Ок. 1532 г. отец направил Н. в г. Сан-Джермано на севере Неаполитанского королевства, где проживал его брат, Ромоло Нери. Не имея детей, брат выражал готовность назначить племянника наследником своего весьма успешного торгового дела. В течение года Н. помогал дяде в торговле тканями и шерстью. Свободное время он проводил в уединении, часто посещал небольшую часовню, вверенную заботам монахов-бенедиктинцев. Там после продолжительных молитв и размышлений о страданиях Господа Н. пришел к убеждению, что торговля и достижение личного благополучия не являются его жизненным призванием. В 1533 г. он отказался от семейного наследства и отправился в Рим.
В Риме Н. поступил на службу к флорентийцу Галеотто Качче, хорошо знавшему его семью. Он должен был учить детей грамоте и наставлять их в делах благочестия. В качестве жалованья ему предоставили маленькую комнатку в доме и необходимое пропитание. В 1533-1535 гг. Н. ревностно выполнял обязанности наставника и практически не покидал дом своего покровителя. Единственным местом, к-рое он регулярно посещал, была расположенная неподалеку ц. св. Евстафия (Сант-Эустакио). Н., живя фактически как затворник, уже в 20-летнем возрасте получил известность среди находившихся в Риме флорентийцев. Его почитали как человека св. образа жизни, к-рый отказался от материального вознаграждения, за исключением необходимого минимума. Те, кто знали о его почти отшельнической жизни, стали обращаться к нему с просьбами о молитвах. Воспитанники Н. впосл. выбрали для себя путь церковного служения: старший, Микеле Качча, стал ректором ц. св. Доната в Читилле близ Флоренции, а младший, Ипполито Качча, вступил в орден цистерцианцев (с монашеским именем Андреа).
Желая получить более глубокие знания по философии и богословию, в 1535 г. Н. начал учиться в Римском ун-те Сапиенца, деятельность к-рого была восстановлена в 1534 г. папой Римским Павлом III (1534-1549). Учителями Н. были Чезаре де Джакомелли, богослов, принимавший участие в работе Тридентского Собора, еп. Белькастро в Калабрии (1542-1552), и приглашенный лично Павлом III неаполитанец Альфонсо Ферро. Однокурсником Н. был философ Алессандро Буцио. Богословие Н. изучал у монахов-августинцев; здесь его наставником стал Алессандро Страделла. Полученные Н. знания оказались настолько глубокими, что впосл. он достойно выступал на философских и богословских диспутах, однако в общении с простыми жителями Рима и паломниками старался крайне редко демонстрировать свой уровень образованности, прибегая к научной аргументации лишь в исключительных случаях (об этом свидетельствовал, напр., католич. св. Алессандро Саули, генерал ордена варнавитов, еп. Алерии (1570-1591) и Павии (1591-1592), сподвижник католич. св. Карло Борромео, архиеп. Милана (1564-1584); он был поражен ученостью Н., к-рого до этого считал «святым простецом» - см.: Bacci. 1745. P. 8). В 1537 г. Н. решил не продолжать учебу, т. к. занятия требовали много времени, к-рое он считал более правильным посвятить молитве. Хотя мн. люди, знакомые с ним, полагали, что он обязательно станет священником, сначала Н. не хотел выбирать этот путь, считая, что пастырские обязанности также будут помехой для углубленной молитвенной жизни.
Оставаясь мирянином и проживая по-прежнему в доме Каччи, Н. часто уходил в город, где регулярно совершал паломничество с остановками для молитвы в 7 рим. базиликах: св. Петра (Сан-Пьетро), св. Павла (Сан-Паоло-фуори-ле-Мура), св. Севастиана (Сан-Себастьяно-фуори-ле-Мура), Латеранской базилике, базиликах Св. Креста (Санта-Кроче-ин-Джерузалемме), св. Лаврентия (Сан-Лоренцо-фуори-ле-Мура) и Пресв. Девы Марии Великой (Санта-Мария-Маджоре); путь составлял ок. 20 км. Он подолгу оставался в катакомбах Сан-Себастьяно, в те времена совершенно заброшенных. В ночные часы, когда храмы оказывались закрытыми, Н. молился в портиках церквей, где часто собирались бедные и неимущие римляне и паломники. Постепенно в 1537-1538 гг. Н. добавил к своей молитвенной жизни общение с бедняками и нуждающимися и стал вести среди них проповедническую деятельность.
