей» С. В. Румянцев принес покаяние в Никольском соборе перед лицом архиеп. Григория (Чукова) как мирянин, но вскоре был рукоположен в священный сан в Патриаршей Церкви. 11 окт. 1943 г. члены причта были впервые за советское время удостоены светских наград - медалей «За оборону Ленинграда». Общая сумма патриотических взносов общины собора за 1941-1945 гг. составила 4 703 598 р.: в Фонд обороны и для Красного Креста - 3 958 598 р., в Фонд помощи семьям военнослужащих - 670 тыс. и на подарки бойцам - 75 тыс. р. Это составило 30% от всех соответствующих взносов Ленинградской епархии.
Повреждения от военных действий устранили к 1953 г. В послевоенные годы на пожертвования прихожан в храме регулярно проводились комплексные реставрационные работы (только в 1952 на них было затрачено 1,5 млн р.), благоустраивалась прилегающая территория. В 1947 г. представителям приходской общины передали собрание икон, находившихся в фондах бывшего Антирелигиозного музея в Исаакиевском соборе. Из этого же музея верующим в 1946 г. были возвращены мощи свт. Феодосия Черниговского, с мая по сент. они покоились в Николо-Богоявленском соборе, затем были препровождены в Чернигов, но в соборе осталась деревянная гробница с частью мощей святителя.
С 5 дек. 1948 по 23 февр. 1953 г. настоятелем собора был прот. Евгений Лукин, до своей высылки в марте 1935 г. уже служивший в Никольском соборе. В 1951-1962 гг. прот. Евгений являлся членом Епархиального совета и до 1 авг. 1952 г. был секретарем митр. Григория (Чукова). 17 апр. 1950 г. в соборе был рукоположен во священника учившийся тогда в ЛДА диакон Алексий (Ридигер; впосл. патриарх Московский и всея Руси Алексий II). В 1953-1972 гг. настоятелем служил известный проповедник, председатель Епархиального совета прот. Александр Медведский, в этот период старейший протоиерей Ленинграда.
В 1960 г. к 200-летию освящения храма митр. Гор Ливанских Илия (Карам) передал в дар собору медальон с частицей мощей свт. Николая Чудотворца. Медальон находится при главной святыне собора - иконе свт. Николая, у левого клироса нижнего храма. В период антирелиг. хрущёвских гонений, в июле 1961 г., митр. Ленинградский Гурий (Егоров) был выселен из своих покоев в Свято-Духовском корпусе Александро-Невской лавры, при этом закрыли находившуюся там же крестовую митрополичью ц. блгв. кн. Александра Невского, а ее иконостас отдали в Никольский собор (в марте 1963 иконостас передали в ц. Пресв. Богородицы при представительстве РПЦ во Всемирном Совете Церквей в Женеве). В 1966 г. в соборе по ее завещанию отпевали А. А. Ахматову, пожертвовавшую в храм икону прор. Анны (об этом событии снят документальный фильм). В 1981-1987 гг. настоятелем служил прот. Владимир Сорокин (впосл. ректор ЛДА, ныне настоятель Князь-Владимирского собора в С.-Петербурге), его сменил прот. Богдан Сойко, к-рый является настоятелем более 30 лет.
Собор стал 1-м российским храмом, где традиция сохранения памяти павших воинов была возобновлена в кон. XX в. На стенах храма помещены доски с именами погибших моряков. 7 апр. 1990 г., в годовщину гибели атомной подводной лодки «Комсомолец», после панихиды в храме была установлена мемориальная доска с именами погибших, в 1997 г. установили еще 3 мраморные доски с именами подводников, погибших в 1968-1986 гг. 7 апр. 1998 г. в присутствии командующих всеми российскими флотами состоялись освящение досок и панихида. После гибели в 2000 г. атомной подводной лодки «Курск» на стенах храма появились имена погибших.
Возобновляя традицию, в 85-ю годовщину Цусимского сражения, 27 мая 1990 г., Алексий (Ридигер), митр. Ленинградский и Новгородский, отслужил в храме торжественную панихиду. 15 февр. 1992 г. в соборе состоялось освящение возвращенного Военно-морскому флоту РФ Андреевского флага. В этот день настоятель храма прот. Богдан Сойко, освятив флаг С.-Петербургской военно-морской базы, вручил его вице-адмиралу В. Е. Селиванову. Тогда же настоятелем была возрождена еще одна традиция - освящение спущенных со стапелей боевых кораблей. 29 февр. 1992 г. он освятил миноносец «Беспокойный», и с тех пор каждый спуск на воду нового корабля сопровождается его освящением.
Собор сохранял статус кафедрального храма С.-Петербургской епархии до кон. 1999 г. В 1987-1989 и 1996-1998 гг. был проведен крупный ремонт здания. 19 апр. 2008 г. Владимир (Котляров), митр. С.-Петербургский и Ладожский, освятил обновленный верхний храм Богоявления. В 2000 г. в нижнем ярусе колокольни была освящена часовня в честь Рождества Христова. В соборе, преимущественно в нижнем храме, пребывают часть древа Креста Господня, чтимые иконы Божией Матери (Владимирская, Казанская, Тихвинская, «Знамение», «Собор икон Богородицы»), Сретения Господня, арх. Михаила, св. Иоанна Предтечи, великомучеников Георгия и Пантелеимона и мн. др. святых. В наст. время духовенство собора проводит большую духовно-просветительную работу среди военнослужащих, продолжая традиции, связанные с российским флотом. При соборе действует Свято-Никольский молодежный союз. К собору приписаны часовни Рождества Христова в НИИ «Рубин», свт. Николая Чудотворца в ФГУП «Адмиралтейские верфи», равноап. кн. Владимира в «Тест С.-Петербург». Ежедневно в храме совершаются 2 литургии и вечернее богослужение.