В 1544 г., незадолго до праздника Пятидесятницы, во время молитвы о дарах Св. Духа Н. пережил мистическое явление: по его свидетельству, в него вошел огненный шар, к-рый проник в сердце и так расширил его, что были деформированы ближайшие к сердцу ребра (Ibid. P. 12) (при вскрытии тела было констатировано расширение (аневризма) сердца - подробнее см.: Belloni L. L'aneurisma di S. Filippo Neri nella relazione di A. Porto. Mil., 1950). Мн. современники Н. отмечали, что во время особого молитвенного состояния и священнического служения от него исходило сильное тепло, к-рое ощущалось всеми находившимися рядом; они также могли слышать его усиленное сердцебиение. О тепле, исходившем от Н., официально свидетельствовал его бывш. ученик, кард. Пьетро Паоло Крешенци (Bacci. 1745. P. 14). Позднее, когда Н. уже принял сан священника, папа Римский Григорий XIII (1572-1585) отменил для него необходимость при принятии исповеди облачаться в суперпеллицеум (аналог стихаря), поскольку даже это легкое облачение было ему тяжело при исходящем от сердца тепле (Bacci. 1745. P. 14). По словам кард. Федерико Борромео, архиеп. Милана (1595-1631), Н. мог по своему желанию остановить усиленное сердцебиение (Ibid. P. 15).
Помимо проповеднической деятельности среди нищих, к-рых он встречал при церквах, Н. обращался к состоятельным людям с призывами вести благочестивый образ жизни и заниматься благотворительностью. Его проповедь была настолько страстной, что Н., даже будучи мирянином, привел к праведной жизни мн. людей. Он старался разыскать людей, приверженных порокам, и вывести их из этого состояния. В кон. 40-х гг. XVI в. известность получило обращение к духовной христ. жизни Просперо Кривеллы, служащего одного из рим. банков, отличавшегося безнравственным образом жизни. Н. помог ему прийти к покаянию и вернуться к регулярной исповеди. Под влиянием проповедей Н. мн. римляне вступали в католич. монашеские ордены и конгрегации, в частности в основанное в то же время Об-во Иисуса (см. Иезуиты). Н. был лично знаком с католич. святыми Игнатием Лойолой и Франциском Ксаверием, основателями ордена иезуитов, но сам в Об-во Иисуса не вступил.
Н. активно занимался делами милосердия. Он посещал рим. госпитали, где ухаживал за тяжелобольными и утешал их. Пример Н. вдохновил нек-рых его последователей заботиться о страждущих и болящих, находившихся в лечебных заведениях. В 1582 г. ученик Н., бывш. врач Камилло де Леллис, основал орден регулярных клириков - Общество служителей больным (лат. Ordo Clericorum Regularium Ministrantium Infirmis; по имени основателя называются также камиллианцами); его члены занимались призрением бедных и больных.
По окончании юбилейного года католич. пресв. П. Роза настоял на принятии Н. сана священника. В марте 1551 г. в ц. св. Фомы (Сан-Томмазо-ин-Парионе) Н. получил посвящение в тонзуру, в младшие чины и в чин субдиакона от Джованни Лунелли, титулярного еп. Севастии Киликийской in partibus infidelium, действовавшего по указанию генерального викария Рима Филиппо Аркинто, еп. Салуццо (1546-1556). 29 марта в Латеранской базилике Н. был рукоположен в сан диакона. 23 мая того же года состоялось его рукоположение во священника, совершённое в ц. св. Фомы тем же еп. Дж. Лунелли.
После рукоположения Н. переехал от Каччи в дом при ц. св. Иеронима (Сан-Джироламо-делла-Карита), где проживали др. священники, в т. ч. его духовник. Н. не получил конкретного пастырского назначения и стал служить в ц. св. Иеронима. Продолжив проповедническую деятельность в Риме, теперь он не только увещеваниями способствовал возвращению людей к праведной жизни, но и добивался раскаяния грешников, принимал исповедь и давал отпущение грехов. Он старался больше времени проводить в конфессионале (см. Исповедальня), чтобы принять исповедь у большего числа людей, способствуя т. о. утверждению в католич. Церкви практики частой исповеди.
Важной задачей Н. считал организацию духовного просвещения народа, с тем чтобы раскаявшиеся и обратившиеся грешники не вернулись к прежним порокам. Он считал, что для благочестивой жизни наиболее опасна праздность в вечернее время, когда люди свободны от дневных дел, поэтому он стал приглашать после ужина всех желающих в свою комнату, где беседовал с пришедшими о жизни святых, об истории Церкви, о красоте добродетелей и пагубности пороков. В этих беседах Н. часто использовал наставления прп. Иоанна Кассиана Римлянина. Во время бесед обсуждались отрывки Свящ. Писания, однако Н. стремился строить разговор без погружения в схоластические тонкости, имея целью углубление личной добродетельной жизни каждого участника. Такие беседы всегда сопровождались совместной молитвой. Затягивавшиеся до позднего вечера или даже до глубокой ночи собеседования часто заканчивались тем, что все собравшиеся (сначала их было 7-8 чел.) отправлялись в ц. Пресв. Девы Марии (Санта-Мария-сопра-Минерва) и участвовали в повечерии (completorium) или в утренней службе (matutinum).
Н. вместе со своими слушателями продолжал практику посещения 7 рим. базилик. При переходе из храма в храм они пели псалмы и гимны или шли, занимаясь медитацией на заданную тему (главные из тем - Страсти Христовы, конец света, Страшный Суд и спасение человека), чтобы исключить любые светские беседы во время паломничества. В одной из базилик паломники участвовали в мессе, в др. храмах к ним с краткой проповедью обращался Н. или кто-нибудь из приглашенных им монахов. В пути делалась остановка для трапезы, во время к-рой на муз. инструментах исполнялись фрагменты церковных произведений. Н. всегда участвовал в этих паломничествах и лишь в конце жизни не смог делать этого в силу возраста и состояния здоровья.
Число собиравшихся вокруг Н. постепенно возрастало, так что к 1558 г. встречи пришлось перенести в более просторное помещение при ц. св. Иеронима, расположенное наверху, справа от главного нефа. Эти встречи получили известность в Риме: все больше людей желали присоединиться к новой форме духовной жизни. Н. старался приобщать всех собиравшихся у него к практическим делам милосердия: время от времени он приглашал присутствовавших присоединиться к одной из 3 групп, к-рые направлялись в рим. госпитали при Латеранской базилике, ц. Пресв. Девы Марии Утешительницы (Санта-Мария-делла-Консолационе) и ц. Св. Духа; ученики Н. не только духовно поддерживали и утешали пациентов, но и оказывали малоимущим больным необходимую санитарную помощь.
Многие из тех, кто регулярно исповедовались и собирались у Н., посвятили себя церковному служению, нек-рые стали впосл. крупнейшими иерархами католич. Церкви. Так, родственник пап Римских Маркелла II (апр.-май 1555) и Павла IV (1555-1559) Франческо Мария Таруджи, ближайший помощник Н., а впосл. архиепископ Авиньона (1592-1597) и Сиены (1597-1607), став в 1596 г. кардиналом, считал своим главным достижением в жизни то, что в течение 50 лет он был учеником Н. Среди последователей Н. был Костанцо Тассоне, племянник кард. Пьетро Бертани и мажордом кард. Гвидо Асканио Сфорца ди Санта-Фьора, внука папы Римского Павла III; под влиянием духовного наставника Тассоне оставил фривольную жизнь, стал священником и был принят на службу к архиеп. Миланскому К. Борромео.
На встречах у Н. часто обсуждалась миссионерская деятельность католич. орденов, прежде всего иезуитов, в Индии; участники собраний зачитывали приходившие оттуда послания. Сомневаясь в правильности своего служения в Риме, в 1557 г. Н. рассматривал возможность отправиться в Индию. Прежде чем принять окончательное решение, он обратился за советом к Агостино Геттини, цистерцианцу, приору рим. мон-ря святых Винцентия и Анастасия у Трех источников (Тре-Фонтане), имевшему репутацию духовного провидца. Через несколько дней Геттини сообщил, что получил ответ: по его словам, ему явился св. ап. Иоанн Евангелист, к-рый попросил передать Н., что нуждающиеся в его миссионерских усилиях язычники живут не в Индии, а в Риме. После этого Н. решил всю оставшуюся жизнь посвятить служению римлянам. Особое внимание он стал уделять беседам с жившими в Риме евреями, стараясь в трудные моменты прийти на помощь, чем вызывал личное расположение и способствовал обращению в католич. веру. Др. объектом его увещеваний были еретики, чьи дела разбирала инквизиция; считается, что благодаря наставлениям Н. многие из них добровольно отказались от заблуждений.
Своим учителем считали Н. католич. святые Франциск Сальский (1567-1622) и Венсан де Поль (1581-1660), франц. католич. богослов кард. Пьер де Берюль (1575-1629). Среди тех, кто собирались у Н., были выдающиеся деятели церковного искусства того времени, в т. ч. композитор Джованни Пьерлуиджи да Палестрина (ок. 1525/26-1594; подробнее о нем см. ст. Италия), а также его сподвижник флорентиец Джованни Анимучча (ок. 1520-1571). С практикой собраний под рук. Н. связывают появление особого жанра муз. произведений - оратории.
В период Реформации и широкого распространения протестантизма в Сев. Европе Н., желая внести лепту в борьбу с протестант. учениями, делавшими упор на критике исторического развития католич. Церкви, начал проводить на своих собраниях апологетические лекции по истории католицизма. В 1558 г. он привлек своего ученика, Цезаря Барония, к работе над многотомными «Церковными анналами» (Annales Ecclesiastici) - этот труд не только представлял собой ответ на протестант. критику истории католич. Церкви, но и стал фундаментальным исследованием исторических источников, как опубликованных к тому времени, так и рукописных, а также археологических данных. Работа над «Церковными анналами» была начата по прямому указанию Н.: Бароний, согласно собственному признанию, сначала не желал заниматься кропотливым составлением хронологической истории Церкви и сделал это только из смирения перед наставником (Baronius C. Annales ecclesiastici / Ed. A. Theiner. Bar-le-Duc, 1864. T. 1. P. III). По просьбе Н. Бароний также принял участие в работе по составлению Римского Мартиролога.
Несмотря на то что в Риме знали о подвижническом образе жизни Н., его иногда обвиняли в стремлении лишь к собственной земной славе. В мае 1559 г. кард. Вирджилио Розарио, незадолго до этого назначенный генеральным викарием Рима, поддержал эти обвинения и наложил на Н. запрет (сроком на 15 дней) принимать исповедь и осуществлять какую бы то ни было публичную деятельность под угрозой ареста. Н. подчинился наказанию: он запретил своим ученикам приходить к нему, призвав их только к молитве. Спустя 2 недели генеральный викарий скончался от внезапного сильного внутреннего кровотечения. Несмотря на то что мн. последователи Н. считали эту смерть торжеством справедливости, он не разрешил поддерживать и распространять эти слухи, утверждая, что наложенные на него ограничения послужат только во благо. Вскоре папа Римский Павел IV признал необоснованными все обвинения, выдвинутые против Н., и разрешил ему продолжать свою деятельность, в т. ч. и паломничество по 7 рим. базиликам, к-рое после этого случая приобрело больший размах. Папа Римский Пий IV (1559-1565) почитал Н. как великого подвижника веры. Находясь при смерти, понтифик попросил Н. провести с ним последние часы его жизни и молиться о нем.
В 1570 г. папе Римскому Пию V (1566-1572) пришлось начать новое расследование, поскольку в курии стали распространяться слухи о том, что проповеди Н. и беседы, к-рые он проводил в ц. св. Иеронима, носили сомнительный характер и не способствовали укреплению католич. веры и морали. Папа поручил 2 монахам-доминиканцам независимо друг от друга провести разыскания, а также обратился за помощью к Алессандро Оттавиано Медичи (впосл. папа Римский Лев XI (1-27 апр. 1605)), к-рый в то время был послом Флоренции при папском дворе и знал о том, что происходит в ц. св. Иеронима, где окормлялись многие из живущих в Риме флорентийцев и где сам он неоднократно бывал. Расследование показало необоснованность обвинений, выдвинутых против Н. Папа не только признал его деятельность положительной, но и распорядился, чтобы именно воспитанник и ближайший помощник Н., Таруджи, принял священнический сан и сопровождал кард. Микеле Бонелли, назначенного в 1571 г. легатом к королям Испании, Португалии и Франции.
В 1564 г. флорентийская община Рима обратилась к Н. с просьбой взять на себя заботы по служению в недавно построенной ц. св. Иоанна (Сан-Джованни-Баттиста-деи-Фьорентини), однако Н. предпочел остаться в ц. св. Иеронима, а в ц. св. Иоанна направил 3 священников, своих воспитанников. Лишь спустя 10 лет им удалось убедить Н. перенести встречи из помещения при ц. св. Иеронима в гораздо более просторное помещение при ц. св. Иоанна (встречи там начались с 15 апр. 1574).
При папе Римском Григории XIII деятельность Н. и его последователей вновь получила одобрение. Буллой «Copiosus in misericordia Deus» от 15 июля 1575 г. папа официально признал сложившуюся вокруг Н. группу его последователей как конгрегацию ораториан, для плодотворной деятельности к-рой были предложены на выбор 2 рим. храма: Санта-Мария-ин-Монтичелли и Санта-Мария-ин-Валличелла. Н. попросил папу Григория XIII указать ему, какой храм следует принять. Тот указал на ц. Санта-Мария-ин-Валличелла, расположенную в более оживленной части города. Поскольку предоставленный храм был небольшим и на тот момент сильно обветшал, Н. распорядился построить на его месте новую церковь (отсюда название Кьеза-Нуова, Новая церковь; освящена в 1599). 17 сент. 1575 г. А. Медичи, к тому времени архиеп. Флоренции (1574-1605), торжественно заложил 1-й камень. Несмотря на нехватку средств, Н. не сомневался, что строительство будет завершено. Значительные пожертвования сделали кард. К. Борромео и папа Григорий XIII, их примеру последовали мн. состоятельные люди. К нач. 1577 г. был возведен неф нового храма, в воскресенье Семидесятницы, открывавшее предпостный период, архиеп. А. Медичи отслужил в храме торжественную мессу. Всем посетившим в этот день ц. Санта-Мария-ин-Валличелла папа Григорий XIII предоставил возможность получения полной индульгенции. В апр. 1577 г. деятельность оратория была перенесена из ц. св. Иоанна в ц. Санта-Мария-ин-Валличелла. 8 мая 1577 г. состоялись выборы настоятеля конгрегации ораториан, к-рым единогласно избрали Н.
В 1578 г. папа Григорий XIII своим бреве вывел ц. Санта-Мария-ин-Валличелла из юрисдикции титулярного прихода Сан-Лоренцо-ин-Дамазо, а также носившего этот титул кардинала-пресв. Алессандро Фарнезе, предоставив тем самым конгрегации ораториан большую свободу в ее деятельности в Риме. Количество священников и братьев в оратории при Новой церкви быстро росло. В связи с нехваткой места члены конгрегации предлагали купить выставленное на продажу здание мон-ря св. Елизаветы, расположенного неподалеку, однако Н. не одобрил этот план. Он заявил, что конгрегация не может потратить такую значительную сумму, однако выразил уверенность в том, что проблема будет скоро решена др. путем. Тем не менее члены оратория попробовали совершить эту покупку, но не смогли договориться с продавцами. В 1581-1582 гг. здание мон-ря и ряд др. домов были куплены кард. Пьердонато Чези и переданы конгрегации ораториан.
Вскоре после создания конгрегации ее деятельность начала распространяться за пределы Рима. В 1576 г. Н. направил 4 священников-ораториан в Милан. В 1580 г. с просьбой об основании оратория в г. Фермо к Н. обратился епископ этого диоцеза - буд. кард. Доменико Пинелли. Постепенно оратории начали открываться и в др. городах, в т. ч. за пределами Апеннинского п-ова; в 1592 г. основан 1-й ораторий в Котиньяке, на юго-востоке Франции.
В течение неск. лет Н. оставался служить в ц. св. Иеронима. Лишь по указанию папы Григория XIII он перешел на служение в Новую церковь (22 нояб. 1583). Н. считал, что глава конгрегации ораториан должен переизбираться каждые 3 года, однако члены оратория настояли на том, что Н. не подлежал переизбранию: 19 июня 1587 г. он был избран постоянным настоятелем. Занимаясь организацией жизни новой конгрегации, при вступлении в к-рую члены не приносили монашеские обеты, Н. тем не менее настаивал на том, что сам образ жизни ораториан должен приближаться к монашескому. Отсутствие требования приносить вечные монашеские обеты давало возможность вступить в ораторий тем, кто из-за строгости устава не решались стать членами к.-л. монашеского ордена или монашеской конгрегации, но стремились к благочестивой жизни в общине и к духовному служению.
Разрабатывая устав конгрегации, Н. обсуждал его положения как с ораторианами, так и с признанными церковными авторитетами. Значительную помощь ему оказал кард. Джироламо делла Ровере, архиеп. Турина (1564-1592). В уставе Н. старался закрепить те принципы работы оратория, к-рым он следовал с момента создания в 50-х гг. XVI в. Основным средством углубления духовной жизни для христианина Н. считал регулярную молитвенную практику. После многолетней апробации устав ораториан был утвержден бреве от 24 февр. 1612 г. папы Римского Павла V (1605-1621). Бреве от 3 марта 1612 г. папа предписал всем ораториям следовать только этому утвержденному уставу конгрегации.
Н. не считал целесообразным заниматься привлечением в конгрегацию новых членов, исходя из того что богоугодное дело не нуждается в восхвалении, а присоединение к конгрегации должно совершаться исключительно по внутреннему побуждению, без к.-л. внушения со стороны. От членов конгрегации Н. требовал соблюдения строгой дисциплины и обязательного исполнения тех указаний, к-рые он давал как настоятель, полагая, что послушание будет лишь способствовать духовному росту его последователей. Сам он старался всегда быть примером исполнения священнического долга.
По многочисленным свидетельствам современников, Н. обладал пророческим даром. В 1584 г., за месяц до смерти кард. К. Борромео, Н. предсказал его кончину, хотя в тот момент кардинал чувствовал себя абсолютно здоровым. Мн. кардиналы свидетельствовали о том, что Н. заранее предсказал им возведение в кардинальское достоинство. Он предвидел избрание пап Римских Пия V, Григория XIII и Григория XIV (1590-1591). Флорентийскому послу А. Медичи он предсказал возведение в кардинальское достоинство, последующее избрание на Папский престол и краткость его понтификата.
Папа Григорий XIV намеревался возвести Н. в достоинство кардинала, но принял его отказ. Тем не менее папа отправил в ц. Санта-Мария-ин-Валличелла кардинальскую биретту с указанием, что не оставляет намерения возвести Н. в кардиналы.
К концу жизни Н. имел значительный авторитет и пользовался репутацией святого. Следуя указаниям Н., многие очевидцы избежали неминуемых опасностей, сделали сложный выбор на жизненном пути и т. п. Имелись свидетельства и обратного, когда люди не следовали полученным от Н. указаниям и это приводило к неприятностям. Одно из наиболее известных чудес, совершённых Н.,- воскрешение умершего 14-летнего юноши Паоло Массими для того, чтобы он смог исповедоваться в забытом грехе и, получив отпущение, умереть снова (16 марта 1583). Комната, где произошло чудо, в 1838 г. была превращена в капеллу и открыта для богослужения.
В нояб.-дек. 1592 г. Н. тяжело заболел, но предсказал врачам, к-рые опасались за его жизнь, что к Рождеству поправится. После выздоровления он продолжил свою прежнюю деятельность, однако 7 июля 1593 г. сложил с себя полномочия настоятеля ораториан. Мн. члены конгрегации возражали против его ухода, но Н. заручился согласием папы Римского Климента VIII (1592-1605). Преемником Н. во главе конгрегации был избран Бароний (23 июля 1593). Весной 1594 г. Н. вновь тяжело заболел, однако внезапно полностью поправился, объяснив свое исцеление чудом Пресв. Богородицы. Через год, в мае 1595 г., состояние здоровья Н. снова резко ухудшилось; 12 мая он принял таинство Елеосвящения от своего преемника - Барония и причастие (см. Viaticum) от кард. Ф. Борромео. Несмотря на болезнь, Н. ежедневно служил мессу до праздника Тела Христова (25 мая 1595); в ночь на 26 мая он скончался. Вечером 27 мая похоронен близ алтаря ц. Санта-Мария-ин-Валличелла.
2 авг. 1595 г. был начат процесс беатификации, собраны сведения о жизни Н. и свидетельства чудес, совершённых по молитвам к нему. В 1600 г. опубликовано 1-е Житие Н., составленное Антонио Галлонио, членом конгрегации ораториан. 24 мая 1602 г. мощи Н. перенесли в сооруженную для их хранения капеллу при ц. Санта-Мария-ин-Валличелла (находятся здесь в наст. время). Бреве папы Римского Павла V от 25 мая 1615 г. Н. причислен к лику блаженных. 12 марта 1622 г. папа Римский Григорий XV (1621-1623) совершил его канонизацию. По указанию папы Римского Урбана VIII (1623-1644) поминовение Н. получило статус факультативного праздника «semiduplex ad libitum»; при папе Римском Иннокентии X (1644-1655) оно стало обязательным праздником; с 1669 г. память Н. получила статус «двойного» праздника (duplex); папа Римский Александр VIII (1655-1667) утвердил молитвы для особой мессы в честь святого. В 1639 г. состоялось вскрытие мощей Н. и засвидетельствована их нетленность. В 1671 г. монументальная скульптура Н. установлена среди 140 фигур святых на колоннаде, обрамляющей пл. Сан-Пьетро в Риме. По указанию папы Римского Климента XII (1730-1740) в ватиканской базилике св. Петра установили мраморную статую Н. (скульптор Дж. Б. Маини, 1735). Папа Римский Павел VI (1963-1978) учредил титулярную диаконию при рим. ц. во имя Н. (Сан-Филиппо-Нери-ин-Эурозия) (апостольская конституция «Ea sollicitudine affecti» от 7 июня 1967 - AAS. 1967. P. 941-942). Во имя Н. названы мн. католич. храмы и капеллы. В Москве при католич. приходе св. Людовика в 1861 г. открыто муж. реальное уч-ще, получившее имя Н. (здание сохр.- Милютинский пер., 7а).
Самые ранние живописные изображения Н. принадлежат худож. Кристофоро Ронкалли (Помаранчо). На основе зарисовок, сделанных им еще при жизни святого, в 1596-1599 гг. художник создал для ц. Санта-Мария-ин-Валличелла цикл сцен жизни и деятельности Н.